| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | G→A | 66.0% | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 66.0% | 55.3 / 45.2 | 59 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/13); new base A (19/20); total (26/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
CTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTC > USA300TCH1516_ALE/76832‑77101 | ctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGATATAAACTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGt < 1:827670/141‑1 (MQ=255) gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAAtt < 1:542206/141‑1 (MQ=255) gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAAtt < 1:904349/141‑1 (MQ=255) aaTCTACGGATTTTCGCCATGCCACTAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAtt < 2:471338/140‑1 (MQ=255) aTCTACGGATTTTCGCCAGGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAttt < 2:469152/141‑1 (MQ=255) cTACGGACTTTCGCCATGCCACGAAACTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTCTATTTTTTTACTTTGCAACAGACCCCATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtat < 1:640759/141‑1 (MQ=17) aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtataa > 2:742861/1‑140 (MQ=255) atttCGCCATGCAAAGAAACTAGCATCATGATAGCAAGTGAAACGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTGGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTAt < 1:816721/140‑1 (MQ=18) gCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTGATTTATATAGTATTAcgc > 2:828702/1‑139 (MQ=255) cccGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt < 1:556308/139‑1 (MQ=255) aCGAAATGAGCATCATGCTAGCAAGGTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTAATGCAAACAtt > 2:513655/1‑141 (MQ=255) aaatAGCATCATGCTAGTAAGTGAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCGATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAATCCTTTATTGTGACTGCAAACATTGAtt < 2:488417/138‑1 (MQ=17) aaTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGGACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATGTAGTATTACTGCAAACAttagtt > 1:558909/1‑137 (MQ=255) aaTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAtt > 1:157314/1‑141 (MQ=255) ttAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAGTTATTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTg > 1:827840/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCa < 1:1020080/141‑1 (MQ=255) tcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaa < 1:58383/141‑1 (MQ=255) gctggCAAGTTAACCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAt < 2:763618/137‑1 (MQ=255) aGCGAACACTGACATGATAAATTAGTCGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGTTCAAAAATTAGGGGTATTaa < 1:641603/141‑1 (MQ=255) gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaa < 2:813797/141‑1 (MQ=255) acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAGTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaaa > 1:24827/1‑141 (MQ=255) aCATGATCAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTTCTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAGTTAGGGGTATTAAAAAaatgaatg > 1:666015/1‑141 (MQ=255) aCAAGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaatg < 2:79057/141‑1 (MQ=255) cATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTCCTTGATTTAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAatgaatga > 1:1042657/1‑141 (MQ=38) aaaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTGTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa < 2:762346/141‑1 (MQ=255) ttAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtt > 1:878161/1‑141 (MQ=255) 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1:674894/1‑141 (MQ=255) ttttACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGCCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgaga < 1:1461/141‑1 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAACACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATAGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATCAATGAAAAATAAATTTATCAATCAGATTGGAGAgg > 1:813859/1‑141 (MQ=255) tACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 2:1027427/141‑1 (MQ=255) tACTTGGCAACAGCACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 1:756574/141‑1 (MQ=255) acgttGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGACTTAAAAGGATAATTTCTGGAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 1:294541/138‑1 (MQ=255) cTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGGTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAACCATCTTCTTGCTAAGCTGATTGGAGAGGTTa < 2:752751/141‑1 (MQ=255) cAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt > 1:127423/1‑141 (MQ=255) aGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAtt > 1:389933/1‑141 (MQ=255) aCCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtata < 2:523959/141‑1 (MQ=255) tata‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaa > 1:940841/1‑141 (MQ=255) ata‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa < 2:215552/141‑1 (MQ=255) ata‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa < 1:15822/141‑1 (MQ=255) ta‑AAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGATGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 2:178922/1‑141 (MQ=255) aaaaaCAGGTGCTTAAAAGGTTAATTTATATATGATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt < 1:517504/141‑1 (MQ=255) gggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCTTTATATAAAATTTATTGAGt < 1:641280/141‑1 (MQ=255) gggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt < 1:1059260/141‑1 (MQ=255) ggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:526514/141‑1 (MQ=255) ggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:864648/141‑1 (MQ=255) ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc > 1:198841/1‑141 (MQ=255) ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 2:331869/141‑1 (MQ=255) ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTGGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCACGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGGGTc > 2:995380/1‑141 (MQ=255) | CTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATA‑AAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTC > USA300TCH1516_ALE/76832‑77101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |