| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 231.1 / NA | 74 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (36/38); total (36/38) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGG > USA300TCH1516_ALE/1416326‑1416591 | aCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTAGCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGa < 2:591160/141‑1 (MQ=255) cAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACaa > 1:1083987/1‑141 (MQ=255) cAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACaa > 2:6408/1‑141 (MQ=255) cAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACaa > 1:426686/1‑141 (MQ=255) aaTCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTCTATTTTATTTTACTTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAat > 1:1093339/1‑141 (MQ=255) aGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATACTTGTACTGACAATATTTCa > 2:964510/1‑141 (MQ=255) tCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACa > 1:980679/1‑141 (MQ=255) tCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTCAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACa < 1:314929/141‑1 (MQ=255) tctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GAc > 2:949599/1‑141 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAAAATAATTGTACTGACAATATTTAAATACAT‑GACt > 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2:1110250/1‑141 (MQ=255) aaTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGATCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATaataaa < 2:774770/141‑1 (MQ=255) tAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACAATTAGTACTTATTTTACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAataaataa < 1:254486/141‑1 (MQ=255) cAGTATACGGCTGCGAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAc > 2:750007/1‑141 (MQ=255) cAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAc > 1:1051445/1‑141 (MQ=255) cAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAc > 1:407791/1‑141 (MQ=255) 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aaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTCATACaa > 2:398968/1‑141 (MQ=255) aTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAat > 1:675097/1‑141 (MQ=255) tGAAACGTTTGATCTTACCTCGTTTACTTATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGGTCTGGCAAGATTTCAATACAT‑TACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATAGTATATGCTGtaata < 2:326420/141‑1 (MQ=255) gAAATGATTAATATTACCTTGATCTGTGATTTGGCCGTCTGTTAATACATAATTTTACTGACGATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaataa > 2:925686/1‑141 (MQ=255) tAATATTTCATTATTCAATGAATTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTAAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCa < 2:74966/141‑1 (MQ=255) tAATATTATCTCGCTCAATTATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCa < 1:448191/141‑1 (MQ=255) tAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTATGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCa < 1:788362/141‑1 (MQ=255) tACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTCGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGag > 1:776934/1‑140 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCATCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GAGTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTACTAAATCCATCACTTGAtt < 2:638473/141‑1 (MQ=255) tccGTTCAATGATTTGTCCTTCTTTGCACACATAATTGTACTTACAAGATCTCAATAGAG‑GACTTAATTTATTTGTGATACTAAATAAGGTTGGACCATGTTCTAATACAATATGCTTTAATAAATCCATCACTTGATTAc < 2:110748/139‑1 (MQ=255) cTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGAAAATATTTAAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCTTGTTCTAATACTATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTAc < 2:217816/141‑1 (MQ=255) cTCGTTCAATGATTTGACCTGTTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTAc < 2:614595/141‑1 (MQ=255) gTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACAATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAGTCCATCACTTGATTACCGt > 1:921823/1‑141 (MQ=255) gTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTCACCATATTCTAATACAATATACTGTAATAAATCCATCACTTGTTTACCGt > 2:776307/1‑141 (MQ=255) ttCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGtt > 2:540253/1‑141 (MQ=255) cAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCa < 2:675097/141‑1 (MQ=255) aaTGCTTTGACTTTCTTTTAAAACATAATTATACTGACAATATTTCAATACAT‑GCCATAAGATATTTGTGATAATAAATAATTTTTGCCCATTTTATAATACAATATGCTATAATAAATCTATAACTTATTTACCTTTCaa > 2:372160/1‑141 (MQ=255) aaTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaa > 2:578447/1‑141 (MQ=255) aaTGATTTGACCTTCTATTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaa > 1:567095/1‑141 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa > 2:848689/1‑141 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa > 2:44639/1‑141 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa > 2:801807/1‑141 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAGTAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATCCAATATGCTGTAATAAATCAATCACTGCATTACCGTGCAAAg > 1:279199/1‑141 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACAGTTaaaac > 1:652172/1‑140 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTATAATAAATCCATCACTTGATTAACGTTCcaaa > 2:427694/1‑140 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACGTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAg > 1:733735/1‑141 (MQ=255) gATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGc < 1:294173/141‑1 (MQ=255) aTTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTTATTTGCGGATGACTTGATTACCGTTCAAAGCa < 1:264337/141‑1 (MQ=255) tttGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCAt < 2:491347/141‑1 (MQ=255) aCCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCaa < 1:938796/141‑1 (MQ=255) aCCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCaa < 1:292895/141‑1 (MQ=255) ttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCaa < 1:964510/141‑1 (MQ=255) tAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAc < 2:29779/141‑1 (MQ=255) aaaaCATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACt < 1:863503/141‑1 (MQ=255) aaaaCATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTCATAATAAATAATCTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCAGCCAATGATGCAACt < 2:756401/141‑1 (MQ=255) aaCATAATTGTACTGACAATCTTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGCTAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTgg > 2:467185/1‑141 (MQ=255) aaCATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GTCTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTgg < 1:750007/141‑1 (MQ=255) | ACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACAT‑GACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGG > USA300TCH1516_ALE/1416326‑1416591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |