| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 111,512 | 0 | A | G | 34.0% | 241.3 / 182.8 | 194 | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_RS00520 | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/53); new base G (36/30); total (111/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/111374‑111652 | aCTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCt > 3:226003/1‑141 (MQ=255) gAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCtaaa > 1:1027071/1‑138 (MQ=255) gAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAAATATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCaa > 1:97917/1‑141 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAat > 1:721394/1‑141 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAat < 3:140982/141‑1 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAat > 1:847886/1‑141 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAat > 1:762086/1‑141 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAat > 1:671262/1‑141 (MQ=255) aaGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATc > 2:127699/1‑141 (MQ=255) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGGCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCa > 3:375887/1‑141 (MQ=255) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCa > 4:46687/1‑141 (MQ=255) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCa < 2:746189/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAAtt > 3:336451/1‑141 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAAtt > 1:912300/1‑141 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTaa > 2:32352/1‑141 (MQ=255) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAAc < 3:151434/141‑1 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACt > 3:107206/1‑141 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACt > 4:215071/1‑141 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAGATCAAAAACTCTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTa < 1:735336/141‑1 (MQ=17) aaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAatga > 3:355294/1‑141 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat > 4:112052/1‑141 (MQ=255) cATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAAtgatga > 1:969083/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATAAACTAATGATGAtt > 4:24453/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAtt < 3:13209/141‑1 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAAATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAtt > 3:8240/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATta < 2:993267/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATta < 2:234683/141‑1 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTATCAATTTAAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTTCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGATAAATAACAATTAACAAAAAATtattat > 2:116615/1‑141 (MQ=9) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt > 2:386195/1‑141 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt < 2:768081/141‑1 (MQ=255) aGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt < 3:178808/141‑1 (MQ=255) aGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt > 1:88250/1‑141 (MQ=255) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATGTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa < 4:156780/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATAATGATTATAATGTaa > 2:491564/1‑141 (MQ=14) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa > 1:72540/1‑141 (MQ=255) aaTCGAAAACTTGAAGTTGTTGGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGTAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 4:266286/141‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa < 1:793688/141‑1 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAc > 4:144372/1‑141 (MQ=255) cGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACa > 1:10247/1‑141 (MQ=255) gAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATACAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACaa > 4:445249/1‑141 (MQ=255) gAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATAAAATATAAGCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAaaaaaa < 2:278496/141‑1 (MQ=18) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:250418/141‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt > 1:428572/1‑141 (MQ=255) tgtAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACgc < 1:594/139‑2 (MQ=255) ttAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACgca < 1:149835/141‑3 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaaaa > 3:158168/1‑141 (MQ=255) ttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATg > 2:588689/1‑141 (MQ=255) ttGCGAAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATg < 4:217363/141‑1 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGa > 1:362042/1‑141 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGa < 1:442271/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata < 2:140340/141‑3 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata < 1:127699/141‑3 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATACGACa < 3:427138/141‑1 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACAt < 4:274289/141‑1 (MQ=255) tataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACca < 4:331786/141‑1 (MQ=255) ataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaa < 3:96638/141‑1 (MQ=255) taGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaac < 2:438120/141‑1 (MQ=255) aGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacg > 4:417147/1‑140 (MQ=11) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCCGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTTAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACaaa > 3:300397/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACaaa < 1:269873/141‑1 (MQ=255) aTTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATa < 2:740766/141‑1 (MQ=255) ttttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATaa < 1:14752/141‑1 (MQ=255) tAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa > 2:970901/1‑100 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcgc > 2:533290/1‑141 (MQ=255) tttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGaa < 2:912300/141‑1 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 4:205756/141‑1 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt < 2:720867/141‑1 (MQ=255) tGAATTANAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGACGCtgt < 2:785944/141‑1 (MQ=255) gAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg > 4:305921/1‑77 (MQ=255) gAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg < 3:305921/77‑1 (MQ=255) aaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttg < 2:359274/141‑1 (MQ=255) ataAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGa < 1:552303/141‑1 (MQ=255) ataAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGa < 2:762086/141‑1 (MQ=255) gATGGAGATATATCATATCATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAACCAAATACGTAAAAGATATGCCCTACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGa < 2:884791/141‑1 (MQ=14) gATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGa < 2:838395/141‑1 (MQ=17) gATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGt > 4:53843/1‑141 (MQ=255) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAACTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg < 3:183026/141‑1 (MQ=255) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAt < 3:367037/141‑1 (MQ=255) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAtt > 1:312845/1‑141 (MQ=255) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAtt > 3:277936/1‑141 (MQ=255) cATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTaa > 1:82885/1‑141 (MQ=255) taATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAgg > 2:27109/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 2:917598/141‑1 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 3:320855/141‑1 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatca > 1:332085/1‑141 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatca > 2:558500/1‑141 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatca > 1:114289/1‑141 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTACAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatca > 2:204045/1‑141 (MQ=255) gCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 4:232726/1‑141 (MQ=255) gCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 1:640053/1‑141 (MQ=255) gCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 1:422654/1‑141 (MQ=255) ccGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGa > 3:356338/1‑141 (MQ=255) ccGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGa < 3:46387/141‑1 (MQ=255) gAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGata < 1:923739/141‑1 (MQ=255) tAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa < 1:68793/141‑1 (MQ=255) t‑‑‑‑‑tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa < 2:671262/141‑1 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTGATCAGTTGGATATaaaaaa > 2:377321/1‑141 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATCGAAAAGGTTCACCAGTTGGATaaaaaaaa > 2:500514/1‑141 (MQ=255) cAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaaa > 1:805795/1‑141 (MQ=255) aGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt > 3:93830/1‑141 (MQ=255) | TACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAT‑‑‑‑‑TCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/111374‑111652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |