| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,697,768 | G→A | 6.6% | intergenic (+24/+21) | rpsT → / ← USA300HOU_RS08460 | 30S ribosomal protein S20/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,697,768 | 0 | G | A | 6.6% | 218.2 / 2.5 | 78 | intergenic (+24/+21) | rpsT/USA300HOU_RS08460 | 30S ribosomal protein S20/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/42); new base A (2/4); total (32/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
AAAAATGAATTAGTAAGCTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATG > USA300TCH1516_ALE/1697628‑1697908 | aaaaaTGAATTAGTAAGCTAAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTCATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAgcg > 1:717536/1‑141 (MQ=255) ttgactAGTAAGCTTAGCATTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGc < 2:318079/136‑1 (MQ=255) tGAATTAGTAAGCTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGATACCCGTACTATTACTCATGCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGc < 1:753722/141‑1 (MQ=255) tGAACTAGTAAGCTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGc < 2:399864/141‑1 (MQ=255) aTTAGTAAGCTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTg > 1:438947/1‑141 (MQ=255) ttAGTAAGCTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCACGCTTGa > 1:772951/1‑141 (MQ=255) gTAAGCTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACt < 1:1034822/141‑1 (MQ=255) ttgatgaattattgaatattatagatgcttgtgcggaaactgattataaacttaaatcatcatatatggataaacagttaatactggaattattcattctatctttataaaAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACtt > 1:955031‑M1/112‑141 (MQ=255) tAAGCTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAACGTTCAAGCGCATGCTTGAACtt < 2:809262/141‑1 (MQ=255) cTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTAt < 1:929999/141‑1 (MQ=255) cTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTAt < 1:466727/141‑1 (MQ=39) tAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTAttt < 2:833711/141‑1 (MQ=255) tAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTAttt < 1:3505/141‑1 (MQ=255) gCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTAttttt < 1:337941/141‑1 (MQ=255) gCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTAttttt > 1:570492/1‑141 (MQ=255) gCAGTTAAGTGAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATGGAATACATTCAAACTAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAGTAATCTTTTTAAATTAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTAttttt < 1:772685/141‑1 (MQ=255) agttaagttaGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTta > 1:689150/1‑141 (MQ=255) gctaatttaATAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTtat < 2:1008384/139‑1 (MQ=255) ttaagttaGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTtata < 1:883072/141‑1 (MQ=255) ttaagttaGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTtata < 1:510383/141‑1 (MQ=255) ttaagttaGTAGAAAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTtata < 1:453676/141‑1 (MQ=255) aagttaGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATaaa > 1:446382/1‑141 (MQ=255) aagttaGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATaaa < 2:446382/141‑1 (MQ=255) gACTAAGCGGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaatg < 2:109401/141‑1 (MQ=255) aaCAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACAGTCAAACAAAGCTGTCCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTCTATTTTTTATAAAGATAgaatg < 2:808278/140‑1 (MQ=255) aCAAAGCTTCTAAAAGTAATTTAGTAAATTCAAACAAAGCTGACCGTATCAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaatga < 1:847705/141‑1 (MQ=255) aCAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaatga < 2:744729/141‑1 (MQ=255) aCAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaatga < 1:894981/141‑1 (MQ=255) aCAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAAGAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaatga < 1:810391/141‑1 (MQ=255) cAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaatgaa > 2:641746/1‑141 (MQ=255) aaaaGCTGCACAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAgaatgaa < 2:113119/140‑1 (MQ=255) aGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAATTAAGTAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTGGAACTTTTATTTTTTATAAATATGTAATGaataa > 2:667662/1‑141 (MQ=255) gctCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTcc > 1:160969/1‑141 (MQ=255) gctCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATAAATAATTcc > 1:867461/1‑141 (MQ=255) tCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAg < 2:788154/141‑1 (MQ=255) aaaGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTa < 2:787263/141‑1 (MQ=255) aaGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTAt > 1:584748/1‑141 (MQ=255) aaGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTACAGTAt > 2:54110/1‑141 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2:530822/1‑141 (MQ=255) aaacttaaatcatcatatatggtaatacagtgaatactggaattattcattctatctttataaaAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAATATAGAATGAATAATTCCGGTATGAACTGTTTa < 1:536300‑M1/77‑1 (MQ=255) caaaGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATatga > 2:969406/1‑141 (MQ=255) aaGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATatgatg < 1:728268/141‑1 (MQ=255) tatggataaacagttaatactggaattattcattctatctttataaaAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGAttt < 2:647456‑M1/94‑1 (MQ=255) taaacagttaatactggaattattcattctatctttataaaAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGttt < 1:502180‑M1/100‑1 (MQ=255) taaaaaattaatactggaattatgcattctatctttataaaAAATAAAAGGTCAAGCATGAGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTAGTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGttt > 2:80833‑M1/42‑141 (MQ=255) tCACAATTAATGACCGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCa < 1:323039/141‑1 (MQ=255) acacaATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCa < 1:21266/140‑1 (MQ=255) acaATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGt > 1:328820/1‑141 (MQ=255) acaATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGt > 1:764923/1‑141 (MQ=255) aTTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTc < 2:438947/141‑1 (MQ=255) ttAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCTTGTATGAGGATTTAAGTTTATAATCAGTTTcc > 1:312235/1‑141 (MQ=255) ttAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTcc > 1:771355/1‑141 (MQ=255) aTGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGca > 1:929671/1‑141 (MQ=255) aTGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGca < 2:494540/141‑1 (MQ=255) tGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGcac > 1:1003143/1‑141 (MQ=255) gACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTCAAGTTTATAATCAGTTTCCGcaca < 2:508696/141‑1 (MQ=255) cTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAg < 1:1006766/141‑1 (MQ=255) taaataaTCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCtat > 1:559781/1‑141 (MQ=255) taaataaTCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCAAAAGCATCtat > 1:516779/1‑141 (MQ=255) aatactCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTataa < 1:1034885/141‑1 (MQ=255) aataatCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTataa < 1:647444/141‑1 (MQ=255) ataatCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAGTGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAACATCTataat > 1:1109613/1‑141 (MQ=255) ataatCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTataat > 2:330056/1‑141 (MQ=255) aatCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAatat < 2:48828/141‑1 (MQ=255) aatCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAatat < 2:240790/141‑1 (MQ=255) aatCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACGTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAatat < 2:233913/141‑1 (MQ=255) taaataaaAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTATAACAAGATAGAATAAATAATACAATCTAAAACTTTTTAGCAATATATAATAATTTATGTTTTTATGTATTTTCCTAACAATCATTGATAATTTTCaataat > 2:809597/1‑141 (MQ=255) aagaaaaGGTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTTTAAAGATAGAATGAATAGTTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATtc < 2:109702/138‑1 (MQ=255) AATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATtc > 2:29689‑M1/1‑141 (MQ=255) TAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATtcat > 1:931509‑M1/1‑141 (MQ=255) AAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATtcatc > 2:914398‑M1/1‑141 (MQ=255) TTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGtt > 2:977096‑M1/1‑141 (MQ=255) TCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTg > 1:897865‑M1/1‑141 (MQ=255) TCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTg < 1:829322‑M1/141‑1 (MQ=255) gcATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTATCCGCAGAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATg < 2:717536/141‑1 (MQ=255) | AAAAATGAATTAGTAAGCTTAGCAGTTAAGTTAGTAGACAAAGCTGCTCAAAGTAATTTAATACATTCAAACAAAGCTGACCGTATTAAATCACAATTAATGACTGCAAATAAATAATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATTTTTTATAAAGATAGAATGAATAATTCCAGTATTAACTGTTTATCCATATATGATGATTTAAGTTTATAATCAGTTTCCGCACAAGCATCTATAATATTCAATAATTCATCAAGTTGATAATG > USA300TCH1516_ALE/1697628‑1697908 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |