| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 499,857 | C→T | 16.5% | A854V (GCG→GTG) | gltA → | Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 499,857 | 0 | C | T | 16.5% | 199.6 / 24.1 | 94 | A854V (GCG→GTG) | gltA | Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/42); new base T (6/9); total (42/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
TTTAAAGCATACTCTGAAGCGGTGAACAAAAATAGAACAGATCACATTAGACATTTACTTGAATTTAAAGCATGTACACCGATTGACATCGACCAAGTTGAACCGGTAAGTGACATTGTCAAACGCTTTAATACAGGGGCGATGAGTTATGGATCGATTTCAGCGGAAGCACATGAAACGTTAGCACAAGCCATGAACCAATTAGGTGGAAAGAGTAATAGTGGTGAAGGTGGCGAAGATGCAAAACGTTATGAAGTACAAGTTGATGGAAGCAACAA > USA300TCH1516_ALE/499718‑499995 | tttAAAGCATACTCTGAAGCGGTGAACAAAAATAGAACAGATCACATTAGACATTTACTTGAATTTAAAGCATGTACACCGATTGACATCGACCAAGTTGAACCGGTAAGTGACATTGTCAAACGCTTTAATACAGGGCCg > 2:241536/1‑141 (MQ=255) ttAAAGCATACTCTGAAGCGGTGAACAAAAATAGAACAGATCACATTAGACATTTACTTGAATTTAAAGCATGTACACCGATTGACATCGACCAAGTTGAACCGGTAAGTGACATTGTCAAACGCTTTAATACAGGGGTGa > 1:647535/1‑141 (MQ=255) aaaGCATACTCTGAAGCGGTGAACAAAAATAGAACAGATCACATTAGACATTTACTTGAATTTAAAGCATGTACACCGATTGACATCGACCAAGTTGAACCGGTAAGTGACATTGTCAAACGCTTTAATACAGGGGTGATg < 2:107894/141‑1 (MQ=255) aaaGCATACTCTGAAGCGGTGAACAAAAATAGAACAGATCACATTAGACATTTACTTGAATTTAAAGCATGTACACCGATTGACATCGACCAAGTTCAACCGGTAAGTGACATTGTCAAACGCTTTAATACAGGGGTGATg < 2:421315/141‑1 (MQ=255) 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tACAGGGGCGATGAGTTATGGATCGATTTCAGCGGAAGCACATGAAACGTTAGCACAAGCCATGAACCAATTAGGTGGAAAGAGTAATAGTGGTGAAGGTGGCGAAGATGCAAAACGTTATGAAGTACAAGTTGATGGAAg > 2:644083/1‑141 (MQ=255) tACAGGGGCGATGAGTTATGGATCGATTTCAGCGGAAGCACATGAAACGTTAGCACAAGCCATGAACCAATTAGGTGGAAAGAGTAATAGTGGTGAAGGTGGCGAAGATGCAAAACGTTATGAAGTACAAGTGGATGGAAg > 2:703136/1‑141 (MQ=255) cAGGGGCTATGAGTTATGGATCGATTTCAGCGGAAGCACATGAAACGTTAGCACAAGCCATGAACCAATTAGGTGGAAAGAGTAATAGTGGTGAAGGTGGCGAAGATGCAAAACGTTATGAAGTACAAGTTGATGGAAGca < 2:219005/141‑1 (MQ=255) cAGGGGCGATGAGTTATGGATCGATTTCAGCGGAAGCACATGAAACGTTAGCACAAGCCATGAACCAATTAGGTGGAAAGAGTAATAGTGGTGAAGGTGGCGAAGATGCAAAACGTTATGAAGTACAAGTTGATGGAAGca < 2:652159/141‑1 (MQ=255) ggCGATGAGTTATGGATCGATTTCAGCGGAAGCACATGAAACGTTAGCACAAGCCATGAACCAATTAGGTGGAAAGAGTAATAGTGGTGAAGGTGGCGAAGATGCAAAACGTTATGAAGTACAAGTTGATGGAAGcaacaa > 1:659637/1‑141 (MQ=255) | TTTAAAGCATACTCTGAAGCGGTGAACAAAAATAGAACAGATCACATTAGACATTTACTTGAATTTAAAGCATGTACACCGATTGACATCGACCAAGTTGAACCGGTAAGTGACATTGTCAAACGCTTTAATACAGGGGCGATGAGTTATGGATCGATTTCAGCGGAAGCACATGAAACGTTAGCACAAGCCATGAACCAATTAGGTGGAAAGAGTAATAGTGGTGAAGGTGGCGAAGATGCAAAACGTTATGAAGTACAAGTTGATGGAAGCAACAA > USA300TCH1516_ALE/499718‑499995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |