| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 785,677 | G→T | 7.3% | A27E (GCA→GAA) | queC ← | 7‑cyano‑7‑deazaguanine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 785,677 | 0 | G | T | 7.3% | 371.9 / 3.1 | 125 | A27E (GCA→GAA) | queC | 7‑cyano‑7‑deazaguanine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/65); new base T (9/2); total (58/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TGTGATAATAATGACATATCTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGATGGCTTTTTCATTATTTAATACACTTTCCATTTTGTAATTGCTCCTATCATTAATAATATTAATAAAGAGGTTAATGGCATTGATAAGCCCG > USA300TCH1516_ALE/785539‑785817 | gtgtTAATAATGACATATCTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCAt < 2:673007/141‑1 (MQ=255) tgATAATAATGACATATCTAAAACGTGATGTTTAATTCCTTGCTATTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTTAGAATCATTTATTTGGCCATAATTAAACGTGACGAGATCAACTTCGGTGAACTG‑TATTGTTGCATa > 2:586847/1‑141 (MQ=255) taatGACATATCTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAagag < 1:881194/141‑1 (MQ=255) aatGACATATCTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAgaga < 2:905643/141‑1 (MQ=255) tatCTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACAtgttg < 1:1014560/141‑1 (MQ=255) tatCTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACAtgttg < 1:879056/141‑1 (MQ=255) tatCTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACAtgttg < 1:328286/141‑1 (MQ=255) tCTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAAAG‑ATTTTTTGCATAAAAGAAACATGTTGTa > 2:498358/1‑141 (MQ=255) cTAAAACGTGATGTTTCCTAGATTGATCTGGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATTTTGTAc > 1:265445/1‑141 (MQ=255) cTAAAACGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCTACTTTTTGTTAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTAc > 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cGTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCtt < 1:1004905/141‑1 (MQ=255) gTGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATATTATCTTTGGCAATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTg < 1:803259/141‑1 (MQ=255) tGATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCttta > 2:408587/1‑139 (MQ=255) gATGTTTCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTAAAATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGac > 1:258413/1‑141 (MQ=255) tttCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGTTTTTTTTTGACATGTTGTACTGTCTTGacctcc > 2:880816/1‑141 (MQ=255) tttCATTCCTTGATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAACGAGACATGTTGTACTGTCTTGaccacc > 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aggATCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGTCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATC‑TTTTTTTGCATAAAAAAGACATGTTGTACTATCTTGCCCACCACTAAAGAc > 2:407704/3‑141 (MQ=255) aTCTTGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAAc > 1:11865/1‑141 (MQ=255) ttGTGCAATTTGTTTTGCGACTTCTATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGAt < 2:691559/141‑1 (MQ=255) tgtgCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTTTATTTAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGATg > 2:613349/1‑141 (MQ=255) tgCAATTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGATGGc < 2:440643/141‑1 (MQ=255) ttaTTTGTTTTGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGTGACATGTTGTACTGTTTTGACCACCTCTAAAGGCAACGATGGCtt < 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tGCGACTTCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTTTTTTTTTTTGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAATGACAACGATGGCTTTTTCattatt > 2:294231/1‑141 (MQ=255) gCGACTTCAATTTCAGTATCATTTCTTTGGCCATAATTTAGCGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGATGGCTCTTTCATTAttt < 2:376947/141‑1 (MQ=255) aCTTCAATTGCAGTATCACGTCTTTGGACATAATTAAACCTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACAGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGATGGCTTTTTCATTATTTAAt < 2:840955/141‑1 (MQ=255) ttCAATTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAAATTTTTTGAAATG‑GTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGATGGCTTTTTCATTATTTAATac > 1:208359/1‑141 (MQ=255) ttCAATTTCAGTATCAAGCATTAGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATG‑TTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGATGGCTTTTTCATTATTTAATac > 1:814803/1‑141 (MQ=255) aTTTCAGTATCATGTCTTTGGCCATAATTAAACGTTACGAGTTCAACTTCTTTGAAATGTTTTTTTTGCATAAAAGAGACATGTTGTACTGTCTTGACCACCACTAAAGACAACGATGGCTTTTTCATTATTTAATACACt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |