| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | T→A | 86.5% | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900 ← / → USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | 0 | T | A | 86.5% | 241.8 / 32.3 | 89 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900/USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/2); new base A (38/39); total (48/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-02 | |||||||||||
TAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAA > USA300TCH1516_ALE/195156‑195417 | tAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAatat < 2:418142/141‑1 (MQ=255)tAGCTAAACTTGCTACGACAAATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAatat < 1:706214/141‑1 (MQ=255) gcaaaaCTTGCTACGAAAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTAAA‑‑TTTATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCtt < 1:522573/138‑1 (MQ=255) gCTAAACTTGCTACGAACGATACTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCt > 2:912753/1‑141 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATC‑‑AATTAGTTGATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:993803/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:521741/141‑1 (MQ=255) aaaCTTGGTACGACAGATTCTTTATCAATAATGATAGCTACCTATT‑‑TTTATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATTTTTTACAGTATTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTaa < 2:335835/141‑1 (MQ=255) aaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAat > 1:973468/1‑141 (MQ=255) cTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTActat < 1:483222/141‑1 (MQ=255) ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTAAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATATTAATATc > 2:292218/1‑141 (MQ=255) ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑GAAATGTTTCTTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATc > 1:250706/1‑141 (MQ=255) cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATCTATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATGTATTTTAGAGACTTTTTTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATcc > 2:222042/1‑141 (MQ=255) cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATTTTAATATCCtt > 2:855261/1‑141 (MQ=255) cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCtt > 1:611249/1‑141 (MQ=255) tACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTg > 2:365232/1‑141 (MQ=255) aCAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt > 2:851027/1‑141 (MQ=255) aTTCTTTATCCATTATAATAGCCTCCTATA‑‑TTTATGTCTACTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTCAAAATATATTTTACATAATTTTATCTAAATAATAACAACAATATCTTAATATACTTGTAATCCGa < 2:1052204/141‑1 (MQ=255) tCTGTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 2:618474/141‑1 (MQ=255) ctCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTTTTTACTTATACCCTAACATGCTTTTTATAGTTTTTGAAAATATATTTTAAAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATATTCATCTCCTTGTAATCCGATaaatat > 2:314067/2‑137 (MQ=255) aTCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAt > 2:805705/1‑141 (MQ=255) aTCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATCTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCATTGTAATCCGATAAGAAt > 2:530121/1‑141 (MQ=255) tCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTATAATCCGATAAGAAtt < 1:529767/141‑1 (MQ=255) tAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCTTTGTAATCCGATAAGAATTATAg > 2:317579/1‑141 (MQ=255) tGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTaa > 2:208063/1‑141 (MQ=255) gATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTTTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:78354/1‑141 (MQ=255) gATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:552750/1‑141 (MQ=255) 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2:332395/1‑141 (MQ=255) cgata‑‑tatatGTTTATTTACTTATACCATAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCa < 1:302726/139‑1 (MQ=255) ata‑‑tatatGATTATTTACTTGTAACCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc < 2:143292/141‑1 (MQ=255) tatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAt > 1:293148/1‑141 (MQ=255) atatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAtt > 1:151621/1‑141 (MQ=255) tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg > 1:276690/1‑141 (MQ=255) gTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTta < 1:1050092/141‑1 (MQ=255) tttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 1:552750/141‑1 (MQ=255) ctttaCTTATACCATTAAATGATTTTTATACTCGTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagg < 2:645690/140‑1 (MQ=255) tttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagga < 1:910544/141‑1 (MQ=255) tttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTCTTCAACCATTGTTATagga < 1:634965/141‑1 (MQ=255) taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg < 2:923814/141‑1 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aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTCTTAGGAGcgacca > 1:266405/1‑136 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:402246/1‑141 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:563888/1‑141 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACTTTATTTTTATTATACGATAACaa > 1:279717/1‑141 (MQ=255) ttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAt < 2:934313/141‑1 (MQ=255) tACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 1:876295/141‑1 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2:816501/1‑141 (MQ=255) tttATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCa > 1:331548/1‑141 (MQ=255) ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAAGATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTCACAATCTTGATTTTGCATCaa < 1:546688/141‑1 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCTTCATCGa > 2:218492/1‑141 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa > 1:936789/1‑141 (MQ=255) cTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGCTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 2:539692/141‑1 (MQ=255) atAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 1:95990/140‑1 (MQ=255) | TAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAA > USA300TCH1516_ALE/195156‑195417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |