| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 215,097 | T→C | 5.2% | K164E (AAA→GAA) | argC ← | N‑acetyl‑gamma‑glutamyl‑phosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 215,097 | 0 | T | C | 5.2% | 232.0 / 3.3 | 79 | K164E (AAA→GAA) | argC | N‑acetyl‑gamma‑glutamyl‑phosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/42); new base C (2/2); total (32/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
TGTGTTTATGGTTTCCGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCATGATTCAAATCATCTTGTG > USA300TCH1516_ALE/214959‑215234 | tgtgTTTATGGTTTCCGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTAtttttt > 2:806300/1‑141 (MQ=255) tgtTTATTGTTTCCGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGCGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCg < 2:21730/141‑1 (MQ=255) tgtTTATGGTTTCCGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCCCCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCg > 1:294698/1‑141 (MQ=255) tgtTTATGGTTTCCGATTGCATAAGAGCTTTGATTTTCATACATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAACAATAGACCACAAA‑TTTACTCTTTGTTCg < 2:219860/141‑1 (MQ=255) tgtTTATGGTATGCCCTTGCATAATCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGCAAAATGAACACGTTGTGATAATGATCGACCAGCACCTGACCCGCCGGTCGTAGCATCTATAATAATAG‑CGACAAACTCAACTAtttttgcc > 2:491919/1‑138 (MQ=255) tATGGTTTACGATTCCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCtaa < 1:907821/141‑1 (MQ=255) aTGGTTTCCGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCtaat < 1:310698/141‑1 (MQ=255) tCCGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTgg < 2:666960/141‑1 (MQ=255) tCCGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTgg < 1:399437/141‑1 (MQ=255) ccGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGa < 2:202378/141‑1 (MQ=255) ccGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGa < 1:306525/141‑1 (MQ=255) caTTGCATAAGCGCTTAGTTTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGACGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATg < 1:974692/140‑1 (MQ=255) gCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGCCAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAAAAAGTGGATGTAAt > 2:300281/1‑141 (MQ=255) gCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTACTAAGTGGATGTAAt > 1:458181/1‑141 (MQ=255) cATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATg < 1:1012567/141‑1 (MQ=255) aTAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGc < 2:674350/141‑1 (MQ=255) aTAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGc < 2:245815/141‑1 (MQ=255) aTAAGCGCGTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGc < 2:245844/141‑1 (MQ=255) aaGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCta < 1:1002883/141‑1 (MQ=255) aaGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCta < 1:1028686/141‑1 (MQ=255) cgcTTAGATTTTCATCCATTTCTGAAAAATGAACCCGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCtaata < 2:895223/141‑1 (MQ=255) gcTTAGATTTTCCTTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCtaataa < 2:869334/141‑1 (MQ=255) ttttCATTCTTTTATGAAAAATTAACACGTAGTGCTAATGAACCGCGCGGTCCGGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCt < 1:551262/141‑1 (MQ=255) ttcattcaTTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTCATAATATTGCTGt > 2:630136/1‑141 (MQ=255) tcattcatTTCTGAAAGATGACCACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTa > 1:544624/1‑141 (MQ=255) cattcattTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAg > 2:929979/1‑141 (MQ=255) cattcattTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTCTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAg > 2:919557/1‑141 (MQ=255) cattcattTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTCTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAg > 2:919567/1‑141 (MQ=255) ttcattTCTTAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCTGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAggg < 2:617366/141‑1 (MQ=255) ttcattTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGTTATTATTTTGATGTAATGCTAATAATGTTTCTGTAggg > 2:17665/1‑141 (MQ=255) ttcattTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAggg < 2:799737/141‑1 (MQ=255) cattTCTGAAAAATGAACACGTTGTGCTAAAGAACGACCAACACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCCATAAGAATAGATAACAAA‑ACTACGATATTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAAAAATGTGGCGGTAGGGaa > 1:483412/1‑141 (MQ=255) tttCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAAc > 2:516587/1‑141 (MQ=255) cTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGc < 2:273380/141‑1 (MQ=255) tGAAAAATGAACACGTGGTGATAATGCACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGcc > 2:179955/1‑141 (MQ=255) aaaaTGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTCTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAgg < 1:919557/141‑1 (MQ=255) aaaaTGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTCTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAgg < 1:919567/141‑1 (MQ=255) aaaTGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCCGGa > 2:171708/1‑141 (MQ=255) aTGAACCCGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGAtt < 1:1010007/141‑1 (MQ=255) aTGAACACGTCGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGAtt < 1:185778/141‑1 (MQ=255) aaCACGTTGTGATAATGAACGAACAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGa < 2:346537/141‑1 (MQ=255) cGTTGTGAGAATGAACGACCAGTACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTGTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATg < 1:159646/141‑1 (MQ=255) gtggtgATAATGAGCGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGa < 2:765350/138‑1 (MQ=255) gTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGa < 2:974422/141‑1 (MQ=255) cttGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGa < 2:940994/140‑1 (MQ=255) aTGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTCAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTAGAGGGAAAGAGAAAAGATTAGAAATGAGCTTCGTTc > 2:939422/1‑141 (MQ=255) agAACGACCAGCACCTTACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTcc < 2:979190/140‑1 (MQ=255) agAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTcc < 2:627774/140‑1 (MQ=255) taaCGACCAGCACCTTACACGCAGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCa < 2:879941/140‑1 (MQ=255) gAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTATAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGGACTGCGTTcct > 2:13868/1‑140 (MQ=255) gACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGt > 1:360174/1‑141 (MQ=255) aCCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGtt > 1:367912/1‑141 (MQ=255) aCCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGtt > 1:635093/1‑141 (MQ=255) cAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTAt < 2:676952/141‑1 (MQ=255) aGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAGTAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCTTTGTTATc > 1:40161/1‑141 (MQ=255) aGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTCGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATc < 1:580095/141‑1 (MQ=255) cACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCaa > 1:9959/1‑141 (MQ=255) aCCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTTCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCaaa < 2:170838/141‑1 (MQ=255) ccTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAAAAGCCAGGATTAGAAATGCGCGTCGTTCCATTGTTATCaaag > 1:1039331/1‑140 (MQ=255) gACCCGCCGTGCTTAGAATCAATAATAATCGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGTGAAATTGAACGAATCAAAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGAt < 1:1047787/141‑1 (MQ=255) acacGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATGGTTATCAAACGAtt > 2:821280/1‑141 (MQ=255) acacGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGATTCGTTCAATTGTTATCAAACGAtt > 1:870946/1‑141 (MQ=255) cGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGcc > 2:50184/1‑141 (MQ=255) cGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCAtt < 2:977349/141‑1 (MQ=255) cGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCAtt > 1:920928/1‑141 (MQ=255) gTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCGGGATAAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCt > 2:744681/1‑141 (MQ=255) gTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATTAAACGATTGCCATTCt < 1:159147/141‑1 (MQ=255) tCTTAGCATCAAGAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAACGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTg < 1:593964/141‑1 (MQ=255) aGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGGGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAAt > 1:1045588/1‑141 (MQ=255) aTCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTGTTCGCTATTAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGACATTCTGAAATGCt > 1:759262/1‑141 (MQ=255) aataataGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCTCTTATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCAGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACAATTCCCATTCTCAAATACTGTAAAt > 2:366233/1‑141 (MQ=255) aataataGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAAt > 1:372141/1‑141 (MQ=255) ataataGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCTCTTATATTTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTTAAATGCTGTAAAtt > 2:8821/1‑140 (MQ=255) aataGATGACAAA‑TCTACTATTTGTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAACAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGc < 1:822625/141‑1 (MQ=255) ataGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTATAAATTATCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCa < 2:584099/141‑1 (MQ=255) taGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGGGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCAt < 1:229612/141‑1 (MQ=255) tGACAAA‑TCTACCTTTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCATGAtt < 2:1006432/141‑1 (MQ=255) aCAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCATGATTCa < 1:806300/141‑1 (MQ=255) tactaTTTTTTCGCTAAGAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCATGATTCAAatcatc < 2:899191/141‑1 (MQ=255) tactaTTCTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAATCCGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCATGATTCAAatcatc < 1:876710/141‑1 (MQ=255) ctaTTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCATGATTCAAATCATCtt > 1:162768/1‑141 (MQ=255) ttttttCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCATGATTCAAATCATCTtgtg < 1:418982/141‑1 (MQ=255) | TGTGTTTATGGTTTCCGATTGCATAAGCGCTTAGATTTTCATTCATTTCTGAAAAATGAACACGTTGTGATAATGAACGACCAGCACCTGACACGCCGGTCTTAGCATCAATAATAATAGATGACAAA‑TCTACTATTTTTTCGCTAATAAGTGGATGTAATGCTAATAATGTTGCTGTAGGGAAACAGCCAGGATTAGAAATGAGCTTCGTTCCATTGTTATCAAACGATTGCCATTCTGAAATGCTGTAAATAGCATGATTCAAATCATCTTGTG > USA300TCH1516_ALE/214959‑215234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |