| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 112 (1.230) | 67 (1.070) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
36/180 | NT | 46.4% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998141‑1998418 | gATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCTGATTTaaaa < 1:811447/141‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTAGCAATTGAGCTAGACCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGAAGGGATCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGCGCTAATGCCCCGATTTAAAACTGcccg > 2:326559/1‑139 (MQ=14) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGCTTTAAAACTGCCTg > 1:733936/1‑141 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGCGCTAATTCTCCGAATTAAAACTGCCTgg > 1:12557/1‑141 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAAGAGTTGAGAATGACGGGGTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 2:1064283/1‑141 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAACCTGCCTGGc > 2:913535/1‑141 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc < 2:987861/141‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCCCTGCTAGTAAGGCAGATCCCCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTCGc > 2:15638/1‑141 (MQ=14) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGAAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGTCTCCGATTGAAAGCTGCCGGGc > 2:588549/1‑141 (MQ=14) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGGCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGAAGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGGAGATGCTATACCAGCTGAGCTAATTCTCGGGTTTAAAACTGCCAggacaa > 1:86181/1‑137 (MQ=14) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGTACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 1:805603/141‑1 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCCCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc > 2:230845/1‑141 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt > 1:693146/1‑141 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt > 2:308809/1‑141 (MQ=255) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt < 2:808514/141‑1 (MQ=255) ctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATGTGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGGACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAGCGTTCTa > 2:555972/1‑141 (MQ=255) ctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCtc > 2:856433/1‑140 (MQ=255) ctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTGCTa > 2:389107/1‑141 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActc > 1:786518/1‑141 (MQ=255) aTTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAgtctgg > 1:360193/1‑139 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa > 1:56662/1‑141 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa > 2:535442/1‑141 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAAGTTCTACTCTAGCgtag > 2:657233/1‑138 (MQ=255) cTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGATTGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCCCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 2:352521/1‑141 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 2:751083/141‑1 (MQ=255) tatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt < 2:64636/141‑1 (MQ=255) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:467920/141‑1 (MQ=255) ggTAATAAAAAAGGGGGTAGAATGACGGGTTCTATCCGCCTCCCCGCTGCTTTGAAGGCAGATGCTCCCCCAGCTGAGCTAATTCGCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:30606/140‑1 (MQ=14) gTAAGAATAATTGGGGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 2:274079/141‑1 (MQ=255) gTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc > 2:643814/1‑141 (MQ=255) tAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGATTCGAACCGCCGAAACTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTAAGATATAAAACTGCCTGGCAACGCTCTACTCTAGCGGCCCGTAAATACGACTACCa > 1:225240/1‑141 (MQ=14) aaGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAt < 2:177246/141‑1 (MQ=255) aGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAGGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc > 1:905093/1‑141 (MQ=255) aTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc < 2:247607/141‑1 (MQ=255) aTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCAAACAGGTAGAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc < 1:1037766/141‑1 (MQ=14) aTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGAATATGCTCTCCCAGCTGCGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTCCTCTAGCGGAACGTAAGCTCGACTACCATCGAc < 1:973005/141‑1 (MQ=14) ataaTCGTTGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGGAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 1:1075570/139‑1 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGAGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTGTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAGTTAAAACTGCCTGGCAACGGTCTACTCTAGCGGAAGGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 2:401555/1‑141 (MQ=14) aTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTa > 2:147181/1‑141 (MQ=255) gtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCTACGCTAAgg > 2:168699/1‑141 (MQ=255) gtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTCAgg > 2:225965/1‑141 (MQ=255) gtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGAGGGTCACCAAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAAGTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGTGCGTAATTTCGACGACCATCGACACTaaag > 2:1001181/1‑139 (MQ=14) ggAGAACTACGGGTTCGACCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCGCTCCCAGTTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAg < 2:38303/141‑1 (MQ=14) gacaaacgACGGGTTCGAACCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACCGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAg < 1:240974/134‑1 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aCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATgggg > 1:50820/1‑140 (MQ=255) aCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGa > 1:598718/1‑141 (MQ=255) cccTCTTCTTGTAAGGCCGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCTGGCTGAACGTAAGTTCGACTATCATCGACGCTAAGGATCTTAACGTCTGTGTTCGGCATGTGaa < 2:483308/141‑1 (MQ=14) cccTCGGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGaa < 2:1039977/141‑1 (MQ=255) gCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtg < 2:524332/141‑1 (MQ=255) cTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtgt > 1:925989/1‑141 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(MQ=255) ctctCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata < 1:643814/141‑1 (MQ=255) cctcCCAGCTTAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTCGAAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:369673/140‑1 (MQ=255) cctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:795969/140‑1 (MQ=255) cctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACGCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAGCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGTTGTGACCTCCTTGCtatat < 2:130243/140‑2 (MQ=255) tgggCTAATTCTCCGATTTAAACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGAc < 1:442107/138‑1 (MQ=255) gCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGGACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGCCata > 2:733100/1‑141 (MQ=255) gCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata > 1:450925/1‑141 (MQ=255) ccGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa > 2:1038823/1‑141 (MQ=39) ccGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa > 2:77741/1‑141 (MQ=39) cGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 1:345241/141‑1 (MQ=38) tttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCCTCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGGACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGACTGTAAttca > 2:510169/1‑139 (MQ=255) ttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtat < 1:335384/141‑1 (MQ=35) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTCCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTAATAc < 1:751128/141‑1 (MQ=18) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 2:1035733/141‑1 (MQ=33) | GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998141‑1998418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |