| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 620,399 | T→A | 9.0% | V321D (GTC→GAC) | sdrE → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 620,399 | 0 | T | A | 9.0% | 167.4 / 2.4 | 69 | V321D (GTC→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/42); new base A (2/5); total (22/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTGCTTCAAACAATGTAAATGATTTAATTAAAGTGACGAAGCAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTGATAAAGCAACTAAGC > USA300TCH1516_ALE/620260‑620539 | gTTGCTTCAAACAATGTAAATGATTTAATTAAAGTGACGAAGCAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTc > 2:16351/1‑141 (MQ=255) tGCTTCAAACAATGTAAATCATCTAATTAAAGTGACGAAGCAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCaa < 1:193889/141‑1 (MQ=255) attttAAAGGATTTAATTAAAGTGACGAAGCAAATAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCgtt < 2:77128/137‑3 (MQ=255) aaTGTAAATGATTTAATTAAAGTGACGAAGCAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGAt < 1:1036860/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttAATTAAAGTGACGAATCAAACAATCAGAGGTGCGGATTGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAAGAACGTCAAAGAAGGAGATACTAttgccac < 2:775000/141‑7 (MQ=255) aCGAAGCAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAg > 1:102842/1‑141 (MQ=255) cGAAGCAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGa < 1:16351/141‑1 (MQ=255) cGAAGCAAACAATCAAAGTGGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGa < 1:602704/141‑1 (MQ=255) aGCAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAACGCATGACGGTAAAGATATAGAAAATAAAACAAAATATACAATTGACACTAAAAACAAAAAAGACGACAAAATTACGATAAATGCTGATAaaaaaa > 2:1042715/1‑139 (MQ=255) cAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTa > 1:37345/1‑141 (MQ=255) cAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTa < 1:651184/141‑1 (MQ=255) cAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGAGATTGAATATGATACAGAGTTTACAGTTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATAAGATGACGCTTAATTATGATCAAAATGTa > 1:228053/1‑141 (MQ=255) atcAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATATTGTGGCAGCAGCCCATGACGGTAAAGATATCGAATATGATACAGAGCTTACAATTCACATCATTTTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAAt < 2:62691/139‑1 (MQ=255) aaTCAAAGTTGGCGATGGTAAAGGTGGGGGGGCGGCAGCGCATGACGGGAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTGACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTcc < 2:1003510/141‑1 (MQ=255) aaTCAAAGTGGGCGATGGAAAAGATAAGGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAAAAAAAAAAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTcc < 2:987455/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGATGGTAAAGATAAGGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAACAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTaa < 1:36217/141‑1 (MQ=255) cGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAAc < 1:99789/141‑1 (MQ=255) aTGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGAATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAg < 1:796475/141‑1 (MQ=255) aGATAATGTGGCAGCGGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACGGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGCCGATACAAGGACGATTAAGTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGTATTTAACAGATaaaaa > 2:335951/1‑141 (MQ=255) tAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAAAAGATAAAAAtta > 1:142369/1‑139 (MQ=255) agcagcGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGa < 1:595212/141‑1 (MQ=255) agcagcGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGa < 2:72817/141‑1 (MQ=255) agcagcGCATGACGGAAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATTACTATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGa < 1:42868/141‑1 (MQ=255) gcagcGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGGCAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTACTTGGGATTTAACAGGTAAAAATGATCCTCTCGat > 1:350976/1‑141 (MQ=255) agcGCATGACGGTAAAGATATCGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGatat < 1:298836/141‑1 (MQ=255) agcGCATGACGGAAAAGAGATTGAATCTGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTTGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGatat < 2:1021001/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) atTGAATACGGTACAGAGTTTTCAATGGACAATAAAGTGAAAAAAGGGCATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTTATTCCTTCGGAAAAAAAAAAAAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGagag < 2:143379/141‑1 (MQ=255) agtGAATATGATACAGATTTTACAATTGAAAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGagag < 2:636335/139‑1 (MQ=255) tGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCTTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGt < 2:672494/141‑1 (MQ=255) aaTAGGATACAGAGTTTACAATTTACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACATATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCa < 2:876077/141‑1 (MQ=255) taagtaaCAGATTTAACAATTGACAGTAAAGTCAAAAAAGGCTATACAATGACGATTGATTGTGATAAGAATGTAATTCCTTCGGAGTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTTATCCATCAGGAGAGGTCAtt < 2:482941/135‑1 (MQ=255) aTACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAAGTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCAATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGcga > 2:829551/1‑139 (MQ=255) agagTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAgg < 1:957212/141‑1 (MQ=255) agagTGTACAATTGAAAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGTTTAACTAAGTTTATAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGTTCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAgg < 1:857293/141‑1 (MQ=255) aCAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGCGCCATCAGGCAGGGTCCTTACTGAAGGAACAttt > 1:1085140/1‑141 (MQ=255) cAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTGAAGGAACATTTg < 1:572989/141‑1 (MQ=255) cAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTg > 1:282258/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTGATaa > 1:882411/1‑141 (MQ=255) aaaGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTGATAAAGCAACt > 2:851187/1‑141 (MQ=255) aGTCAAAAAATGCGACACAAGGACGATTAATTATGATACGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTTATCCATCAGGAGAGGTTATTGCTAAAGGAACATTTGATAAAGCAACTaa < 2:697856/141‑1 (MQ=255) aGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGGTAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTGATAAAGCAACTaa < 1:925746/141‑1 (MQ=255) aGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTGATAAAGCAACTaa < 1:712480/141‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTCTAAGGTCAGTTGATAAAGCAACTAAg < 1:536113/141‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTGATAAAGCAACTAAg < 1:538307/141‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAAAAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACCTTTGATAAAACaaaaaag > 2:415987/1‑136 (MQ=255) tCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTGATAAAGCAACTAAGc < 1:15511/141‑1 (MQ=255) | GTTGCTTCAAACAATGTAAATGATTTAATTAAAGTGACGAAGCAAACAATCAAAGTTGGCGATGGTAAAGATAATGTGGCAGCAGCGCATGACGGTAAAGATATTGAATATGATACAGAGTTTACAATTGACAATAAAGTCAAAAAAGGCGATACAATGACGATTAATTATGATAAGAATGTAATTCCTTCGGATTTAACAGATAAAAATGATCCTATCGATATTACTGATCCATCAGGAGAGGTCATTGCTAAAGGAACATTTGATAAAGCAACTAAGC > USA300TCH1516_ALE/620260‑620539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |