New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1427019 | 55 (0.700) | 4 (0.050) | 3/268 | 9.3 | 7.1% | intergenic (‑750/+222) | pstS/cvfB | Phosphate‑binding protein PstS/Conserved virulence factor B |
? | USA300TCH1516_ALE | 1442906 = | NA (NA) | intergenic (+139/+129) | USA300HOU_RS07165/USA300TCH1516_01342 | TelA‑like protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAAATTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTAATTTTTTACTTTGAAA > USA300TCH1516_ALE/1426881‑1427158 | aaaaTTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCaa > 2:722926/1‑141 (MQ=32) aaaTTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTGATATAAGGAAAAGAGCAGCTCAAc > 1:717394/1‑141 (MQ=17) aaaTTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAAc < 1:64031/141‑1 (MQ=32) aaaTTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAAc > 1:81160/1‑141 (MQ=32) aaaTTTATGCGGCGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAAc < 1:293753/141‑1 (MQ=12) aaTTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACg > 1:77557/1‑141 (MQ=32) aaTTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACg > 1:77811/1‑141 (MQ=32) aaTTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACg > 2:376821/1‑141 (MQ=32) tttATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAg < 1:588058/141‑1 (MQ=32) ttATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGc < 1:83551/141‑1 (MQ=31) tATGTAGTGCTTGTTTTTGGATTTATGAAGACTATTTTGGGTTTTCCTCTTATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCt < 1:298770/141‑1 (MQ=11) tATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAATTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCt < 2:161073/141‑1 (MQ=11) tATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCt < 1:580029/141‑1 (MQ=11) tATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCt < 1:718256/141‑1 (MQ=11) tATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCt < 2:336250/141‑1 (MQ=11) tATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATCAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCt < 1:633488/141‑1 (MQ=11) tATGGAGATCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCt < 2:337595/141‑1 (MQ=11) ggTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCAt > 1:483095/1‑141 (MQ=32) aGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGaaa < 2:597127/141‑1 (MQ=32) gTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAAt < 2:520698/141‑1 (MQ=32) taaataaaGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCtttttt < 1:376821/141‑1 (MQ=32) taaataaaGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCtttttt < 2:77557/141‑1 (MQ=32) taaataaaGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCtttttt < 2:77811/141‑1 (MQ=32) taaataaaGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAAGGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCtttttt < 1:177145/141‑1 (MQ=17) aaaGTTAAACGAGAGCGAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACAtt > 1:457395/1‑141 (MQ=17) aaaGTAAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACAtt < 2:498646/141‑1 (MQ=17) aaGTTAAGCGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATATGGAAATTAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAAGACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATTGAAATCTGCTTTTTTACATTg < 2:631665/141‑1 (MQ=11) aaGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTg < 1:581103/141‑1 (MQ=32) aaGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTg < 2:912486/141‑1 (MQ=32) aaGTTAAACCAGAGCTAGGATTTGTATTAATGGCACTTAATCTAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTg < 2:903339/141‑1 (MQ=12) aGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGc < 2:59378/141‑1 (MQ=32) aGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGc > 2:289039/1‑141 (MQ=32) aGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGc < 2:81160/141‑1 (MQ=32) gTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGcc < 1:639295/141‑1 (MQ=32) gagCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCTAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACtt < 2:294790/141‑1 (MQ=17) gagCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAATAACtt > 1:30901/1‑141 (MQ=17) gagCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAAAtt > 1:340771/1‑141 (MQ=17) gCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATAAGCTTTTTTACATTGACTAAGAACTTaa > 2:249624/1‑141 (MQ=17) cTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATCATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAAt < 1:475822/141‑1 (MQ=17) aGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGt > 2:55069/1‑141 (MQ=32) gCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTTCCTAAGAACTTAATTTCTCACCCTATTCGttt > 2:301059/1‑141 (MQ=255) cTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAGGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGat > 1:345905/1‑140 (MQ=255) tataAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTTAatggtt > 2:782755/1‑137 (MQ=255) tataAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTATACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAattatt > 1:594473/1‑141 (MQ=255) ataAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAACATACATATCACAAAGGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGACATAAGCTTTTTTCCATTTCCAAAGACATTACAGTCCTAGCCTATTCGTTTTAACTAttt > 1:414029/1‑141 (MQ=14) aaGGAAAATAGCAGCTCAACGAGGTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTaa > 2:659007/1‑141 (MQ=255) gAAAATAGCAGCTGAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTAAttt < 2:56285/141‑1 (MQ=255) gcagcTCAACGAGCTGTACATTATAGACTAGATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTAATTTTTTAttt > 2:846304/1‑141 (MQ=255) gcagcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATAGACAGCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTAATTTTTTACtt > 2:846356/1‑141 (MQ=255) gcagcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTAATTTTTTACtt > 2:66746/1‑141 (MQ=255) cagcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTAAATTATTTAATTTTTTACttt > 1:580456/1‑141 (MQ=255) gcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCGGCTTATTCGTTTGAATTATTTAATTTTTTACTTTgt > 1:262194/1‑140 (MQ=255) gcTAAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCACAAAAGCTGATTTCCATCAAATAAGAAATAGAAATAAGCTATTTTACATTGCCTAAAAACTTAATGACACAGCATATTCGTTTGAATTATTTACTTTTTTACttgta > 2:402838/1‑138 (MQ=17) tCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTAATTTTTTACTTTGaaa < 1:66955/141‑1 (MQ=255) ccAACGCGATGTACATTATAAAACACATATCAAATAAGCGGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTAATTTTTTACTTTGaaa < 1:859317/140‑1 (MQ=18) | AAAATTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGCTATTTTGGGTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTATTCGTTTGAATTATTTAATTTTTTACTTTGAAA > USA300TCH1516_ALE/1426881‑1427158 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |