| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 667,603 | G→A | 8.8% | intergenic (+86/‑413) | USA300TCH1516_00600 → / → adh | hypothetical protein/Alcohol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 667,603 | 0 | G | A | 8.8% | 211.6 / 9.3 | 79 | intergenic (+86/‑413) | USA300TCH1516_00600/adh | hypothetical protein/Alcohol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/49); new base A (4/3); total (27/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
ATGAAGGTATGTGGAAGCATTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGATCATAGCTATATACTTTGTGAATTAATTCACATTATAATAAGAGTGAAG > USA300TCH1516_ALE/667465‑667743 | atgaAGGTATGTAGAAGCATTTCAAAGAAGCTTTACAGCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATACATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTc < 2:790796/141‑1 (MQ=255) aGGAATGAGGAAGCATTCATCTTATGCTTTACATCAAGCAGTTAATAAACAATCATTAACCAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAg < 1:218800/141‑1 (MQ=255) ggTATGTGGAAGCATTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAga < 1:117564/141‑1 (MQ=255) ggTATGTGGAAGCATTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGCCTTAga < 1:117553/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cATTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGt > 1:682708/1‑141 (MQ=255) ttcttcTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGAAGttt > 2:459166/1‑141 (MQ=255) tttctGATGCTTTACATCAAGCATTTAAATAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGttttt < 2:10790/140‑1 (MQ=255) cttctGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGttttt > 1:147645/1‑141 (MQ=255) cttctGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGttttt > 2:394088/1‑141 (MQ=255) gATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAAt > 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(MQ=255) tttAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAaattaaatta < 1:33905/141‑1 (MQ=255) tttAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAaattaaatta < 2:52061/141‑1 (MQ=255) tttAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGACTGATTGGGAGTTTTTTTATTTGTTTTGAaattaaatta < 1:440614/141‑1 (MQ=255) aattcaATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATCAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCACTGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATc < 1:264836/141‑1 (MQ=255) attaaATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCt > 2:678452/1‑141 (MQ=255) attaaATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTAAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCt > 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2:771521/141‑1 (MQ=255) aaGATATGATTAATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACAttttttt < 1:46582/141‑1 (MQ=255) aaGATAGTATTCATGTCGCAAGGACGACGGAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATGTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACAttttttt < 2:2292/141‑1 (MQ=255) aGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAGTTAATCTGTAGTTAATAAAAATTTTGAATAACTGACACAtttttttt > 2:716524/1‑140 (MQ=255) gATATGATTCATTTCTCAATGACTACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGa < 2:578918/141‑1 (MQ=255) gATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGa < 1:490934/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) atGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGATCATAGCTATATACTTTGTGAATTAATTCACATTATAATAAGAGTGa < 2:673340/141‑1 (MQ=255) gTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGATAATAAAAAATTTGAATAAATGAAACATTTTTTTGATCTTAGCTATATACTTTGTGAATTAATTCACATTATAATAAGACTGaaa > 2:139667/1‑140 (MQ=255) | ATGAAGGTATGTGGAAGCATTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGATCATAGCTATATACTTTGTGAATTAATTCACATTATAATAAGAGTGAAG > USA300TCH1516_ALE/667465‑667743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |