| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,029,311 | G→A | 5.6% | D707N (GAC→AAC) | USA300HOU_RS05065 → | Serine protease HtrA‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,029,311 | 0 | G | A | 5.6% | 250.8 / 3.8 | 83 | D707N (GAC→AAC) | USA300HOU_RS05065 | Serine protease HtrA‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/48); new base A (2/3); total (32/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
ATTTAGAAACAAAAGGTAAAATTGACTATCCCGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTTGAAATCAATTACAGCG > USA300TCH1516_ALE/1029174‑1029451 | gtttAGAAACAAAAGGTAAAATTGACTATCCCGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGaca < 2:989917/140‑1 (MQ=255)aTTTAGAAACAAAAAGTAAAATTGACTATCCCGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGGCAAGCTGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGGTGTTGTAGATCAAGTTGaca < 1:674214/141‑1 (MQ=255) tAGAAACAAAAGGTAAAATTGACTATCCCGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGacaaca > 2:917555/1‑141 (MQ=255) aaCAAAAGGTAAAATTGACTATCCCGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATgg > 1:866415/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cTATCCCGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTCGCAGATCAATCTgg < 1:576510/141‑1 (MQ=255) tATCCCGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGt < 1:682374/141‑1 (MQ=255) cccGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGACCGGTGTTGTCGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTg < 1:861133/141‑1 (MQ=255) cccGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTg < 1:730526/141‑1 (MQ=255) cccGATGGAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTg < 1:345418/141‑1 (MQ=255) gATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGGTTAGCAGATCAATCTGGTCTGaaa > 1:408781/1‑141 (MQ=255) aTGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGaaaa < 1:233457/141‑1 (MQ=255) aTGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGaaaa < 1:780731/141‑1 (MQ=255) aTGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTAGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGaaaa < 2:674251/141‑1 (MQ=255) gTAGGTTTTATAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGaaaaaa < 1:44647/141‑1 (MQ=255) gTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGaaaaaa < 1:380259/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAAtt > 2:28056/1‑141 (MQ=255) aagaaTATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAACAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACt > 2:602061/1‑141 (MQ=255) agaaTATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAGGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCGGAAAAAAAGTGAGGTAATTAATg > 2:601582/1‑141 (MQ=255) aaTATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGaa < 1:841789/141‑1 (MQ=255) tatTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAAtt < 2:1027343/141‑1 (MQ=255) ttGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAg < 2:1080661/141‑1 (MQ=255) ggcAGTCTGAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGAt < 2:252300/139‑1 (MQ=255) gcgaGTATAAATAGTTTTAAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGAt < 1:75131/138‑1 (MQ=255) tcAGTCTAAATAGGTTTGAAAGACAAGAAGTTAAATTGCGAGGAAAAGTTAAGAACGGTGCTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATg < 2:781265/140‑1 (MQ=255) ccAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGCTTAGCAGATCAATCTGGCCGGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATg < 2:63739/141‑1 (MQ=255) ccAGTCAAAATAGTTTTGAAAGACAAACAATTAAAGTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGAACAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATg < 2:148843/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAGGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATGTGGTCTGAAAAAACGTGATGTAATTACTGAATTAGATCGCAAACTTTTAGAAgatgat < 1:673183/141‑1 (MQ=255) aGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCATATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAgatgat < 2:392553/141‑1 (MQ=255) aGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAgatgat < 1:801760/141‑1 (MQ=255) aGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAgatgat < 1:842827/141‑1 (MQ=255) aGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGGGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAgatgat > 2:108217/1‑141 (MQ=255) cgTTAAATTGCCCGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCtt < 2:1048158/140‑1 (MQ=255) cgTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGGACGGTTTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTCTTCGAAGCTCCTTTACGCtt < 2:165024/140‑1 (MQ=255) aattAAAGTGCCAGGAAAAGTTAAGATCGGGTTTGTGGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATAAAAAAAAAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCtt < 2:197850/139‑1 (MQ=255) aTTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCa < 2:1049038/141‑1 (MQ=255) ttGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAg < 2:563649/141‑1 (MQ=255) ttGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTAACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAg < 1:964285/141‑1 (MQ=255) 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1:472762/141‑1 (MQ=255) gttgttgtAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGAc > 1:748887/1‑141 (MQ=255) ttgttgtAAATCAAGTTGAAACAAATGGTTTAGCAGCTCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTCATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACt < 1:182612/141‑1 (MQ=255) gttgtAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTTg > 2:593248/1‑141 (MQ=255) gttgtAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTTg > 2:336097/1‑141 (MQ=255) tgtAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTTGaa > 2:987032/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATAATTAGTCATAAAGATGACTTGAAATCAATTa > 2:700205/1‑141 (MQ=255) gctGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAACAGGTGATGTAATTATAGAATTTGATAAATAAGAATGGCGAGATTATGTAGGCTTTAGGCAGATGAGATTTAGTCATAAAGATGACTTGAAATCAATTACa > 1:218262/3‑141 (MQ=255) gTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTTGAAATCAATTACa < 2:371875/141‑1 (MQ=255) gTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTTGAAATCAATTACa < 2:489878/141‑1 (MQ=255) ttGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTTGAAATCAATTACAg < 2:735879/141‑1 (MQ=255) gACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTCGAAATCAATTACAGCg < 2:399753/141‑1 (MQ=255) | ATTTAGAAACAAAAGGTAAAATTGACTATCCCGATGTAGGTGTTAAAATGAAGAATATTGCCAGTCTAAATAGTTTTGAAAGACAAGCAGTTAAATTGCCAGGAAAAGTTAAGAACGGTGTTGTTGTAGATCAAGTTGACAACAATGGTTTAGCAGATCAATCTGGTCTGAAAAAAGGTGATGTAATTACTGAATTAGATGGCAAACTTTTAGAAGATGATTTACGCTTTAGGCAGATTATATTTAGTCATAAAGATGACTTGAAATCAATTACAGCG > USA300TCH1516_ALE/1029174‑1029451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |