| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 96.1% | 1318.5 / 20.1 | 298 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/4); new base . (170/116); total (173/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 | attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTCTAATTGTAGCAATATGTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa > 2:553634/1‑141 (MQ=255)attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa > 2:154224/1‑141 (MQ=255) tgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTTGGAGATGT‑GCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa > 1:771618/1‑141 (MQ=255) ttGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTGATAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaa < 2:320327/140‑1 (MQ=255) aacttATTTCCACTAATGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaa < 1:385270/138‑1 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaat > 2:305479/1‑140 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCGGGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaat > 2:678319/1‑140 (MQ=255) ttATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat > 1:327305/1‑138 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAGTaaaaaatata > 1:642516/1‑137 (MQ=255) aTTTACATTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc < 1:196224/141‑1 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTAGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACa > 2:92147/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTGTTATACTGTGTAATCACAATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 1:694295/1‑141 (MQ=255) tcaacTAGTGCTTAAACTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGCACTGTGTTTTCTCCATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGGTTAATCACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc < 2:365527/138‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt > 2:638411/1‑141 (MQ=255) tGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAATTTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTATTTACAATACTACAAAT‑AAAAAATATACAACTAAAGCtt > 2:78500/1‑141 (MQ=255) gCTTAAATTTACAGGTTTGTCACAAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAAT‑TAAAAAAAAAAATATACATCTAAAGGTTa > 2:161447/1‑141 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTGACGGTTaa > 1:201416/1‑141 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa > 1:760833/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTATAGGTTaaa > 2:138188/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTGAAGGTTAAATTa > 1:575482/1‑141 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa > 2:438308/1‑141 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAAATCTAAAGGTTAAATTaa > 2:286719/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 2:430482/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:63442/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 2:397627/1‑141 (MQ=255) ttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg < 1:614704/141‑1 (MQ=255) ttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg > 1:34623/1‑141 (MQ=255) tACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa < 2:473456/141‑1 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 1:780063/1‑141 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 1:549376/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTAATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACACCTAAAGGTTAAATTAATaaaa > 2:370285/1‑141 (MQ=255) aGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 1:208444/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 2:707403/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAGCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt > 2:216209/1‑141 (MQ=255) ttGTCATCAAAGATGTAAGGAACTTGCTTTTCTCCATAACCATAAACTTTT‑TTTATAACTGCAGCACTATTTCTTAATCTGTTTAATTACTAGACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAg < 2:773765/141‑1 (MQ=255) ttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTCGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATGAATGAAAAATAg > 2:176650/1‑141 (MQ=255) gTCACCAAGTAATGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTAC‑TTTAACATTGTAGCCCAATTTCATATGCTGTCTAAACGATATACCAAAAAT‑AAGAAATATACATATAAAAGATAAATCAATCAAAAATAGaa > 2:611929/1‑141 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt > 1:560940/1‑141 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGCATTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTCGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATAGACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag > 1:512495/1‑141 (MQ=255) gTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATAAAAAATAGAATTAGAGaa > 2:268072/1‑141 (MQ=255) ttGTAGTATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAatat < 2:587406/141‑1 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATTCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata < 1:532131/141‑1 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 2:143616/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 1:724312/1‑141 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCATAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 1:688475/141‑1 (MQ=255) gATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaaaa > 2:102926/1‑141 (MQ=255) aTCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAc < 2:196503/141‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa < 2:692389/141‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa > 1:191038/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGCTAACaaaa > 2:751498/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:519770/1‑141 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 2:34623/141‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 1:115567/141‑1 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGa > 1:132609/1‑141 (MQ=255) tttCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGa < 1:274627/141‑1 (MQ=255) tctcAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAt > 1:316358/1‑141 (MQ=255) ctcAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAACGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAtt > 2:404001/1‑141 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt > 1:428513/1‑141 (MQ=255) atatCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc < 2:110564/141‑1 (MQ=255) atatCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc < 2:460860/141‑1 (MQ=255) tCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAATTCTCAAg > 1:154231/1‑141 (MQ=255) tCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 1:459956/141‑1 (MQ=255) aaaTTATG‑TTTATAAATGTAGCACTATTTATTATGCTGATAAATCACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt < 2:482924/141‑1 (MQ=255) ttttC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa < 1:63851/141‑1 (MQ=255) ttttC‑TTTATAATTATAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa < 2:385864/141‑1 (MQ=255) ttC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATCTTGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg > 1:320868/1‑141 (MQ=255) ttC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAAATACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg < 1:101719/141‑1 (MQ=255) tC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAga > 1:434218/1‑140 (MQ=255) c‑TTTATAATTGTAGGACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:412157/1‑141 (MQ=255) ttttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAACTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa < 1:297959/140‑1 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa > 1:5709/1‑141 (MQ=255) ttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACGAACCGAAAAA‑ATACATCAAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:22511/141‑1 (MQ=255) ataATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAAT‑AAAAAATATACATCTATAGGTTAAATTAATGAAAAATAAAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGTAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa > 2:649977/1‑141 (MQ=255) taATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGaa < 1:751/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATCTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:352532/141‑1 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 1:252261/1‑141 (MQ=255) gTAACAATATTTCATATGCTGTATAATTACTATAATACAAAT‑ACAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa < 2:258968/141‑1 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt > 1:681864/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGTTGTTTAATTACTAGAGTAGAAAT‑AAAAAAGATACATCTGAAGGTTAAAGGAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTGCTCAAGAAACGTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 1:161348/141‑1 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:666411/141‑1 (MQ=255) cTATTTCTGATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAACTAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTACAAgtgtt > 1:359893/1‑140 (MQ=255) tATTTCTTATGCTGTTAAATTAATATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTAAAAAAAAAGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt < 2:12702/141‑1 (MQ=255) aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:2490/1‑141 (MQ=255) aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:81460/1‑141 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 2:164447/1‑141 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg < 1:85437/141‑1 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAAGAATTTATCAAGAAACTTTAAGTAAACAATTAAAAAAGTCTAg > 2:543037/1‑141 (MQ=255) tttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAATTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa < 1:501776/140‑1 (MQ=255) cTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGAGTCTAGGCa > 2:219944/1‑141 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 1:443326/141‑1 (MQ=255) atggcgTTTAAATACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCGAAAGGTTAAAGTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 2:124261/136‑1 (MQ=255) gCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATGGAGTTAGAGAGGATAGGAAACGAAAACAGAATGCTGAAGAACCTTGGACTAAAGACTGAAAAAGGTGTAGTCaacaat > 1:552896/1‑137 (MQ=255) cgttttAATTACTATACGAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATCTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt < 2:510266/138‑1 (MQ=255) tttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTaa < 1:180406/141‑1 (MQ=255) ttAATTACAAAAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt < 2:453388/141‑1 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAATGGTCTAGGCAAACTATTCATGc > 1:185229/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 1:649104/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 1:715351/1‑141 (MQ=255) atacAAAT‑AAAAAATAGACACCTAAACGTTAAATTAATTAAAAATAGAATTAGAGAATATAAAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc < 1:238805/140‑1 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat > 2:561064/1‑141 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTC‑TTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |