| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 567,389 | A→T | 60.8% | Q98L (CAA→CTA) | ctsR → | Transcriptional regulator CtsR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 567,389 | 0 | A | T | 60.8% | 35.0 / 66.1 | 56 | Q98L (CAA→CTA) | ctsR | Transcriptional regulator CtsR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/11); new base T (15/19); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
ACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCTAGAGATATTATTAGA > USA300TCH1516_ALE/567249‑567522 | acGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAACCGTGGTTGCGGTGGTTACTTTCGAATCTCTAAAATTGAAAATAAGGATGCACCAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGCCCTTCTATTTCTca < 2:279811/141‑1 (MQ=255)acGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTTGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCACCAGGTCATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTca < 1:347630/141‑1 (MQ=255) gATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTctac > 2:733274/1‑141 (MQ=255) aTTCACTAATGGACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGAGGGGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTctaca > 1:359663/1‑141 (MQ=255) aTTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTcaaca < 2:28333/141‑1 (MQ=255) ttCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTcaacaa < 1:35852/141‑1 (MQ=255) aCTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTctacaacaa < 1:35472/141‑1 (MQ=255) aaCATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACCTCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTAGAATAATCATTTGCTTCAGCTGCTTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCttatt > 2:433826/1‑141 (MQ=255) aCATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTTGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCttatta > 2:407381/1‑141 (MQ=255) cATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTtattat < 2:677381/141‑1 (MQ=255) cATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGGTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTCGTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAGGCTtattat > 1:301107/1‑141 (MQ=255) ggTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTAATGACGAATCGCTTTTAAGCACTTGTGAGAGGGAACACGTTATATTAATCATTTTCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTtattatatt < 2:555537/141‑1 (MQ=255) aggAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTg < 2:371999/139‑1 (MQ=255) aTGAAACCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTg < 2:309693/141‑1 (MQ=255) tGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTTGTTACATCCGAATCACTCCTATTGAGAAGAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGa < 1:219811/141‑1 (MQ=255) tGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGa < 1:518999/141‑1 (MQ=255) tGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGa > 2:353259/1‑141 (MQ=255) tGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGa > 2:535949/1‑141 (MQ=255) gAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGAt > 1:265287/1‑141 (MQ=255) aaaGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTAATGATGGGCttt > 2:406653/1‑141 (MQ=255) aaaGTAAACGTGGGGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCttt < 1:35121/141‑1 (MQ=255) gtggtggtTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTtaa < 1:73761/141‑1 (MQ=255) ttACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTTTTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGa > 1:533336/1‑141 (MQ=255) tACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGaa < 1:450863/141‑1 (MQ=255) tCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTAATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGATCGTg < 1:19750/141‑1 (MQ=255) tCCGAATCACTAAAATAGAGAATAAAGATGCAACAGGTGATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTg > 1:441430/1‑141 (MQ=255) gAATCACTAAAAATGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATCGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAg > 1:557768/1‑141 (MQ=255) aTCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCt < 2:446210/141‑1 (MQ=255) aaTTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGAt < 1:15553/141‑1 (MQ=255) tGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCa < 1:316473/141‑1 (MQ=255) gcaaaTAAAGATGCAACAGGGTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCaa < 1:212215/139‑1 (MQ=255) aaaTAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAga > 2:543934/1‑140 (MQ=255) aaaTAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGc > 1:193945/1‑141 (MQ=255) aTAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAg > 2:523914/1‑141 (MQ=255) gATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTAtt > 1:117281/1‑141 (MQ=255) cAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATa < 2:13855/141‑1 (MQ=255) aaaGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATaga < 2:153068/139‑1 (MQ=255) aCAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTATCAGCACCAAGCGTGTTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATATTAAGAAATAGACGTGAAGGTAGGATGATTTAAGCAGTTATTGagagg > 1:457711/1‑140 (MQ=255) aGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTACTATATTATTGATGGCCTTCTACATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAgaga < 1:663563/141‑1 (MQ=255) atatTAATCATTTGCGTCAGCTTATTGGTCCTTCTATTTCTCTACAATAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATAAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGc < 1:357177/141‑1 (MQ=255) tatTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCt > 1:461689/1‑141 (MQ=255) tatTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCt > 2:12970/1‑141 (MQ=255) tatTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTACTATATTATTGCTGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGATAAAATACTTCACGCAGTTATTGATAGAAAAACGCt > 2:161357/1‑141 (MQ=255) atTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTa < 2:624915/141‑1 (MQ=255) aaTCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATCAATTAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCa < 1:523914/141‑1 (MQ=255) tCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATGGATAGAGAAACGCTATCaag > 1:120818/1‑140 (MQ=255) tttGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGa < 2:776836/141‑1 (MQ=255) cTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATg < 2:763190/141‑1 (MQ=255) cAGTTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGtt < 2:265287/141‑1 (MQ=255) cAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGtt < 1:784023/141‑1 (MQ=255) cAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGtt < 1:783630/141‑1 (MQ=255) cTGATTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCt > 1:51438/1‑141 (MQ=255) cTGATTGGACCTTCTATTGCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCt < 2:259261/141‑1 (MQ=255) aTTGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATGGATAGAGAAACGCGATCAATGGATATGGTTGCTagg > 2:428280/1‑140 (MQ=255) ttGGACCTTCTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAAAGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGATATCAATGGATATGGTTTCTagag > 1:766805/1‑141 (MQ=255) ttGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCTagag < 1:188278/141‑1 (MQ=255) ggACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTTTTGATGGGCTTTTAGATAAAAGGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCTAGAGat < 1:20101/141‑1 (MQ=255) ggACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCTAGAGat < 1:4094/141‑1 (MQ=255) ggACCTTCTATTCCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGCATCTGTGTTCTAGAGat < 2:597217/141‑1 (MQ=255) cTATTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGACTTTTAGATGAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCGATGGATATGGTTTCTAGAGATAttatta > 2:593635/1‑141 (MQ=255) aTTTCTCTACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCTAGTGATATTATTagg > 2:662048/1‑140 (MQ=255) aTTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCTAGAGATATTATTagc > 1:270338/1‑140 (MQ=255) aTTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCTAGAGATATTATTaga > 2:179709/1‑141 (MQ=255) | ACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAAAATGTTAATAAATGAACGTGAAGCTAAAATGATTCAAGCAGTTATTGATAGAGAAACGCTATCAATGGATATGGTTTCTAGAGATATTATTAGA > USA300TCH1516_ALE/567249‑567522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |