| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 945,717 | C→T | 6.5% | A776T (GCA→ACA) | mnhA1 ← | Na(+)/H(+) antiporter subunit A1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 945,717 | 0 | C | T | 6.5% | 177.8 / 2.9 | 62 | A776T (GCA→ACA) | mnhA1 | Na(+)/H(+) antiporter subunit A1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/28); new base T (2/2); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
CATTACCATGAAAAAGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGATTCAAAATGTCTATTT > USA300TCH1516_ALE/945579‑945856 | acttACCATGAAAAAGATAATAACTGCAGCAAATTGCACAATTAGGTGATTTTGTTGTGCATTCGTGATTTTTCCCCTCCTTATCTTGCGTTTGAGGCTTTTTACTTAATTTACCCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGa < 2:1180/139‑1 (MQ=255) ccATGAAAAAGATAATACCTGCAGCCAATTGCAAACTTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGTCGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCa < 1:67920/141‑1 (MQ=255) ccATGAAAAAGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCCTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCa < 2:498560/141‑1 (MQ=255) ccAGGAAAAAGATAATAACTGCAGCAAATTGTAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCa < 2:699556/141‑1 (MQ=255) aaaGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGTGATACCAAGcacaa > 2:426071/1‑140 (MQ=255) aaaGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGTGATACCAAGCACAg > 2:426065/1‑141 (MQ=255) aaGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGa > 1:626595/1‑141 (MQ=255) aaGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGa > 1:362353/1‑141 (MQ=255) aaGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGa > 1:455378/1‑141 (MQ=255) aaGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCAAGAATTTTCACCTCGATCCCTTTCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAACTAATCCTGCGATACCCAGCACAGa > 2:476414/1‑141 (MQ=255) aaGATAATAACTGCAGAACATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGa > 2:679055/1‑141 (MQ=255) aaCTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGa < 1:66555/141‑1 (MQ=255) aaCTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAAATGACCCGa > 1:428038/1‑141 (MQ=255) aaCTGCAGCAAATCGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGa < 1:326380/141‑1 (MQ=255) tGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATa < 1:680125/141‑1 (MQ=255) tagcaAATTGCAAAATTAGATCATTTTGCTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATaaa < 2:449580/140‑1 (MQ=255) caAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCCCCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTa < 1:322489/141‑1 (MQ=255) tGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACAAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCAt > 2:44057/1‑141 (MQ=255) ccAAAATTAGATCATTTTTTTGTCCATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATa < 1:155342/140‑1 (MQ=255) cAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATAc < 1:732288/141‑1 (MQ=255) aTTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACg < 1:55857/141‑1 (MQ=255) aTTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACg < 2:527187/141‑1 (MQ=255) tCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTAAATCATTGGATATACAGCGAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATc > 2:281770/1‑141 (MQ=255) aTTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTGTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCACGCACAGATGACTCGAATAAAGAATCCATACCACGAAAAGcaa > 2:445171/1‑141 (MQ=255) tCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGa < 2:180724/141‑1 (MQ=255) cTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGAc < 2:486762/141‑1 (MQ=255) ttCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGtt < 1:436395/141‑1 (MQ=255) tCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGttt < 1:401416/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCACCTCGTTACCCTGCGTTGGACGCTTTTTACGTAATTTAATCCTGGTATATACAGCGAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCAt < 1:254083/141‑1 (MQ=255) tttttCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATg > 1:86176/1‑141 (MQ=255) ttttCACCTCGTTACCTAGCGTTCGACGCATTTTACGTAATTTAATCATCGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCCCGCAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGt > 2:365014/1‑141 (MQ=255) tCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATCTACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGtttt < 2:276813/141‑1 (MQ=255) aCCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATAAACAAGTGTGACGTTTACCATGTTTTTa > 2:286753/1‑141 (MQ=255) ccTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTAc > 2:74279/1‑141 (MQ=255) ccTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTAc > 2:378479/1‑141 (MQ=255) aCCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATGCCCGCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGc > 1:382190/1‑141 (MQ=255) cGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATc > 1:667447/1‑141 (MQ=255) ttGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATa < 1:370662/141‑1 (MQ=255) tGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGATCTAAATCATaa < 2:6691/141‑1 (MQ=255) gCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGt > 2:526129/1‑141 (MQ=255) aaTTTAATCATTGTATATACAGCGAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAACCGTGCTCTTGATaa < 1:430788/141‑1 (MQ=255) tAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACt > 1:733002/1‑141 (MQ=255) tAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACt > 2:379515/1‑141 (MQ=255) aTCATTGTATATACAGCTAATCCTGTGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTa < 1:426071/141‑1 (MQ=255) aTCATTGTATATACAGCTAATCCTGTGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTa < 1:426065/141‑1 (MQ=255) aTCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGTTGGCTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTa > 1:542245/1‑141 (MQ=255) tatataCAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCg < 2:162444/141‑1 (MQ=255) tatataCAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCg > 2:58200/1‑141 (MQ=255) tatataCAGCTAATCCTGCCATACCAAACACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCg < 1:624859/141‑1 (MQ=255) atataCAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGa > 2:584520/1‑141 (MQ=255) tataCAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAACCTTAGATATCGAt > 1:27727/1‑141 (MQ=255) tacaCAGCTAAACCTGACATACCAAGCACAGATTACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGAt < 1:27558/138‑1 (MQ=255) ataCAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGCGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGAtt > 1:290222/1‑141 (MQ=255) ataCAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGAtt < 1:334748/141‑1 (MQ=255) ataCAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACAACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCAGTAACGTGCTCTTGATAAAACTTTGATATGGAtt > 1:526680/1‑141 (MQ=255) tAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGATTCAAAATg < 1:74279/141‑1 (MQ=255) tAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGATTCAAAATg < 1:378479/141‑1 (MQ=255) aaTCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGATTCAAAATGt < 2:86176/141‑1 (MQ=255) aaTCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTCATAAAACTTAGATATCGATTCAAAATGt > 2:342029/1‑141 (MQ=255) aTCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGATTCAAAATGTc > 1:285586/1‑141 (MQ=255) ccTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGATTCAAAATGTCtt > 2:663373/1‑140 (MQ=255) gCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGGGCTCTTGGTAAAACTTAGATATCGATTCAAAATGTCTAttt > 2:145357/1‑141 (MQ=255) | CATTACCATGAAAAAGATAATAACTGCAGCAAATTGCAAAATTAGATCATTTTGTTGTCTATTCATGATTTTTCACCTCGTTACCTTGCGTTTGACGCTTTTTACGTAATTTAATCATTGTATATACAGCTAATCCTGCGATACCAAGCACAGATGACTCGAATAAAGTATCCATACCACGGAAATCAACAAGTATGACGTTTACCATGTTTTTACCGTGAGCTAAATCATAAACGTGCTCTTGATAAAACTTAGATATCGATTCAAAATGTCTATTT > USA300TCH1516_ALE/945579‑945856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |