| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 951,713 | G→T | 9.8% | intergenic (+218/‑90) | USA300HOU_RS04740 → / → rocD2_2 | putative oxidoreductase/Ornithine aminotransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 951,713 | 0 | G | T | 9.8% | 175.1 / 2.7 | 72 | intergenic (+218/‑90) | USA300HOU_RS04740/rocD2_2 | putative oxidoreductase/Ornithine aminotransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/38); new base T (6/2); total (31/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
AGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGCACAT > USA300TCH1516_ALE/951575‑951853 | tgttatgtataCTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCGATTCTTTTGCTTGTCATCATTTATGTAATTATGTCATGATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTtggt < 2:723203/134‑1 (MQ=255) tataCTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAg > 1:11089/1‑141 (MQ=255) tataCTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTATAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGTTGGAAAAg > 2:967688/1‑141 (MQ=255) tGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCt < 1:783167/141‑1 (MQ=255) 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1:451675/141‑1 (MQ=255) tttGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATTATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATAATTACGGAGca > 2:826891/1‑141 (MQ=255) tttGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGca > 1:595662/1‑141 (MQ=255) tggtggAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGcata > 1:4872/1‑139 (MQ=255) ggtggAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGCACAt < 2:388057/141‑1 (MQ=255) | AGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGCACAT > USA300TCH1516_ALE/951575‑951853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |