| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,725,352 | A→T | 6.5% | intergenic (‑58/+276) | USA300HOU_RS14015 ← / ← USA300HOU_RS14020 | Baeyer‑Villiger flavin‑containing monooxygenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,725,352 | 0 | A | T | 6.5% | 214.9 / 4.0 | 77 | intergenic (‑58/+276) | USA300HOU_RS14015/USA300HOU_RS14020 | Baeyer‑Villiger flavin‑containing monooxygenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/27); new base T (4/2); total (48/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ATACCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGTT > USA300TCH1516_ALE/2725215‑2725487 | ataCCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAAtt < 2:331228/141‑1 (MQ=255) taCCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTa > 1:788019/1‑141 (MQ=255) ccGAAATCTTTTAAGGGAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACg < 1:750605/141‑1 (MQ=255) cGAAATCTTTTAAGGAAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGa < 1:756145/141‑1 (MQ=255) ttttAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATaa > 1:913919/1‑141 (MQ=255) ttttAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATaa < 1:941155/141‑1 (MQ=255) ttttAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATaa > 1:628397/1‑141 (MQ=255) ttttAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATaa > 2:1025715/1‑141 (MQ=255) ttttAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATaa > 2:244686/1‑141 (MQ=255) ttAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAg > 1:260255/1‑141 (MQ=255) tAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTATTTTTGATTATAAATCATAATAATTACGATTTATAAAGt > 2:18361/1‑141 (MQ=255) aGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGtat < 1:732901/141‑1 (MQ=255) gCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATTATGACGATTTATATAGTATAGACCTAt > 2:169923/1‑141 (MQ=255) gCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTAt < 2:1022744/141‑1 (MQ=255) ccATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATc < 2:214931/141‑1 (MQ=255) ccAGACCTAGACCTGCAGCACCGGCACCGATAACAGCCATTTTCTTTGGTCGCTGACTAACATTACTTAAACGCTAGCTTTAAATCTATTGTTTTTGAATTTTATTCGTAAGAATTACGATGTATAAAGTATAGACCTATc < 2:209872/141‑1 (MQ=255) cATAGCTATACCAGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGAGGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGAATATAACTCGTAATAATTACGATTTATAGAGTATAGACCTATcc > 1:748502/1‑141 (MQ=255) tacctatacctGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCtt > 2:578073/1‑141 (MQ=255) acctatacctGCAGCACCGGTACCGATAATAGCCACTTTACGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTg < 2:542013/141‑1 (MQ=255) cctttaccgTCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTga < 2:713540/141‑1 (MQ=255) cctatacctGCAGCACCCGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTga < 2:713281/141‑1 (MQ=255) tatacctGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTgaga < 2:1038696/141‑1 (MQ=255) accgGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCCCATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAAt < 1:552044/141‑1 (MQ=255) agcaCCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACCCTCACTCAATGATCTATTTGAAGTTACTGTTTCTGATTATAAATCGTAACACTTACGGTTGCAAAAGTATGGCCCTATCCTTTAGAAACTTCAat > 2:51377/1‑141 (MQ=255) accggcaccgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACGCTCCCTCAATGATCTATTTCACGTTATTGTTTTTGCTTATAAATCGTAATAATTACGAATTGTAAAGTATAAACGTATCCTTTAGAAATTTCAATAtt > 2:79469/1‑141 (MQ=255) accggcaccgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATGGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATAtt > 2:101029/1‑141 (MQ=255) cggcacctATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTaa > 1:667693/1‑141 (MQ=255) ggcaccgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTTTTTTTTATTCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGCGAACTTTCTATGTTtaa > 2:558656/1‑141 (MQ=255) ccgATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCCATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGaa > 2:460138/1‑141 (MQ=255) ataGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAAAGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACtt > 1:853664/1‑141 (MQ=255) aaGCCACCTTCTGATGTTGCATATTAACACTCCCTCCATGATCTATCTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTc < 1:131849/140‑1 (MQ=255) cACTTTACGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGtt > 2:130173/1‑141 (MQ=255) cTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCCATGATCTATTTCAAGGTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTCTAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATATCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTAt > 2:373357/1‑141 (MQ=255) tttATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTAtt > 2:313259/1‑141 (MQ=255) ttATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGTTGAATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTg > 1:772633/1‑141 (MQ=255) ttATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCAGTTATTg > 2:528596/1‑141 (MQ=255) tATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGt > 1:622133/1‑141 (MQ=255) tATGATGTTGCATATTAACACTCCCCCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGt < 1:319505/141‑1 (MQ=255) tgatgTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCACGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCACTATTGAAAGAAAGACTTCCGTTATTGTag > 1:87570/1‑141 (MQ=255) gatgTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTaga < 1:467178/141‑1 (MQ=255) atatTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTGTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCAt < 1:163294/141‑1 (MQ=255) acacTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGCGAATTCATCTACAt > 2:360028/1‑141 (MQ=255) cacTCCCTCAATGAACTATTTCAAGATATTGTTTCTGATTATCAATCGTAATACTAACGATTTGTCAAGTATACCCCTATCCTTGAGAAATTTCACACTTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTTATCTACAtt > 2:54716/1‑141 (MQ=255) tCCCTCAATGATTTATTTCGACTTATCGTTTTTGATTAGAAATCGTAATAATGACTATGTATAAAGGATGGTCCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTGCCGTTATTGTAGATAATTCATCTACATTTCg < 2:3429/141‑1 (MQ=255) ctccTCAATTATCTATTTTAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTAAGCTTCATAACGTATTGACCTATCCTTGACGAATTTCAATATCAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCg < 1:470415/139‑1 (MQ=255) cTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTCCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGaa > 1:582866/1‑141 (MQ=255) cTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTAAGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGGAATTTCAATATAAAAAAAAAAACTTCCGTTATTTTAGAGAATTCATATCCA‑TTCGGAAg > 2:820683/1‑141 (MQ=255) tCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTTTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAg > 1:66890/1‑141 (MQ=255) aTGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACTTATCCTTGATAAATTTTAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAGGtgg > 1:470458/1‑139 (MQ=255) ttaTCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAAGATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTgg < 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tttCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATgtgt < 1:473206/141‑1 (MQ=255) tttttGTGTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCtttttt < 2:789711/138‑1 (MQ=255) ttATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCtttttt < 2:21558/141‑1 (MQ=255) ttATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCtttttt > 2:673352/1‑141 (MQ=255) tacttgttttGATTATAAATCGGAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCttttttt < 1:76983/135‑1 (MQ=255) tATTGTTTTTGATTATAAATCGTATTAATTACGATTTATAAAGTCTAGACCTATCCTTGAGCAATTTCAATATTACAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGCGAATTCATCTCCATTTCGGACGTTGGTATGTGTCttttttt > 1:515662/1‑141 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1:49628/1‑141 (MQ=255) ataAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATGTTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTAGGTGTCTTTTTTTAAAATTTACGgctg > 2:585373/1‑141 (MQ=255) taAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTACACTTGTAGAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGgctgc < 1:244686/141‑1 (MQ=255) aaTCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTGGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTa > 1:827149/1‑141 (MQ=255) aTCGTAATTATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAGAATTTAAGGCTGGTAc > 2:1058363/1‑141 (MQ=255) aTCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTAc > 1:149999/1‑141 (MQ=255) tCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTagg > 1:236910/1‑139 (MQ=255) cttaataaTTACGAAATATAAAGGATAAACCTAGCCTTGAGCACTTTCCATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGt < 1:873280/139‑1 (MQ=255) cGTAATTATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGt > 1:622264/1‑141 (MQ=255) cGTAATTATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGt > 1:364980/1‑141 (MQ=255) cGTAATAAATACGATTTATGAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGt < 1:678128/141‑1 (MQ=255) gTAATTATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGtt < 2:784526/141‑1 (MQ=255) | ATACCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGTT > USA300TCH1516_ALE/2725215‑2725487 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |