| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 531,520 | C→A | 17.7% | A261E (GCA→GAA) ‡ | ispE → | 4‑diphosphocytidyl‑2‑C‑methyl‑D‑erythritol kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 531,520 | 0 | C | A | 17.7% | 134.2 / 9.8 | 66 | A261E (GCA→GAA) ‡ | ispE | 4‑diphosphocytidyl‑2‑C‑methyl‑D‑erythritol kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/22); new base A (2/10); total (33/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
TCGATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTTGATGAACC > USA300TCH1516_ALE/531380‑531655 | tCGATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑Gc < 1:709470/141‑1 (MQ=255)ccGATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGACAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑Gc < 1:281757/140‑1 (MQ=255) gATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCaa < 1:50882/141‑1 (MQ=255) ttAGAGTCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCaaaa < 1:64885/141‑1 (MQ=255) agagCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCaaaaaa > 2:412090/1‑141 (MQ=255) gagCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCTCAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCaaaaaaa > 2:474136/1‑140 (MQ=255) agCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCaaaaaaaa > 1:433724/1‑139 (MQ=255) agCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAata > 2:411207/1‑141 (MQ=255) acccAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAAACGATAAAAAAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAAAAAA‑AAAAAAAata < 2:121340/139‑1 (MQ=255) gCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAatat > 2:599098/1‑141 (MQ=255) gCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAatat > 2:671645/1‑141 (MQ=255) gCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAatat > 2:470789/1‑141 (MQ=255) ccAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATAtt > 2:766488/1‑141 (MQ=255) ccAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATAtt < 1:360283/141‑1 (MQ=255) aaTTTCTGTTTAAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAACATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAACAAAAAAAATAttt > 1:550640/1‑141 (MQ=255) tGTTTCAAAACAACCAAAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTCTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAAACAA‑AAAAAAAATATTTATAATGc < 2:510320/141‑1 (MQ=255) tGTTTAAAAAAAACAAAAAAACAATAAATTAAAAAATAATAAGTGGAAAAGTGGAGCAGATGGTGCGTTAATGAGAGGAAGCTGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAAAAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGc < 2:281905/141‑1 (MQ=255) tCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGAACGAGAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAAAATTAATAATGAAGtt > 2:553396/1‑141 (MQ=255) cAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTa < 1:722267/141‑1 (MQ=255) aaacaacCCACAAATTGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGTGGACTTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTaa < 2:14451/136‑1 (MQ=255) cacCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGgt > 1:523501/1‑141 (MQ=255) cccACAAATCTATAAATTAAGAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAAAAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGgttg < 2:537278/141‑1 (MQ=255) ccACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGgttgt > 1:657658/1‑141 (MQ=255) ccACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGgttgt < 1:711691/141‑1 (MQ=255) caAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTCGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAACAAATATCTATAATGCAGTTAACGGTtgttgt > 1:299306/1‑141 (MQ=255) aaaTCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGATGCGTTGAGGAGTGGGAGCGGACCTACTGGGGATGGGCTGGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACTGTAGTTGTa > 2:593160/1‑141 (MQ=255) aaTCGATAAATTAAAAAATAATATGTGGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGAAAA‑ACAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTaa < 2:454558/141‑1 (MQ=255) tCGATTGATTAAAAAATAAGAAGTTGAAAAGGGGAGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGATGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATg < 2:438124/141‑1 (MQ=255) tAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTGGTTGGAATGAAgg > 1:630800/1‑140 (MQ=255) tAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGATGTTGTAATGAAgt > 2:516887/1‑141 (MQ=255) tAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GAAAAAAATCTTTCTAATGACGTTCAGGGTCATGGTGATGAAgg > 2:346889/1‑140 (MQ=255) aaaataaaaaataaTATGTTGAAAAGGGGAGCAGATGGGGAGTAAATGAGGGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAAAAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAgtg < 2:50229/141‑1 (MQ=255) ttAAAATATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTAc < 1:369899/141‑1 (MQ=255) agtaataTGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTCTACttagtt < 1:578687/139‑1 (MQ=255) ataacaTGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTATAATGAAGTGTACttagtta > 1:536825/1‑141 (MQ=255) aaaGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGGGGAAGCGTACCGACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGAt < 1:694251/141‑1 (MQ=255) ggtgCAGGTGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGAGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATAAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGAGAGAAg > 2:603331/1‑141 (MQ=255) gtgCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTGACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAgg > 2:235125/1‑141 (MQ=255) tgCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATAAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGACAGAAggg > 1:471496/1‑141 (MQ=255) gCAGATGGGGGCTTAAAGAATTGAAGCAGACATACGTTGTATGGGCTAGCACTAAAAGAAAAAAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGt < 2:663929/141‑1 (MQ=255) ggTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGaaaa < 1:445367/141‑1 (MQ=255) ggTGAGTTAATGAGTGGAAGCGGAACTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGAAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGaaaa < 2:99982/141‑1 (MQ=255) cGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATg > 1:294148/1‑141 (MQ=255) agtGAGGGGAAGCGGAACTACTGTGGATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGGAGTTAACGGGTGTTGTAATGAAGTGTATTTAGTTCGACTGTGAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGat < 1:382623/139‑1 (MQ=255) aaTGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGat < 1:673413/141‑1 (MQ=255) aaTGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGat < 1:750617/141‑1 (MQ=255) actGGAGGCGGACCTCATGTGTAAGTGATAACACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTTTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGTGTTGAAAAGATGAGATATaa < 2:37643/139‑1 (MQ=255) gTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCCGATAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTTGTTAGACTATTAGGATAGAAGGTTTGAAAAGAGTAGATATaaa > 1:503380/1‑141 (MQ=255) tGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTAGTTAGTTAGACTATTAGGATAGATGGGTTGAAAAGGTGAGATATaaag > 1:401759/1‑140 (MQ=255) tGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAAc < 2:379025/141‑1 (MQ=255) aGCGGGCCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAATGCCAC‑ACAAAAAATTTTTATCATGGAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAATGTACTTGCTAAGACTATATGGATAGAAGGGTAGAAAAGCTGAGATATAAACGaaa > 2:308401/1‑140 (MQ=255) ccTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCgagag < 2:369965/141‑1 (MQ=255) ccTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCgagag < 2:638753/141‑1 (MQ=255) cTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCgagaga < 1:194032/141‑1 (MQ=255) tgtATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGTGAGAGAATTGtt < 1:410147/141‑1 (MQ=255) ggCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATg > 2:708802/1‑141 (MQ=255) ggCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGATGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGAGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATg > 2:720149/1‑141 (MQ=255) gCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGAGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGa > 2:775264/1‑141 (MQ=255) cACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTA‑GATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAat > 2:49738/1‑141 (MQ=255) cGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAata > 1:505835/1‑141 (MQ=255) cGAAAAAAAAAAAAA‑GAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAata < 2:359106/141‑1 (MQ=255) agAAAAAAAAACAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAata < 2:3153/140‑1 (MQ=255) aagaaagCCAA‑GCAAAAAAGATTTATAAGGCAGTTAACGGTGGGTGTAATGAAGTGTACTTAGTTGGCATAATAGGATCGAAGGGATGCACAGATGAGAAAGAAACGAAGCAAGAGAAATGTTTTTCTGACGTAACAttta > 2:267740/1‑140 (MQ=255) aagaaagCCAA‑CCAAAAAAGATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTtg < 1:177312/141‑1 (MQ=255) agaaagCCAA‑GGAAAAGATATTTACAACGCAGGTAACGGGTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTtga < 2:25901/141‑1 (MQ=255) agaaagCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTtga < 2:722451/141‑1 (MQ=255) aagCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTtgatga > 2:705679/1‑141 (MQ=255) ccAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGAATATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAGACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTTGATGAAcc > 2:242522/1‑141 (MQ=255) | TCGATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTTGATGAACC > USA300TCH1516_ALE/531380‑531655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |