Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,435,063 | 0 | T | C | 23.2% | 129.1 / 14.4 | 72 | R140R (CGT→CGC) | dapH | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/30); new base C (16/0); total (40/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AATTGAACCAGGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACGTGT > USA300TCH1516_ALE/1434925‑1435203 | aaTTGAACCAGGTTCGTTGATTAGAGAACAAGACATTATTGAAGATGGTGTTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTTGTGGGCGAAGGTACAATGATTGATAGGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGc < 2:409139/141‑1 (MQ=255) ttGAACCAGGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTa > 1:576176/1‑141 (MQ=255) gTGCGTTTAGTATAGAACAAGCCATTATTGAAGATTGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACCATTAATATTGGCGCAGTCGTGGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTa < 2:381234/141‑1 (MQ=255) tgttttATAAGAGAACAAGATATTAGTGAAGATGGTGCTGTCGTTCTGATCAGCGAAAAGATTACTATTGGCGCGGCTATTGATTAACGTCCTATTATTCATATCAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCGACAACTGGTaaa < 2:235634/138‑1 (MQ=255) gctgttattaGAGAACAAGCCATTAGTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATTGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaa < 1:415562/137‑1 (MQ=255) ttaGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc < 1:85382/141‑1 (MQ=255) gaACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAAAGTACATGTa > 1:603400/1‑141 (MQ=255) ccgCCATTACTGAAGATGGTGCTGGCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAgggg < 1:390728/139‑1 (MQ=255) aaGCCATTATTGAATGCGGCGCTGTCGTTATGATGGGCCAAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAgggg < 1:373182/141‑1 (MQ=255) aaGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAGAATGTACATGTAgggg < 1:545692/141‑1 (MQ=255) aaGCCATGATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAgggg < 2:566622/141‑1 (MQ=255) gCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGTCGCAACCATTAATATTGGCGCAGGCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCt < 2:708237/141‑1 (MQ=255) gCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCt < 1:35303/141‑1 (MQ=255) gCCATTACTTAAGTGGGTTCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCt < 1:17816/141‑1 (MQ=255) ccATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg > 1:555644/1‑141 (MQ=255) ccATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTACCATTGGAAAAAAAGAACATGTAGGGGCTg > 2:15047/1‑141 (MQ=255) tGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGt > 1:435767/1‑141 (MQ=255) tGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTACCATTAGAAAAAAAGTACATGTAGGGGCTGGCGCTGt > 2:781173/1‑141 (MQ=255) ggaGATGGTGGTGTAGGTATGCTGGTCGGCACCATTAATATTGGCGGAGTTGTTGGGGGAGGTTCAATGTTTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGtc < 2:700820/139‑2 (MQ=255) gAAGATGGTGCTGTTGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTTGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTa < 2:589202/141‑1 (MQ=255) gAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTa > 1:332506/1‑141 (MQ=255) aGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAAAACATGTAGGGGCTGGCGCAGTAtt > 2:261807/1‑141 (MQ=255) aGATGGTGCTGTCGTTATGATGATCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAGGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGGGCTGCAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCatgatt > 1:28758/1‑136 (MQ=255) gCTGTCGTTATGATGGGCGCAGCAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACATCTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt < 2:493306/141‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGTGACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt > 1:718628/1‑141 (MQ=255) gCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAggg > 1:729909/1‑140 (MQ=255) gCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAATAAAAATATAACTGTAGGGGCGGGGGCAGTATTAGCAggg > 2:315898/1‑140 (MQ=255) gCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAATATACATGCAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt > 2:292919/1‑141 (MQ=255) gTCGTTATGATGGGCGGAACAGTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGAGCTGGCGCAGTATTAACAGGagtg > 1:471089/1‑141 (MQ=255) gTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGCTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGtgtg > 1:657685/1‑141 (MQ=255) tgtttagataGGCGGAAAAATTAATTTTGGCGTAGTCGTTGGTGAAGGGACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGTAGTATTAGCAGGTGTGAt < 2:881499/135‑1 (MQ=255) cGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGAt < 2:383055/141‑1 (MQ=255) cGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGAt < 1:313588/141‑1 (MQ=255) tgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTACCACTAGAAAAAAAATACATGTAGAGGCACGCGACGCATCAGCAGGGAAGATTGAAcccc > 2:487767/1‑141 (MQ=255) gcgcAACAATTAATATTGGCGCTGCAGTAAACGAATGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTa > 1:914437/1‑141 (MQ=255) gcgcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGGACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGGGTGATTGAACCCCCTa > 1:241143/1‑141 (MQ=255) gcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGt > 1:148961/1‑141 (MQ=255) gcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGt > 1:394144/1‑141 (MQ=255) aacaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTACCACTGAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGtcc > 2:394826/1‑139 (MQ=255) aacaaTTAATATGTGCGCAGTCGTTGGCGGAAGTACAATGATTGCTTTCTTAGCTACCCTCGGTGGTCGTGCTACATCTGGTAAAAATGTCCCTGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGc < 1:298689/141‑1 (MQ=255) acaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTATCATTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACTCCCTGGTGCt > 2:876233/1‑141 (MQ=255) acaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTACCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACACGCTGGTGCt > 2:641357/1‑141 (MQ=255) acaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTACCACTAAAAAAAAAGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATGAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCt > 2:557232/1‑141 (MQ=255) aaaTTAATAGTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTCCTCTCGGTGGGCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCtt < 2:667909/140‑1 (MQ=255) aaTTAATATTGGCGTAGTCGTTGGCGAAGATACAATGATTGATATGAATGCTACTCTAGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTCGTGCTTc < 2:565684/141‑1 (MQ=255) gcgcAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATaa < 1:555958/141‑1 (MQ=255) cAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCg > 1:725787/1‑141 (MQ=255) cAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGGTATAATCg > 1:120202/1‑141 (MQ=255) cAGACGTTGGGCAAGGTAAAAAGAATGATATGAATGTGACTCTCGGTGGTCGAGCAACAACTGGTAAAAATGTACATGTCGTGGCTGGCTCAGTATTAGCAGGTGTGATTGATCCGCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCg < 2:148474/141‑1 (MQ=255) gTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAg < 1:320844/141‑1 (MQ=255) tCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAgg > 1:275493/1‑141 (MQ=255) gtgTTGGAGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAgg < 2:764957/139‑1 (MQ=255) cGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAGAAAAAAAGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGGGTGATTAGAACCCCAAGAGCTTCACCGGTTATAAACGAGga > 2:484608/1‑141 (MQ=255) gTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACCACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGGGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGGGgat > 1:137784/1‑141 (MQ=255) gTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGgat > 1:227571/1‑141 (MQ=255) ttGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGGGgatg > 1:572666/1‑141 (MQ=255) ttGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTGACCGGTTATAATCGAGgatg > 2:242650/1‑141 (MQ=255) tGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTACAATTGGTAAAAAAGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCCCCGGGTATAATCGGGgatga > 2:82009/1‑141 (MQ=255) agttagaaTGGTTGAAATGGATGCCAATCTGGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGCAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTAtt < 2:221106/135‑1 (MQ=255) aGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTAtt < 1:232433/141‑1 (MQ=255) aGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGGCGTGCTACAACTGGTAAACATGTCAGTGTAGTGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTAtt < 1:906527/141‑1 (MQ=255) aTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAAGGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCTAGGATGATGTATTAATCGGt < 1:277573/141‑1 (MQ=255) tatGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATAGGTGCCAACGc > 2:138836/1‑141 (MQ=255) tatGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAGAACATGTAGGGACTGGCGCAGGATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTAATCGGTTATAATAGAGGATGATGAGTTAATAGGGGCAAATGc > 2:459050/1‑141 (MQ=255) aaTGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGtt > 1:584587/1‑141 (MQ=255) aaTGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAGTAAATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGGGCTTCACCGGTTATAATCGAGGAGAAGGGATTAATCGGTGCaaagcacgtt > 2:861927/1‑134 (MQ=255) tGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGTTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTAt > 2:903055/1‑141 (MQ=255) ctctCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTaa > 1:530426/1‑140 (MQ=255) ccGGTGGTCGGGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAg < 1:82009/140‑1 (MQ=255) ggtggtCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAGCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGGATTAATGGGTGCAATTGCAGTTGTTTTCTAAGgt > 1:505726/1‑141 (MQ=255) gtCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCCGGCGCAGCATGAGCAGGTGTGATTGAACCCCAACATTTGTCAACGGGTATGATCCAGGAGGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTAc < 1:216151/141‑1 (MQ=255) gccGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGGGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTAc < 1:34760/139‑1 (MQ=255) tGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACgtgt > 2:716386/1‑141 (MQ=255) tGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGGGTACgtgg > 2:576164/1‑140 (MQ=255) | AATTGAACCAGGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACGTGT > USA300TCH1516_ALE/1434925‑1435203 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |