BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaaagggacaagagaaa                                                                                                                                              <  1:850548‑M1/1‑1 (MQ=255)

gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  1:600962‑M1/1‑1 (MQ=255)

gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagacatgaacgtttccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  1:213403‑M1/1‑1 (MQ=255)

 tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                             <  1:412596‑M1/2‑1 (MQ=255)

 gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             <  1:590181/141‑1 (MQ=255)

         aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                                     <  1:470348/141‑1 (MQ=255)

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          gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                    >  2:495023/1‑141 (MQ=255)

           tACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTg                                                                                                                                   >  1:792412/1‑141 (MQ=255)

            aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAAAAACTGGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                  >  1:860736/1‑141 (MQ=255)

               atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                               >  1:185421‑M1/126‑141 (MQ=255)

                    gaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                          >  1:498513‑M1/121‑141 (MQ=255)

                      aatgtgtAATTTTTACGGTTGTTAAGTAGTTTGAAAGCTTGTATAGTATTTATTTGCTGCGGCAAACAAAACAACTCAGCTTAAGAAATAAGTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTGAAAAAGTTATTGCATTACATGtt                                                                                                                        <  2:535875/138‑1 (MQ=255)

                       cacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATgttg                                                                                                                       >  1:167020‑M1/118‑140 (MQ=255)

                        acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                      >  1:733623‑M1/117‑139 (MQ=255)

                        acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                      >  1:335070‑M1/117‑139 (MQ=255)

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                         gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaaa                                                                                                                     >  1:661858/1‑140 (MQ=255)

                           gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                   >  2:672422/1‑141 (MQ=255)

                            tAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAGTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                  <  2:538703/141‑1 (MQ=255)

                             aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTGGAAGCAAACAAAGCAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTCAAATGTTAATaaaa                                                                                                                 <  2:631100/141‑1 (MQ=255)

                              aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                >  1:796403/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                         aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGta                                                     >  2:101918/1‑140 (MQ=255)

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                                                                                                       atcaaatattggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAATTATTAACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAATTAATTACaa                                       >  2:777169‑M1/38‑141 (MQ=255)

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                                                                                                        tcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                      >  2:124856‑M1/37‑141 (MQ=255)

                                                                                                           aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                   >  2:700137‑M1/34‑141 (MQ=255)

                                                                                                           aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                   >  2:162746/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                 ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACACTATGGCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             <  2:734426‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTAATAAAATGTAAAATTAATTCGTGTAGGTAAGAAAAATGAATATTGATCAAGAAATGACAATTTGTCAACGTTAATTGCAAAAAAAGTCACt                            >  2:211928/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     aaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                         >  2:394098‑M1/24‑141 (MQ=255)

                                                                                                                       ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg                       <  1:125840/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAAAATAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGt                      >  2:123273‑M1/21‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         aCTAACGAAAATTAATGTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                     <  2:829847/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           taaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                   <  1:50283‑M1/124‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                   <  1:916662/141‑1 (MQ=255)

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                                                                                                                               gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               <  2:233061/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                               atggacaagataaAAAAGGTTAGTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               >  2:850548‑M1/14‑141 (MQ=255)

                                                                                                                               aaaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAATAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               <  2:807033/140‑1 (MQ=37)

                                                                                                                                aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa              <  2:243863/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGCAAAATCAATTACGATATGACACCGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa              <  2:194534/141‑1 (MQ=37)

                                                                                                                                 aaaTTCATTTCAAAAAGTTATTCACTGAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAGTGAAAACTGAATGACAACATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTAGAAGTTACAAACat             <  1:368298/141‑1 (MQ=25)

                                                                                                                                   aataattATAAAAAGTTATCGACTTAAATGTAAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           <  2:661858/139‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                     taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTCTAAGTTACCAACattagt         >  1:270711/1‑139 (MQ=255)

                                                                                                                                        gtaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTGTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg      <  2:591457‑M1/137‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                        ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg      <  2:918560‑M1/137‑1 (MQ=255)

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AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.