BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512759

gggCGTTCAATACAGATGACAAAGATGTAATTTTTACTGTTGTTAAGAAGTTTGGGGGCCTGTATCGTATTCATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATAACTAACGAAGATTAATTTTaa                                                                                                                                            >  1:576664/1‑141 (MQ=255)

   cacctcgtcccatgccgaacacagaagttacgctccttagcgtcgattgtattctaacttacgttcctctaaagtagaacgtcgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa                                                                                                                                         >  2:717001‑M1/137‑141 (MQ=255)

     cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt                                                                                                                                       >  1:400661‑M1/135‑141 (MQ=255)

       tggtcccatgccgaacacaggagttgagcttcttagcgtcgatggtgggcgaacttacgttccgctagagtagaaggttgccaggcagttttttaaccaaattttggtttaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTa                                                                                                                                     >  2:422714‑M1/133‑141 (MQ=255)

         gaaCAGATGACAAAGGTGCACTTTTTACTGTAGTTAATCAGATAGAAAGCCAGTCTAGCATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAACTACTAACGAAAATGAACTGTAAAAAgcaata                                                                                                                                   >  2:497386/3‑136 (MQ=255)

           cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaacaataaaatggacaagataaAAACAGTtattta                                                                                                                                 <  1:568504‑M1/13‑3 (MQ=255)

             catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                               <  1:106722‑M1/15‑1 (MQ=255)

                 gaaaaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTaaa                                                                                                                           <  2:762615/138‑1 (MQ=255)

                 ccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTgccttcaa                                                                                                                           <  2:178913‑M1/19‑4 (MQ=255)

                   caacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                         >  1:208266‑M1/121‑141 (MQ=255)

                     acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgtttcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                       <  2:511211‑M1/23‑1 (MQ=255)

                     acacagaaggtaagttgcttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                       >  1:641349‑M1/119‑141 (MQ=255)

                      aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                      >  2:500382/1‑141 (MQ=255)

                        cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat                                                                                                                    >  1:315211‑M1/116‑138 (MQ=255)

                        cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat                                                                                                                    >  1:451291‑M1/116‑138 (MQ=255)

                            aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTCTTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                >  1:743099/1‑141 (MQ=255)

                            aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                >  1:268341/1‑141 (MQ=255)

                             aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTAATAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                               >  2:199109/1‑141 (MQ=255)

                                  gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaataaaccatagggtaaaaaataaaagggacaagataaAAAAAGATATGGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                          <  1:227271‑M1/36‑1 (MQ=255)

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                                                                         tttGTTAAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                   <  2:355637/141‑1 (MQ=255)

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                                                                            gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                >  2:309816/1‑141 (MQ=255)

                                                                            gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                >  2:431718/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                  gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                          <  1:101973/141‑1 (MQ=255)

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                                                                                      acaaaacaaCTCAACTTAAGACAAATGGCGTGTAACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATAACAATATg                                                      >  1:382599/1‑141 (MQ=255)

                                                                                         aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATTTCa                                                   >  1:226494/1‑141 (MQ=255)

                                                                                          ggtattttgttaagcgaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaCAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGACTGACAATATGTCaa                                                  >  1:59817‑M1/50‑141 (MQ=255)

                                                                                          ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                  <  2:259120‑M1/92‑1 (MQ=255)

                                                                                               ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                             >  2:401512/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                                    aaataaaattttggttaaaaaaaaaaatggaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTAAAATGTTGATAAAAGTTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATTcc                                        >  2:116309‑M1/40‑141 (MQ=255)

                                                                                                      atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                      >  1:713608‑M1/38‑141 (MQ=255)

                                                                                                         aaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                   <  2:59694‑M1/107‑1 (MQ=255)

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                                                                                                          aattttgttgaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                  <  2:494183‑M1/108‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                  <  1:79665‑M1/108‑1 (MQ=255)

                                                                                                           aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGGCAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc                                 >  1:694946/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                                                ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                            <  1:497783‑M1/114‑1 (MQ=255)

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                                                                                                                 gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                           <  1:385703‑M1/115‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  ggAATTACTAACGAAAATTAAATTTAAAAAGTCATTGACTTAAAAGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGAAAGAAAATTGAACATTGAAAACTGAATGACACTATGTCAACGTTAGTTCTAAAAAACGTAACta                          >  2:766759/2‑141 (MQ=37)

                                                                                                                     aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATCACAATATGTCAACGTTAAAACAAAAAAACGTAACTATaa                       <  2:579245/141‑1 (MQ=38)

                                                                                                                     aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGGATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                       >  2:673176/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                       tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                     <  2:282123/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                    >  1:753744‑M1/20‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtatatttta                   >  1:4281/1‑136 (MQ=255)

                                                                                                                         cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                   >  1:140792/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                          tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                  <  1:191828/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             aatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAGCTGAATGACAATATGTCAACGTTAAGTCCAAAAGACGTAACTATAAGTTACaaa               >  1:511211‑M1/15‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aatggacaagataaAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTAACaaa               <  2:469414‑M1/127‑1 (MQ=255)

                                                                                                                               aggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa             >  1:16850‑M1/13‑141 (MQ=255)

                                                                                                                               aaacTTAATTTTAAAAATGTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAGTGTAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa             <  2:527620/141‑1 (MQ=25)

                                                                                                                                aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat            >  2:568527/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                  attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta          <  2:77807/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta          >  1:444528/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                    taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt        >  1:146205/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                    aagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATACAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt        >  2:648731‑M1/8‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                     agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAAAAAAATTAttt       <  2:236102‑M1/135‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      gatacAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCTAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa      <  1:535797‑M1/136‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                        tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTGTAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTACTTGCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACataattctgt    >  1:324497/1‑137 (MQ=25)

                                                                                                                                         aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa   >  2:140719‑M1/3‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                          aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt  >  2:688401‑M1/2‑141 (MQ=255)

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.