| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 491,927 | T→A | 9.9% | L118L (CTT→CTA) | sle1_1 → | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 491,927 | 0 | T | A | 9.9% | 243.6 / 2.5 | 98 | L118L (CTT→CTA) | sle1_1 | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/49); new base A (10/2); total (47/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCAAGTAATTCTACGAGTAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAGTACAAGCAGG > USA300TCH1516_ALE/491789‑492067 | cTCAAGTAATTCTACGAGTAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACCCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTaa < 2:181275/141‑1 (MQ=255) aGTAATTCTACGAGTAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGt > 1:1105776/1‑141 (MQ=255) tAATTCTACGAGTAATAGTAGCAGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGCCTAAATGGctt > 2:41722/1‑141 (MQ=255) aaTTCTACGTGTAATAGTCGCCGTCCCTCAACGATCTCAGCTGTCGGATCATAGTACACAGTACAATCAGGCGGCGCATTATGATTAATCGCATCAAAATATGTTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTa < 2:921424/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agtagCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTGTCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTATCAAAACATTATGAGACTAAATGGCTTAAATAATTTCtttatt > 2:268026/1‑141 (MQ=11) agtagCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCtttatt > 1:298010/1‑141 (MQ=255) gtagCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGCCGCAGAATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTGAATAATTTctttcttt > 1:979549/1‑141 (MQ=18) agCCGTCCATCAACGAACTCAGTTTGCGGATAATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTttatttat < 1:903801/141‑1 (MQ=255) agCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTttatttat > 2:175218/1‑141 (MQ=255) ccGTCCATCCACGAACTTAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATcc < 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cTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTaaa < 2:1093775/141‑1 (MQ=255) tCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCTACTCATTATCATTAATCGAATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTaaaa > 1:858029/1‑141 (MQ=255) tCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTaaaa > 1:76210/1‑141 (MQ=255) tCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAAGTaaaa > 1:411587/1‑141 (MQ=255) cAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAg < 2:325582/141‑1 (MQ=255) cAGGTGGCCGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTATGCTTTATTAAGCCCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATACAGGTC‑AACAATTAAAAg < 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2:1014980/140‑1 (MQ=25) aCATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACtata > 1:252319/1‑141 (MQ=255) cATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCTAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATAcgaaac > 2:924680/1‑136 (MQ=255) ttATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATAATACTATACaa > 2:78328/1‑140 (MQ=255) ttATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCGCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAg > 1:1037203/1‑141 (MQ=255) gCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGGGGATCATACTATACAGTACa > 2:846748/1‑141 (MQ=255) tAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCAGCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAGTACAAGCAgg < 1:650065/141‑1 (MQ=255) tAATGGTTTAAATAATTTCTTCATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAGTACAAGCAgg < 2:1081648/141‑1 (MQ=255) | CTCAAGTAATTCTACGAGTAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAGTACAAGCAGG > USA300TCH1516_ALE/491789‑492067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |