Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,086,905 | (A)8→7 | intergenic (‑56/‑629) | scn_3 ← / → chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,086,898 | 0 | A | . | 97.2% | 155.2 / ‑1.6 | 36 | intergenic (‑49/‑636) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (21/14); total (21/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
CTAGCTTGTGCCTCATTTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACTAAAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTCCCATAA > USA300TCH1516_ALE/2086755‑2087041 | cTAGCTTGTGCATCATGTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACTaaaaa < 4:47894/148‑1 (MQ=255) cTTGTGCCTCATTTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACTaa < 1:64904/141‑1 (MQ=255) gtgCCTCATTTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACa > 4:1579/1‑148 (MQ=255) ttATATAGATTAGTTAATAGAGGAGATGCTAAAATGATTGTTAAAGTTCCCGAAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCAAATTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAA‑AAAAAAAAAAAAAAAAGTACATTAATTATTCa < 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CTAGCTTGTGCCTCATTTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACTAAAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTCCCATAA > USA300TCH1516_ALE/2086755‑2087041 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |