| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,222,687 | G→A | G296D (GGT→GAT) | coaBC → | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,222,687 | 0 | G | A | 98.9% | 296.6 / ‑4.1 | 89 | G296D (GGT→GAT) | coaBC | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (49/39); total (50/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
TCATGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGGTGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCAAG > USA300TCH1516_ALE/1222550‑1222823 | tcaattacAAAGTGTTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGATAAGCCGATTAAACGAAAAAAACATTGTTGTAAAAGCAGCAGACGAATAAAAAAAAAAAACAATAAATATATAAAAACATAAAATAAAAAAGCAGGAtgatga < 2:896385/134‑1 (MQ=255)tCATGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGAtgatga < 2:451144/141‑1 (MQ=255)tCATGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGAtgatga > 2:375700/1‑141 (MQ=255)gcATGTCTAAAGCGCTGAAGAAATGTCTGAACAAGTGACAAGCTGATTTGACGATCAAGACATTGTTGTCAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGAtgatga < 1:881989/140‑1 (MQ=255) cATGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGgatgatgat > 1:899733/1‑141 (MQ=255) aTGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATAGACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGTAGGATGATGAtt > 2:492603/1‑141 (MQ=255) aTGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGAtt > 2:832335/1‑141 (MQ=255) gTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATTTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTg < 2:4446/141‑1 (MQ=255) tCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTc < 1:750897/141‑1 (MQ=255) cAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCa < 1:892545/141‑1 (MQ=255) aaaaGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCa < 2:746856/140‑1 (MQ=255) aaGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGt > 1:252448/1‑141 (MQ=255) aGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTCTTAAAACATAAAATAAATAAGCAGGATGATGGTGTGTAAGtt > 2:676464/1‑140 (MQ=255) aGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGAAGGACGATGATTAGTCAGTa > 2:272142/1‑141 (MQ=255) aGTGCAGAAGAAATGTTTGAACAAGGGACAAGCCGATTTGAAGAACAAGATATTGTGGTAAAAGCAGCAGACGTATCTGATTTGACTCCTGTGGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTa < 2:373958/141‑1 (MQ=255) gCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCt < 1:108191/141‑1 (MQ=255) gCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCt < 1:847872/141‑1 (MQ=255) gtGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTGGACGAAAAAGACATTGTTGTAAACGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCtt < 2:754914/140‑1 (MQ=255) cTGAAGAAATGTTTGAACAAGGGACAAGCCGATTTGACGAACAAGAGATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCtt < 1:118481/141‑1 (MQ=255) tGAAGAAATGTCTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACTCCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCttt < 1:107757/141‑1 (MQ=255) gaagaaATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGTATGATGATTTGTCAGTATCtttt < 2:264128/141‑1 (MQ=255) aaaTGTTTGAACAAGTGACAAGCCAATTTGACCAACAAGATTTTGTTGTAAAAGCAGCAGCTGTATCTGACTATACACCGGTTGATCTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCACGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAAc < 1:595533/141‑1 (MQ=255) aaTGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACg > 2:923777/1‑141 (MQ=255) tttGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGAACt > 2:62685/1‑141 (MQ=255) tGAACAAGTGCCAAGCCTATTTGACGAACAAGATACTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTACCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTGGTCAGTATTTTTTAAACGTACTaa < 1:211377/141‑1 (MQ=255) tGAACAAGTGCCAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTaa < 1:393430/141‑1 (MQ=255) gAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTaaa < 2:380991/141‑1 (MQ=255) cAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGAc < 1:29803/141‑1 (MQ=255) cAAGGGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGAGGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGag > 2:559698/1‑140 (MQ=255) acacGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGGCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATACtt > 2:246762/1‑141 (MQ=255) aCAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCtt > 2:795896/1‑141 (MQ=255) cAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTa < 2:672561/141‑1 (MQ=255) aGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTAGCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTaaa > 2:272343/1‑141 (MQ=255) gcagATTAGACGAGCAAGATAGTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGAATATGCACCCGTTGATGTTGTAGAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAat < 2:790955/138‑1 (MQ=255) gCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAat < 1:844592/141‑1 (MQ=255) ctaTTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat < 1:179120/139‑1 (MQ=255) ccaTTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat < 1:376144/139‑1 (MQ=255) cGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat > 2:246504/1‑141 (MQ=255) cGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat < 1:500495/141‑1 (MQ=255) cGACTTGACAAACAAGATATTGTCGTAAAAGCAGCAGCCGTAGCTGACGATACACCGGGTGATGTATTAGCACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTGGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat < 1:492603/141‑1 (MQ=255) gATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATAtt > 1:72026/1‑141 (MQ=255) gATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATAtt > 2:723726/1‑141 (MQ=255) aTTTGACGAACCAGCAATTGATGTAAAAGCAGCACCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATAttt < 2:160208/141‑1 (MQ=255) tttGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACCCCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTa > 1:17552/1‑141 (MQ=255) tGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAgg > 1:657143/1‑141 (MQ=255) tGACGAACAAGATACTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAgg < 1:640935/141‑1 (MQ=255) aCGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTCTACCCAGGTTGAGGTATGAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTg > 2:886513/1‑141 (MQ=255) aGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATaa < 1:67049/141‑1 (MQ=255) gttgtAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATATTTTAATTGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATca < 1:178125/141‑1 (MQ=255) agcagaagcCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTGTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTAttt < 2:252027/141‑1 (MQ=255) gcagcagcCGTATCTGACTTTACCCCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAACAGCAGGGTGACGATTTGTGAGTATAGGTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTGAGGTGAACATAAAACATGACGGTAGTTa > 2:555205/1‑141 (MQ=255) gcagcagcCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATATTTTAAACGTACTACAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTa > 2:37842/1‑141 (MQ=255) cagcCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAg < 1:324375/141‑1 (MQ=255) cagcCGTATCTGACGATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAg < 1:432029/141‑1 (MQ=255) agcCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAgg < 2:702216/141‑1 (MQ=255) agcCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAgg < 1:425712/141‑1 (MQ=255) ccGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCt > 1:322025/1‑141 (MQ=255) cGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCCCAGTATTTAATAGGCtt > 1:806832/1‑141 (MQ=255) cGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGGGAACATAAAACATCCCAGTATTTAATAGGCtt > 1:806826/1‑141 (MQ=255) gACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTgcagca < 2:98463/141‑1 (MQ=255) aCTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACCGTATTTAATAGGCTTTGcagcag > 2:85091/1‑141 (MQ=255) acacCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACt > 1:900069/1‑141 (MQ=255) ccGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGaa < 1:387152/141‑1 (MQ=255) gTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGat < 2:738328/141‑1 (MQ=255) ttGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTAAATGTAATGTAAACGTACTGAAGAAAGCCGCTAGCGCCCAGTTTCACTTAAGTCATCACATTATTGAATATTCTTTGTAGCAGAGACTGAAGata > 2:885594/1‑141 (MQ=255) tGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTCTTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGatat > 2:188308/1‑141 (MQ=255) tGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTGTTAAGCGTACTAAAGACATTCTTAACTATTTAGGTGAACATAAAAAATGACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCTGAGACTGAAGgtag > 2:3497/1‑140 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGaacgtctt > 1:309029/1‑135 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATAtt > 2:917560/1‑141 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATAtt > 1:698480/1‑141 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATAtt > 1:698561/1‑141 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATAtt < 1:723726/141‑1 (MQ=255) aTGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTGAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGGTATTg > 2:685759/1‑141 (MQ=255) aTGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTg > 1:180864/1‑141 (MQ=255) aTGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTg > 1:539196/1‑141 (MQ=255) tGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGa > 1:581392/1‑141 (MQ=255) tATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGACACTAAAACATCACAGTATTTAATAGCCTTTGCAGCAGAGACTGAAGCTATTGaaa > 2:506089/1‑141 (MQ=255) tATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCCCAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGaaa > 2:136843/1‑141 (MQ=255) aCATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGc > 2:437980/1‑141 (MQ=255) aCATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACGGAAGATATTGAAAATTATGc > 1:600644/1‑141 (MQ=255) aTAAGATAAAAAAGCAGGATGGTGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTCTTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGAAATTGACAATTATGcac > 1:582296/1‑141 (MQ=255) gATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTAAGCacaaca > 2:290919/1‑141 (MQ=255) aTGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGACGATCTTGAAAATTATGCAcaacaa > 2:11927/1‑141 (MQ=255) tGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAGCaaa > 2:245098/1‑141 (MQ=255) tGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACaaa > 1:163786/1‑141 (MQ=255) ggAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACaaa < 2:252448/140‑1 (MQ=255) aGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGCTATTGAAAATTATGCACAAAAAAAATTaa > 2:799072/1‑140 (MQ=255) aGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTaa > 1:806076/1‑140 (MQ=255) aGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTAc > 2:867364/1‑141 (MQ=255) gCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACg > 2:613510/1‑141 (MQ=255) cAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATGATGCACAACAAAAATTACGc > 1:877463/1‑141 (MQ=255) aGGATGATGATTTGTCAGTATCCTTTAAACGTACTCAAGACCTTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCGTTGTGGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCa < 1:307118/141‑1 (MQ=255) ggATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTGTTTCATAGTCATGGCAGTAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCaa > 1:255862/1‑141 (MQ=255) ggATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCaa < 1:917560/141‑1 (MQ=255) gatgatgatTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCAAg > 1:876638/1‑141 (MQ=255) | TCATGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGGTGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCAAG > USA300TCH1516_ALE/1222550‑1222823 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |