| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 102 (1.170) | 66 (1.090) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
48/180 | NT | 48.4% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAC‑AACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512759 | gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa < 1:187004‑M1/1‑1 (MQ=255)gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAC‑AACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa > 2:970381/1‑141 (MQ=255)gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAC‑AACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa > 2:668378/1‑141 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 1:17248‑M1/2‑1 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 1:171715‑M1/2‑1 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaaagttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 1:151366‑M1/2‑1 (MQ=255) tcacacctgctcccatgccgaacacagaagttaagctccgtagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa > 1:100541‑M1/140‑141 (MQ=255) ggCGTTCAGTACAGATGACAGAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTACGCAGTTTAAAAGCGTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAC‑AACTCAACTTAAGACATAACTTCAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaa > 1:645901/1‑141 (MQ=255) cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa < 1:88133‑M1/3‑1 (MQ=255) cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa < 1:829680‑M1/3‑1 (MQ=255) cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa > 1:77830‑M1/139‑141 (MQ=255) acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtccatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgtggccaggcagttctttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa < 2:638854‑M1/4‑1 (MQ=255) acacctgttcacatgccgaacacagaagttaagccccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa > 1:403662‑M1/138‑141 (MQ=255) cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaacgt < 2:249470‑M1/7‑4 (MQ=255) cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt < 1:303592‑M1/7‑1 (MQ=255) 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2:157599/141‑1 (MQ=255) cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAC‑AACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc < 1:800800/141‑1 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagtgtagaacgttgccaggcagttttttgatcaaattttggtttaaaaataaaatggacaagataaAAAGAGTTATTgat < 2:556596‑M1/14‑2 (MQ=255) atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatgatagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt > 2:372952‑M1/126‑141 (MQ=255) tGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAC‑AACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTaa < 2:467440/141‑1 (MQ=255) taaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAC‑AACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATGGACTTAAATg < 1:769122/140‑1 (MQ=255) 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1:454694‑M1/38‑1 (MQ=255) gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGTGGTAAACAAAAC‑AACTTAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAATATTTTTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta < 2:331853/141‑1 (MQ=255) cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta < 2:194429‑M1/40‑1 (MQ=255) ttagcgtggatggtagtcgaacttacgttccgctagagtatatcgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa > 2:578953‑M1/101‑141 (MQ=255) tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAC‑AACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat < 1:679692/141‑1 (MQ=255) tgagcatccaaggaagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgatgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa > 2:522226‑M1/101‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |