| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000731 | 81 | N→G | 100% | intergenic (–/‑151) | – / → repA | –/replication protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 81 | 0 | N | G | 100.0% | 854.5 / ‑6.5 | 246 | intergenic (–/‑151) | –/repA | –/replication protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base N (0/0); major base G (149/93); minor base A (1/1); total (150/96) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 | gatatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGCTAATAAAACGTTTAGa > 2:268005‑M1/60‑141 (MQ=255)gatatttataaagggtttataaacccttgataaagctatattttctcttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAACCTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAACCGTTTAGa < 2:102979‑M1/82‑1 (MQ=255) ttttatcaatggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 2:690576‑M1/57‑141 (MQ=255) atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:340133‑M1/57‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGATTATTTATATAATTTTCGAAACTTATCTTCTTAAATGAATAATAACTGAGTGCAAGCACCTAAATAATTAGATAATTGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCaaa > 1:576715/1‑141 (MQ=255) gTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACt < 2:638061/141‑1 (MQ=255) taataaCACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATTATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCTTTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTa > 2:496211/1‑141 (MQ=255) taataaAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTa < 1:69957/141‑1 (MQ=255) taataaAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTCTTATTACCTCTTACCAAACTa > 1:464618/1‑141 (MQ=255) gTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGa > 1:198574/1‑141 (MQ=255) gTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCCCTTACCAAACTAAAATATGGa > 1:494951/1‑141 (MQ=255) tttAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCACTTCCCAAACAAAAATATGGaa > 2:233650/1‑141 (MQ=255) gttAGAAACTGTTTCATTAGACCATTTTCGAATCATGTATTATATAATGAATAATAGATGAGTGCAAGTACCTAAAACATTAAATAAATTTACAGCTAATTAAACAGTTTTTATGACCTCTTCCAAAACTACAATATGGaa > 2:441725/2‑141 (MQ=255) ttAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGaaa > 1:276976/1‑141 (MQ=255) ttAAAAACTGTTGAATTAAATATTTTTCGATACTTGTATTATATAATGAAAAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGaaa < 1:555484/141‑1 (MQ=255) aGAAACTGTTTATGTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAGGAATAATATCTTAATGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAAAGACAAGCTAAATCAAGACATTTTATTCACTCTTCCTCAAATAAAATAAggcagaa > 2:728281/1‑136 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |