| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 96.6% | 2267.3 / 48.7 | 506 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/12); new base . (279/208); total (284/222) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 564 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 | tttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAATGTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCGTGGTTTTCTCAATAGTCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa < 2:440169/140‑1 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa > 1:199580/1‑141 (MQ=255) tgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa > 1:102082/1‑141 (MQ=255) tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aa < 2:715530/141‑1 (MQ=255) tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aa < 1:752692/141‑1 (MQ=255) tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aa < 1:925071/141‑1 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaat > 2:567486/1‑140 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaat > 2:113484/1‑140 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATACTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaat > 2:453697/1‑140 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaatata > 1:496153/1‑137 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaatata < 1:91372/141‑5 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaatata > 2:557971/1‑137 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATAc > 1:339495/1‑141 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACa < 1:185708/141‑1 (MQ=255) ttaacacTAGAGCTTAAATTTACAGTTTTGTCACCAAGTATTGAAGTAGCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACa < 2:403477/138‑1 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAATTaaa‑aaacaaccat > 2:108416/1‑134 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGAAACGTGGTCTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCt < 1:711507/141‑1 (MQ=255) cacgattGCTTAAATATACAGGTTTTACACCAAGTATTCAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACGATTTCTTATGCCGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTa < 2:41972/135‑1 (MQ=255) acTAGTGCTTAACTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTaa > 1:651944/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTaa > 1:858351/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTaa > 1:117922/1‑141 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGGTTCTCACCAAGTATACAAGGATCTTGGTTTTCTCAACATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGt < 2:853922/141‑1 (MQ=255) tGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGGTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGtt > 1:719301/1‑141 (MQ=255) gCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAGATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAGGGTTa > 1:828809/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 2:703209/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAACACTAGTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 1:671572/1‑141 (MQ=255) aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTAATGAAGGATCTTGGTTTTCTCACTATTTTGAAAATTTCTTTATAAGTTTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 1:173787/141‑1 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCAGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAAGATACCTCTAAAGGtgatataa > 2:868461/1‑134 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 2:375307/141‑1 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt < 1:553490/141‑1 (MQ=255) ttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAGATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg < 2:388508/141‑1 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACACCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 2:225754/1‑141 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGGATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAA‑AAAA‑ATACATCTAAAGGTTCAATCAATGaa > 1:60784/1‑141 (MQ=255) aGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa > 2:588612/1‑141 (MQ=255) gTTTGTCGCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 2:74505/141‑1 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 2:128747/1‑141 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 1:456317/1‑141 (MQ=255) gTCACAAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGaa < 2:49482/141‑1 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGGTCTTCGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt > 1:471777/1‑141 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt > 1:363758/1‑141 (MQ=255) aCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa > 1:326934/1‑141 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AACATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGCATTaga > 2:187005/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata < 1:289281/141‑1 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa > 2:530204/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:911176/1‑141 (MQ=255) gTTTTCTCACTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 2:640166/141‑1 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 1:511175/1‑141 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGa < 2:760463/141‑1 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt < 2:847519/141‑1 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTGTTTCTTATGCTGTTTCATTACTATACGACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAGGGTTAGATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtct > 1:883215/1‑141 (MQ=255) atatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc > 2:667416/1‑141 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 1:739656/141‑1 (MQ=255) aGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaaa > 2:81878/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt > 1:263342/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt > 1:398792/1‑141 (MQ=255) ttttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa < 1:638714/141‑1 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAACT‑AA‑AAAATATAAATCTAAAGGTTAAATTAATGCAAACTAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGAGACTTCTGAAGAAACTTTaa > 1:279010/1‑141 (MQ=255) ttctttctAATTTAATCACTATTTCTTATGCTTTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg < 2:726547/141‑1 (MQ=255) cTTTATACTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGCTTAATTCCTATACTACAAAT‑AA‑AAAAGATACATCTAAAGGTTAAACTAATGAAGAATAGACTTAAAGAATATAGCAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 2:264537/1‑141 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa > 1:683387/1‑141 (MQ=255) taaaaTTGTAACAGTATTTCTTATGCTTGTTAATTACAATACTACAAA‑AAA‑AAAATATACAACTAAATGGTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAg < 1:413567/138‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:520945/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:782503/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:141270/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt > 1:902765/1‑141 (MQ=255) aTTGTAACACTATTTCTTATGCTTTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:153264/141‑1 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 1:769905/1‑141 (MQ=255) tAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa > 2:301835/1‑141 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 1:580619/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:577424/141‑1 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAGAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:252278/141‑1 (MQ=255) cTATTTCGTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:363546/141‑1 (MQ=255) tATTTCTTATGATGTTTAATTAATATACTACAAACAAATAAAATATTCATC‑AAAGG‑TAAATTAATGAAAAATAGAATTGGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt < 1:433649/141‑1 (MQ=255) tATTTCTTATGATGGTTAATTACGAACATAAAAAT‑AA‑AAAATATAAATCTAAAGGTTAAACTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt < 1:427794/141‑1 (MQ=255) aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:487675/1‑141 (MQ=255) aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:889459/1‑141 (MQ=255) aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:346012/1‑141 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTGCTGTGGTAAAAAT‑AA‑AGAATATCCATCTAAAGGTTAAATTAATGAAGTATGGAATTAGGGAATATAGACAACAAAAAGGTATTTTTTAAGAAACTTTAAGTACAGAATTAAAAGTGTCTat > 2:463625/1‑140 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 1:135159/1‑141 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACGTTAAATAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 1:25157/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATATTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTATAGAATTAAAAGTGTCTAgg > 1:587294/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg > 1:805999/1‑141 (MQ=255) ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa > 1:226955/1‑141 (MQ=255) aagatGTTTAACTACTATACCACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAACCTTTAAGTAAAGACTTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 1:873018/137‑1 (MQ=255) gCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 2:43063/141‑1 (MQ=255) gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATAAATATAGAGGTTAAATTAATGAAAAAAAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAATGTCTAGGCAAACTATTa > 2:285260/1‑141 (MQ=255) ttAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt > 1:788449/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTATAGGCAAACAATTAATGCa > 2:144477/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 2:790212/1‑141 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:536021/1‑141 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:300621/1‑141 (MQ=255) atactaCAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa > 1:382887/1‑141 (MQ=255) atactaCAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa > 2:511704/1‑141 (MQ=255) aaatacAAAT‑AA‑AAAATATACAACTAAAGGATAAAATTATGAAAAACAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 2:277475/138‑1 (MQ=255) actacAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaaa < 2:902443/141‑1 (MQ=255) ctacAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc > 2:616462/1‑141 (MQ=255) ctacAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc > 2:541959/1‑141 (MQ=255) ctacAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAATAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATGGCTCAATAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc < 1:353025/141‑1 (MQ=255) acAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa < 2:326934/141‑1 (MQ=255) aaa‑aaaaTATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaataaat < 2:203702/141‑1 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |