| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | G→A | 100% | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | 0 | G | A | 100.0% | 240.7 / NA | 77 | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (39/38); total (39/38) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGT > USA300TCH1516_ALE/2279568‑2279841 | ttGAGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtg < 2:3825/141‑1 (MQ=255) tgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtgttg > 1:740323/1‑141 (MQ=255) tgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtgttg > 1:282638/1‑141 (MQ=255) cGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGttt > 1:132206/1‑141 (MQ=255) tattaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTTGTTTCATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑Ac < 1:124675/141‑1 (MQ=255) attaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑Acc < 1:135533/141‑1 (MQ=255) attaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑Acc > 1:278958/1‑141 (MQ=255) attaGTTGATTCTAATTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCAGTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑Acc > 1:431446/1‑141 (MQ=255) tcgTTGATTCTTCTTCTGGTTTACTAGTTTCATCGTTATCCTTTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTg < 2:694134/139‑1 (MQ=255) taGTTGATTCTTCTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCCTCAGTGTCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTg < 2:169365/141‑1 (MQ=255) gTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGtt > 2:61766/1‑141 (MQ=255) ttGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTg < 1:341723/141‑1 (MQ=255) ttCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGc < 1:684386/141‑1 (MQ=255) tCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGAACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCAGCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGct > 1:14316/1‑140 (MQ=255) tttcTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCAt < 2:261763/138‑1 (MQ=255) aCTTCTGGTTTACTAGTTACGTCGGTATCCATTGTCGGACTGTGTGTTGATGCATCCTCACTTGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCa < 1:64643/141‑1 (MQ=255) aCTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATcc > 2:576963/1‑140 (MQ=255) aCTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCa < 1:329217/141‑1 (MQ=255) aCTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCa > 2:790170/1‑141 (MQ=255) cTTCTGGTTTACTAGTCCCAACACGATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAACTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGGTGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATcgc > 1:383669/1‑139 (MQ=255) tCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCTGCATCACta > 1:648532/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACta > 2:17845/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTCC‑ACCTGTTGCCGCATCACta > 2:350971/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATAAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCAGCATGACta > 2:636023/1‑141 (MQ=255) tgggTTTACTAGTTACATTGTTTTCCATTGTCGGACTGTTTGTTCATGCATCTACCCTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCGGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACtat < 2:377984/139‑1 (MQ=255) tttACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTattatt < 1:247754/141‑1 (MQ=255) tACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTg > 1:341140/1‑141 (MQ=255) tACCAGTTACCGCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTg < 1:730268/141‑1 (MQ=255) tAGTTACATCTTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGCTGCATCTACACTAGTATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTTATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGgtg < 1:353825/141‑1 (MQ=255) ttACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTgttgttt > 1:335796/1‑140 (MQ=255) acttCGTTTTCCATTGTCGGACTGTTTGTTGAGGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCAGTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTc < 2:120826/138‑1 (MQ=255) aCATCGTTATCCATGTTCGGATTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTc < 1:83173/141‑1 (MQ=255) tCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATTATCTGTTGCTGATGTTACGTTTCTTTCGAGGTG‑TGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGga < 2:556025/141‑1 (MQ=255) gTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGgaga > 1:249172/1‑141 (MQ=255) cATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGGGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTc < 2:359343/141‑1 (MQ=255) aTTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTAGTCGGAGAAGCGTCt > 1:92940/1‑141 (MQ=255) ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCCTCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTg > 1:303156/1‑141 (MQ=255) ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTg > 1:51089/1‑141 (MQ=255) cGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCttt < 1:398293/141‑1 (MQ=255) ggccTGTTTGTTGGTGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGATTGGGGTTTATCATGTGCATCGTCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCGCTATTATTTGGTGTTGTGGGCGCACCGTCTGCTTTg > 2:360839/4‑141 (MQ=255) cTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTTTGGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCa < 2:281749/141‑1 (MQ=255) cTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCACCAGTTGCTGATGCTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCa < 2:281755/141‑1 (MQ=255) tgtttgttGATGCATCTACACTAGGATTGTTTCTAGCTTGCGGTTCATCATTTGCATCACCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTTTTTGAAATTGTCGTAGAAGCGTCTGCTTTGCCAt < 1:189256/141‑1 (MQ=255) tgtttgttGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCAt > 2:678026/1‑141 (MQ=255) ttgttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTTGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAg > 1:493792/1‑141 (MQ=255) tgttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGc < 2:655982/141‑1 (MQ=255) ttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑CCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAGGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTg > 1:135986/1‑141 (MQ=255) aTGCATCTACACTAGAATTGATATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTgtcg > 1:475503/1‑141 (MQ=255) gCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTgtcgtc < 2:266722/141‑1 (MQ=255) tACACTAGAATTGTTATTGGCTTGCGGTTTATCCTTTGTATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGa < 2:208401/141‑1 (MQ=255) tACACTAATATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACGATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGa < 1:370262/141‑1 (MQ=255) aTTGTTATTAGCTTCCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAgg < 2:648532/141‑1 (MQ=255) tattaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTc > 2:75162/1‑141 (MQ=255) gCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCTTTAGCTGTCGTGTCAGATACGTTAGGTTGTCCGGtt > 2:493215/1‑140 (MQ=255) gCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGGTAGGTTGTCCAGtt > 1:2750/1‑140 (MQ=255) cGGTTTATCTTTTGCTTCATCAGTTGCTGTTGTTACTGTTGTTTC‑TCCTTTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGATGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTc < 2:417296/141‑1 (MQ=255) ggTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCACATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCt > 1:525038/1‑141 (MQ=255) gTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTg < 2:132206/141‑1 (MQ=255) tttGTCATTTGCTTCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTgg < 1:288158/141‑1 (MQ=255) ttATCATTTGCATCATCCGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgt < 1:177933/141‑1 (MQ=255) ttATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTATGgt > 1:686045/1‑141 (MQ=255) aTCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgtgt < 2:393181/141‑1 (MQ=255) tttGCATCATTCGTTGCCGATGTTACTGTTGTTTC‑CCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCCCAAACTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTCGCa < 1:615241/141‑1 (MQ=255) atcatcAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGc > 1:765203/1‑141 (MQ=255) tcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAttt < 1:430862/141‑1 (MQ=255) caGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACGTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGCTACGTTAGGTTGTACAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCGTTTg > 2:459753/1‑141 (MQ=255) gTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGTGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTTGGTTGTCAAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGaa > 1:19852/1‑141 (MQ=255) gTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGaa < 1:790170/141‑1 (MQ=255) gTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGaa > 1:640190/1‑141 (MQ=255) gTTGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTATGGTGTTGCATTAGCATTTGaa > 2:516185/1‑141 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCGTTAGCATTTGAAt > 2:291573/1‑141 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAt < 2:303156/141‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTC‑GCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGc < 1:395133/141‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCCGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGc > 2:415613/1‑141 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGc < 1:622414/141‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGc > 2:234743/1‑141 (MQ=255) tGTTACTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGAATTAGCATTTGAATTTGCTGt > 2:593761/1‑141 (MQ=255) | TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTC‑ACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGT > USA300TCH1516_ALE/2279568‑2279841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |