| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,231,720 | G→A | 12.3% | R122K (AGA→AAA) | stp → | Serine/threonine phosphatase stp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,231,720 | 0 | G | A | 12.3% | 129.9 / 11.1 | 59 | R122K (AGA→AAA) | stp | Serine/threonine phosphatase stp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (2/5); total (29/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
CGTAATAATATAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAGGTGAT > USA300TCH1516_ALE/1231581‑1231858 | cGTAATAATATAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTaga < 2:514730/141‑1 (MQ=255) ataataAAAAAGATATCAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAAAGCCt < 1:728471/141‑1 (MQ=255) ataAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGtt > 2:103331/1‑141 (MQ=255) taAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGtta > 2:80562/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atgttCAGTGATATCACTACGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGAc < 1:357066/138‑1 (MQ=255) ttttCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGTTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTGTTGAAAAATCAGTTGTGCTAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACa > 2:435045/1‑141 (MQ=255) aGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGATATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGGAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAGTTg > 1:40634/1‑141 (MQ=255) tCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAAt > 2:684315/1‑141 (MQ=255) aGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa < 1:9669/141‑1 (MQ=255) aaaTGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGGACAAATTACTAGTGATCACTc > 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(MQ=255) tttGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAGTAGTCGGCAAATTGAACAAATTCCTAGTGATCACTCATTTGTTGATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTa > 1:574838/1‑141 (MQ=255) ttGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTAc > 1:606100/1‑141 (MQ=255) cACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATCGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCTCTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCgg < 1:447711/141‑1 (MQ=255) aCTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGga < 1:684315/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa > 1:294789/1‑141 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa > 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(MQ=255) ttggATAGCAAATGTTGGTGATTGTAGAGCCTATGTTATGAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCAGTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:45494/138‑1 (MQ=255) tgtgATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:291085/141‑1 (MQ=255) tgtgATAGCAAATGTCGGTGATTCTAAAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca > 2:751522/1‑141 (MQ=255) tgggctAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:291067/136‑1 (MQ=255) taaaTAGCAAATGTCGCTGATTCAAAAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGCGATCACTCAATTGTTAATCATCTTGTTTTAACAGGTCAAAATACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACaa < 2:424134/138‑1 (MQ=255) tAGCAAATGTCGGTGATTCTAGCGCCTATGTTATTAATTGTCGACTAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTa < 1:339339/141‑1 (MQ=255) aTGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTAATAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAAtatta > 1:160858/1‑141 (MQ=255) gTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATattatt > 1:254436/1‑141 (MQ=255) gTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATAACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATattatt > 1:523656/1‑141 (MQ=255) cGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTAc < 2:473453/141‑1 (MQ=255) cGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATAACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTAc < 1:447386/141‑1 (MQ=255) 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CGTAATAATATAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAGGTGAT > USA300TCH1516_ALE/1231581‑1231858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |