| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 396,851 | G→A | G28S (GGT→AGT) | efeN → | putative deferrochelatase/peroxidase EfeN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 396,851 | 0 | G | A | 98.8% | 245.9 / NA | 85 | G28S (GGT→AGT) | efeN | putative deferrochelatase/peroxidase EfeN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/32); minor base C (1/0); total (53/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGATGCTGTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCGGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTACCACACCCACGCAAAAAACA > USA300TCH1516_ALE/396715‑396991 | gggATGCTGTTAATTGATTAGGAGAGCCACTAAGTATAATGGCTGTTATTACGGAAGGACAAATTATGAACAAGTTAGCGTTATTACACCATTTTCAAGACCTACATTTCTGTAAATGTTAGGGATTGGCGGTGCCAgttt < 2:236918/140‑3 (MQ=255) ggATGCTGTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTTTGATTACTGGATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGtt > 2:841476/1‑141 (MQ=255) ggATGCTGTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTCCGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGAGATTGGCGGTGCCAGGGtt > 2:24835/1‑141 (MQ=255) ggATGCTGTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGACGGTGCCCGTGtt > 2:776436/1‑141 (MQ=255) gATGCTGTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTg > 1:615233/1‑141 (MQ=255) gATGCTGTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTg > 2:104821/1‑141 (MQ=255) tGCTGTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCa > 1:312203/1‑141 (MQ=255) gTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTg > 1:194864/1‑141 (MQ=255) ttAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCGATTgg > 1:230827/1‑141 (MQ=255) ttAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTgg > 1:791895/1‑141 (MQ=255) ttAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTgg > 1:383337/1‑141 (MQ=255) ttAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTAGCAATTgg > 1:187546/1‑141 (MQ=255) aGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAgtggt < 2:857294/141‑1 (MQ=255) aGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTCAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAgtggt < 1:869738/141‑1 (MQ=255) aGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAAAGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAgtggt < 1:64933/141‑1 (MQ=255) gagaGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCACGTGgggt > 2:285340/1‑141 (MQ=255) gagaGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGCCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGgcgt > 1:709380/1‑141 (MQ=255) agagCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTTCATTTTTGATAATGTTATGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGtt < 2:793294/141‑1 (MQ=255) agagCCACTAAGTAAAATGGCTGTGAATACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCACGTGGTGtt > 2:571255/1‑141 (MQ=255) gagCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTg > 2:851034/1‑141 (MQ=255) ccACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTa > 1:372934/1‑141 (MQ=255) aCTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGTGGTTGGTAGc > 2:37608/1‑141 (MQ=255) aCTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGc > 2:544535/1‑141 (MQ=255) cTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCa > 2:355447/1‑141 (MQ=255) cTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGCTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGGAGCa > 2:760226/1‑141 (MQ=255) aGTAAAATGGCGGTGATTACCGAACGACAAATTATAAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATCGGCGCTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCAtgt < 1:30342/141‑1 (MQ=255) gTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCAtgtg < 1:124413/141‑1 (MQ=255) gTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCAtgtg < 1:630432/141‑1 (MQ=255) aaTGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCt < 1:134833/141‑1 (MQ=255) gCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTGGCATGTGGTCTTTCa > 1:841642/1‑141 (MQ=255) gCTGTGATTACTGAATGACAAATTAGGAATAAGTTAGCGATAGTACGCAATCTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCa < 1:667095/141‑1 (MQ=255) cTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCCATTGGGGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCaa > 1:209525/1‑141 (MQ=255) cTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCaa < 1:405847/141‑1 (MQ=255) tgtgATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTAGATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGAGGTGCCAGTGTTGCGATTGGCGCAACTGGTGTTAGTAGCATGTGGTCTTTCaaa < 1:596032/141‑1 (MQ=255) tgtgAATACCGAAGCACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCaaa < 1:408488/141‑1 (MQ=255) tgATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATc < 2:336734/141‑1 (MQ=255) tgATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATc < 1:808693/141‑1 (MQ=255) tgATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATc < 1:162436/141‑1 (MQ=255) tgATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTGAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATc < 2:276671/141‑1 (MQ=255) ttACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTATTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAACTCAAt > 1:730460/1‑141 (MQ=255) tACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATg > 2:45011/1‑141 (MQ=255) aCTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGt < 1:795405/141‑1 (MQ=255) aCTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGt > 1:358926/1‑141 (MQ=255) aCTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATAAATGt > 1:645386/1‑141 (MQ=255) cTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGtt > 1:703320/1‑141 (MQ=255) cTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTCCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGGCTTTCAACTCaccagt > 2:318858/1‑136 (MQ=255) tGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTc < 2:769559/141‑1 (MQ=255) tGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTc < 2:372934/141‑1 (MQ=255) tGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTc < 2:128455/141‑1 (MQ=255) aaaTTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACAcc > 1:354554/1‑141 (MQ=255) aTGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCagaag < 2:494785/141‑1 (MQ=255) tGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTCTTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTAAAATCAAAGTTCCATACACGagaaga > 2:390499/1‑141 (MQ=255) aCAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATcc > 2:137758/1‑141 (MQ=255) aCAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATcc > 1:799841/1‑141 (MQ=255) gTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGaa < 2:770470/141‑1 (MQ=255) ttAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGGGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAACTCAATGTTCAATACACCAGAAGATGCGGaaa > 2:721286/1‑141 (MQ=255) tAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGaaaa > 2:821756/1‑141 (MQ=255) aaCGATAGTATGCAATTTTCAAGACGGACATTTTTGAAAATGTTAGGTATGGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGaaaaa < 2:249525/141‑1 (MQ=255) aaCGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCACTGTTCAATACACCAGAAGATCCGGaaaaa > 1:15255/1‑141 (MQ=255) aaCGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGaaaaa < 2:114512/141‑1 (MQ=255) aaCGATAGTACGCAATTGTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGGTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCCATACACCAGCGGATCCGGaaaca > 2:733540/1‑139 (MQ=255) aCGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACCCCAGAAGATCCGGAAAAAg > 1:112844/1‑141 (MQ=255) aCGATAGTACGCAATTTTCAAGACGGACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAg < 1:269550/141‑1 (MQ=255) aGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACAACAGAAGATCAGGAAAAAGATGCg > 1:612788/1‑141 (MQ=255) aGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGATATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCACATCAATGTTCAATACACGAGAAGGGCCGGAAAAAGATGCg > 1:227630/1‑141 (MQ=255) cGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGTATATCCGGAAAAAGATGCGTATg < 1:539333/141‑1 (MQ=255) tttCAAGACGTACATTTTTTAATATTTTTGGTATTGGCGGTACCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTGGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATAAACCAGAAGACCCGGAAAAAGATGCGTATGAAttat > 2:498597/1‑139 (MQ=255) tttCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAACACGATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGACtttt > 1:122884/1‑141 (MQ=255) tttCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACAGGAAGGTCAGGAAAAAGATGCGTATGAAtttt > 1:881602/1‑141 (MQ=255) tttAAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGCTCCGGAAAAAGATGCGTATGAAtttt > 2:700786/1‑141 (MQ=255) aaGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATgg > 1:134888/1‑141 (MQ=255) aaTTTTGGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGc < 2:302371/140‑1 (MQ=255) ttttGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAAc < 1:698294/141‑1 (MQ=255) tgttGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAAc < 1:297524/139‑1 (MQ=255) tGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAg < 1:73551/141‑1 (MQ=255) aGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTACcac > 1:428862/1‑141 (MQ=255) aGGTATTGGCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTACcac > 1:613191/1‑141 (MQ=255) tGGCGGGGCCAGTGTTGAAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTATTTTAATTCAATGGTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTAAGGTAAAGTGCAACCAGGCATTACCACACCCAc < 1:211580/141‑1 (MQ=255) gCGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTAccacgcccacgc > 1:181459/1‑141 (MQ=255) cGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTACCACAACCAGGCa > 2:691631/1‑141 (MQ=255) cGGTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTGCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTCCCACACCCCCgaa > 2:204367/1‑139 (MQ=255) ggTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGCTCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTACCACACCCACGCaa > 2:666318/1‑141 (MQ=255) ggTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATCCGTACGAATTTTATGGTAAGGCGCAACCAGGCATTACCACACCCACGCaa > 2:59415/1‑141 (MQ=255) ggTGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAAGGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGGAACCAGGCATTACCACACCCACGCaa > 1:556451/1‑141 (MQ=255) tGCCAGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTCCCACACCCACGCaaca > 2:129215/1‑139 (MQ=255) ggTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATGCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGGGCAACCAGGCATTACACAACCCACGCAAAAAACa > 2:812208/1‑141 (MQ=255) | CGGATGCTGTTAATGCATTAGGAGAGCCACTAAGTAAAATGGCTGTGATTACTGAATGACAAATTATGAACAAGTTAACGATAGTACGCAATTTTCAAGACGTACATTTTTGAAAATGTTAGGTATTGGCGGTGCCGGTGTTGCAATTGGCGCAAGTGGTGTTGGTAGCATGTGGTCTTTCAAATCAATGTTCAATACACCAGAAGATCCGGAAAAAGATGCGTATGAATTTTATGGTAAAGTGCAACCAGGCATTACCACACCCACGCAAAAAACA > USA300TCH1516_ALE/396715‑396991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |