| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 587,957 | G→T | 58.6% | A621S (GCG→TCG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 587,957 | 0 | G | T | 58.6% | 38.5 / 67.0 | 67 | A621S (GCG→TCG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/15); new base T (29/10); total (42/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ACAAGCAAACTCTAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAACACGT > USA300TCH1516_ALE/587818‑588087 | acaAGCAAACACTAAATTAGATGAAAATTGTCGTTTAATGGATGATGAAGTTGTACGTCGTTTCCGTGGTAACAACACAGTTAAGGCTAAAGTAAAAAAGGATTATAGGGATGTATGGCTGAAGCATGTTGTGTCagcagc < 2:349850/141‑1 (MQ=255) caataCTCTAAATTAGATGGAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACa < 2:354299/137‑1 (MQ=255) aaaatcaaaatcAGATGAAAATCGTAGATTAAAAGATAATGAAGTAATATGTAGATCAAGTGGAAACAATAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGc < 2:712496/141‑1 (MQ=255) aaaCTCTAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAGCAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGATGTTTCAGCAGCGACAGc > 2:131750/1‑141 (MQ=255) aaaCTCTAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTATATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGAATCGACAGc > 2:503416/1‑141 (MQ=255) atagctAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCa < 1:190550/137‑1 (MQ=255) aaCTCTAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCa > 2:485922/1‑141 (MQ=255) aCTCTAAATTAGATGAAAATGGACGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGAAAGCAt > 2:739920/1‑141 (MQ=255) ctctAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATg < 1:201907/141‑1 (MQ=255) ctAAATTAGATGAAACTGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTCACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGGTGTTTCAGCATCGACAGCATGTa > 1:391183/1‑141 (MQ=255) aaaTTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGAGGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTAtt < 2:595269/141‑1 (MQ=255) aaaaTGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGCCAGCATGTATTC‑CAGTCTTAg > 2:615768/1‑141 (MQ=255) aaaaTGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCAACAGCATGTATTA‑CATTCTTAg > 2:17051/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGa > 1:760400/1‑141 (MQ=255) ggTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGTAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAat > 2:405434/1‑141 (MQ=255) ggTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTGTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAat > 2:612712/1‑141 (MQ=255) gTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATCCAGTTATGGCTAACGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTATTAGAAAatg > 1:86523/1‑141 (MQ=255) tCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAatga > 1:401601/1‑141 (MQ=255) gTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAatgatg < 1:387853/141‑1 (MQ=255) ttCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGAc > 1:107398/1‑141 (MQ=255) tGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGAATATAGGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGAATCGACAGCATGTATTC‑CAATCTTAGACAAagatgaacgaa > 2:584395/1‑136 (MQ=255) ggATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCaaa < 1:730479/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCg > 2:127331/1‑141 (MQ=255) gaAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAAGCATGACTCAAACCGAGCa > 2:528378/1‑141 (MQ=255) aaGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCATGCAt > 2:525658/1‑141 (MQ=255) gTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTg > 2:734846/1‑141 (MQ=255) gTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTg < 1:210895/141‑1 (MQ=255) tATGTCGTTTCCGTGGCAACAATACAGTTATGGCTAAACAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATgg < 1:9049/141‑1 (MQ=255) aTGTCGTGTCCGTGGTAAAAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATggg < 2:33574/141‑1 (MQ=255) cGTTTCCGTTGTAAAAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGTATATCATATATGTATCTCCTTAGCAAGATGTATTAGCAGAGAGAGCATTTATTC‑CATGCTTAGAATATGATGACTCAAACCGTGTATTGATGGGTGCg < 2:590086/141‑1 (MQ=255) cGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCg < 1:43555/141‑1 (MQ=255) tCCGTGGTAACAATGCAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGTATGTATCGCCGAACCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACa < 2:38179/141‑1 (MQ=255) ccGTGGTAACAATACAGTTAGGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGCTGTCTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACAt < 2:134057/141‑1 (MQ=255) cGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATg > 2:572308/1‑141 (MQ=255) gTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCCACCCGTGCATTGATGGGTGCGAACATga < 2:661275/141‑2 (MQ=255) gTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCCACAGCCTGTATTA‑CATTTGTTGAAAATGATGACTCAAGCCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAAc < 2:166997/141‑1 (MQ=255) tAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGAAACg > 2:367930/1‑141 (MQ=255) tAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACg < 1:63814/141‑1 (MQ=255) tAACAATACAGTGATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCGGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGCTGGGTGCGAACATTCAAcc > 2:618292/1‑140 (MQ=255) tACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGc > 1:606356/1‑141 (MQ=255) cAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAg < 1:670926/141‑1 (MQ=255) tGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCCACGGCCAGCAGTACCtt > 1:232358/1‑141 (MQ=255) ggCTAAAGAAAAAATGAATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGGGCGAACATGCAACGCCAAGCCGTGCCttt > 1:469371/1‑141 (MQ=255) cTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGGACATGCCACGCCAAGCAGTGCCTTtga > 2:703364/1‑141 (MQ=255) gAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAAt > 1:423968/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATGC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATc > 1:777117/1‑141 (MQ=255) aaaaTGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCa > 2:773037/1‑141 (MQ=255) aaaaTGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGCGCCTTTTATGAATCCa > 2:165054/1‑141 (MQ=255) ggATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGc > 1:438230/1‑141 (MQ=255) ggATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCCTTAATGAATCCAGAAGc > 2:258208/1‑141 (MQ=255) ggATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGc > 1:687456/1‑141 (MQ=255) atGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGAAGTGCCTGTGATGAATCCAGAAGCACCAttt < 2:760400/141‑1 (MQ=255) tggatggaTCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGAGCGAACATGCAACGTCAAACAGTGCCGTTGATGAATCCAGAAGAACCATttg > 2:496014/1‑141 (MQ=255) ggATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCCACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATgtgt > 2:472681/1‑141 (MQ=255) ggATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTAAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATttgt > 2:482802/1‑141 (MQ=255) gATGTATCGCGGAAGCCAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCTTTTTCTTTTGAAA‑GATGAATAAAACCGTTCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATttgtt < 1:149357/141‑1 (MQ=255) aTCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTAc > 1:484113/1‑141 (MQ=255) tCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACa < 1:43585/141‑1 (MQ=255) aaGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGCACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAAAAGCACCACTTGTTGGCTCCGGTAtc > 2:614232/1‑140 (MQ=255) aggaaGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAAGGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATgg < 2:184512/138‑1 (MQ=255) cAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGaa > 1:69371/1‑141 (MQ=255) cAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGaa < 1:91974/141‑1 (MQ=255) cAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGaa < 1:384851/141‑1 (MQ=255) cAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACCCAAACCGTGAATTGATGGTTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGaa < 1:775648/141‑1 (MQ=255) gttgttTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGCacac > 1:591785/1‑141 (MQ=255) gttgttTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGGATGGAaccc > 2:110065/1‑139 (MQ=255) gttgttTCAGCATCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATCATGCGCCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTAGAGGTATGGAacac > 1:615382/1‑141 (MQ=255) tgttTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTAAAGGTATGGAACACGt > 2:414741/1‑141 (MQ=255) | ACAAGCAAACTCTAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTC‑CATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAACACGT > USA300TCH1516_ALE/587818‑588087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |