| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,708,278 | 0 | A | G | 7.1% | 257.4 / 7.4 | 94 | intergenic (‑306/‑8) | mtnN/USA300HOU_RS08530 | 5'‑methylthioadenosine/S‑adenosylhomocysteine nucleosidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/48); new base G (4/3); total (43/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
CATAACAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAGC > USA300TCH1516_ALE/1708138‑1708416 | cATAACAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGTAATAAGAGGa < 2:514066/141‑1 (MQ=255)cATAACAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGa < 1:1046333/141‑1 (MQ=255) aCAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGAtttt > 1:879067/1‑141 (MQ=255) aCAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGAtttt > 1:562806/1‑141 (MQ=255) 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aaGAGGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTa > 2:133605/1‑141 (MQ=255) agagGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTAc > 1:440507/1‑141 (MQ=255) gagGATTGTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACa < 1:801779/141‑1 (MQ=255) gggATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAg < 2:148941/140‑1 (MQ=255) agGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAg < 1:186273/141‑1 (MQ=255) agGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAg < 2:224136/141‑1 (MQ=255) ggATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGCGTTTCCAGc > 2:833221/1‑141 (MQ=255) ggATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAGc < 1:132941/141‑1 (MQ=255) | CATAACAGTGAATTCGATGCTTCTAATTTGTCTATTTTTCAAAAACTAATCATATCAATTACATCAACCAATCGTGTCAAGAAACTTTATTAAATAACAGGAAAATGATATGTTTAAAATAATAATGATGAAATAAGAGGATTTTACAATGGCTGAAAATAATCAAAATAGTCTCGTAACAAAGATAGCTACATACGGC‑AGTTTTATTGCAATTGCGTCGTTTGTCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTACAGC > USA300TCH1516_ALE/1708138‑1708416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |