New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 1912410	54 (0.690)	4 (0.050)	4/268	8.6	7.2%	coding (532/609 nt)	USA300HOU_RS15290	hypothetical protein
	?	USA300TCH1516_ALE	= 2319335	NA (NA)					coding (253/345 nt)	USA300HOU_RS15290	hypothetical protein
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

TAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCT  >  USA300TCH1516_ALE/2319297‑2319475                                       |                                                                                                                                             tAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATg                                        >  1:388194/1‑141 (MQ=32)      tttGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCa                                   <  2:471279/141‑1 (MQ=32)      tttGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCa                                   <  1:866531/141‑1 (MQ=32)      tttGTATTAATGCCACTTAACATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAAGACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCa                                   <  2:143146/141‑1 (MQ=12)         gTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGc                                >  1:727002/1‑141 (MQ=32)           aTTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGccc                              <  2:727002/141‑1 (MQ=32)             tAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTACTAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCCAGCCCtt                            <  2:678528/141‑1 (MQ=18)             tAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCtt                            <  1:892617/141‑1 (MQ=33)             tAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCtt                            <  2:857578/141‑1 (MQ=33)             tAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCtt                            <  1:841889/141‑1 (MQ=33)             tAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCtt                            <  2:76847/141‑1 (MQ=18)              aaTGGCCATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAACTGATTAATAGAAAGCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTACTATCCCATGCCCttt                           >  1:343456/1‑141 (MQ=11)              aaTGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCttt                           >  2:705269/1‑141 (MQ=33)              aaTGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCttt                           >  2:725818/1‑141 (MQ=33)                tGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCttttt                         >  1:249775/1‑141 (MQ=35)                tGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCttttt                         >  1:336735/1‑141 (MQ=35)                  gCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTAt                       <  2:683624/141‑1 (MQ=38)                   cACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATc                      <  1:653391/141‑1 (MQ=38)                                gAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTg         >  1:58072/1‑141 (MQ=255)                                gAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTg         >  1:547083/1‑141 (MQ=255)                                      agcagcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTGATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAAcc   >  1:653649/1‑141 (MQ=255)                                      agcagcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAAcc   <  2:745489/141‑1 (MQ=255)                                       gcagcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCt  >  1:66418/1‑141 (MQ=255)                                       gcagcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCt  >  2:122007/1‑141 (MQ=255)                                       gcagcTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCt  >  2:497322/1‑141 (MQ=255)                                       |                                                                                                                                             TAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCT  >  USA300TCH1516_ALE/2319297‑2319475

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.