| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,063,912 | +C | coding (577/1218 nt) | ywtF ← | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,063,909 | 1 | . | C | 88.9% | 151.4 / 14.2 | 45 | coding (580/1218 nt) | ywtF | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base C (24/16); total (27/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑A‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAG > USA300TCH1516_ALE/1063762‑1064049 | tATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑a < 3:156008/148‑1 (MQ=255)tATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑a < 3:110544/148‑1 (MQ=255) ttATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑A‑c < 2:5951/141‑1 (MQ=255) ttATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑A‑CCCctttt > 4:302746/1‑148 (MQ=255) cAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTttttaa > 3:223156/1‑148 (MQ=255) aTAGAATCAACTTCCTTTGCTTTTTGGACTACACTCTTTATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑A‑CCCcttt < 2:37482/141‑1 (MQ=255) aTAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTttttaatt < 4:127648/148‑1 (MQ=255) cTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTttttaatttta > 1:35557/1‑141 (MQ=255) ccTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAg > 4:127270/1‑148 (MQ=255) tttGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCtg < 3:201248/148‑1 (MQ=255) ttGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCtgt < 4:132675/148‑1 (MQ=255) tGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCtgtg > 3:409488/1‑148 (MQ=255) ggAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTgtgt > 3:131994/1‑148 (MQ=255) gattAAAATCTTAATTAATTCCACTTGACGTTGTCCACGTTTTACGTCTGAATCATCATGTCTAGATCTGGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGGAA‑A‑CCCTTTTTTAATATTAATCTTACAAGTATAATCTGTGtt > 4:289570/4‑148 (MQ=255) aTCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCa < 4:183122/148‑1 (MQ=255) ttaattaaTTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCAttt < 3:116496/148‑1 (MQ=255) ttaattaaTTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCAttt < 3:116602/148‑1 (MQ=255) ccATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATg < 4:232744/148‑1 (MQ=255) ccATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATg > 3:25478/1‑148 (MQ=255) cATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGt < 2:35557/141‑1 (MQ=255) cATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATgg > 4:118306/1‑148 (MQ=255) tttGACGTTGTCCACGTTTTACGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTACAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTCAGTCGTATGGca > 4:95298/1‑148 (MQ=255) tgtcGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATCGTGTTTAGTTCTAGGCTCTGCTAATGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑TCC‑CCCTTTTTTCATTTTGTTCTTTCCAGTATCTTCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGcaca < 4:97062/145‑1 (MQ=255) tGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGcaca < 4:50517/148‑1 (MQ=255) gTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCAcatcat < 3:172202/148‑1 (MQ=255) cACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTATTTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGtata > 4:71315/1‑148 (MQ=255) cACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTATTTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATAATAGtata > 4:231933/1‑148 (MQ=255) cACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTTATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGtata > 4:231940/1‑148 (MQ=255) cACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGtata > 3:222787/1‑148 (MQ=255) cACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTCTAGTTAAGTCGTATGGCAcatca > 2:48058/1‑141 (MQ=255) tAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTTTTTTTTTTCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCACAGTATCTGccccc > 4:245597/1‑148 (MQ=255) tGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTTTT‑T‑T‑TTTTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATTTTCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACTTCCTAGTATATGCCACCAAGCTc > 4:55644/1‑148 (MQ=255) tGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTc > 3:45004/1‑148 (MQ=255) tGAATCATGAAGCCTAGTACTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATCTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTATAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTc > 4:55653/1‑148 (MQ=255) gAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCa < 4:92147/148‑1 (MQ=255) tgTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAGGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTGTCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCAtt < 1:48058/141‑1 (MQ=255) gTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTAGTATCATCTGTGTTATGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATTGTCTTTGTCTCCAAGCTTATTTTCAGTCTCTACa > 4:101268/1‑148 (MQ=255) gTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCTTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACa > 4:187504/1‑148 (MQ=255) gTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACa > 4:227306/1‑148 (MQ=255) gCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCt > 3:388398/1‑148 (MQ=255) cAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACa > 2:25058/1‑141 (MQ=255) aGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGAc < 3:66340/148‑1 (MQ=255) ccTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGActc > 3:258540/1‑148 (MQ=255) ccTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCACTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGActc > 3:158074/1‑148 (MQ=255) catcaCCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTTTTTTTTTTCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGTTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTTACTCTca > 4:45322/1‑148 (MQ=255) catcaCCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTca < 4:367639/148‑1 (MQ=255) tttttGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAAc < 3:118302/148‑1 (MQ=255) tttGG‑T‑ACCCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAg < 3:381075/148‑1 (MQ=255) | TATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGAATAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAA‑TTTTTGG‑T‑A‑CCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAG > USA300TCH1516_ALE/1063762‑1064049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |