| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,884,975 | T→A | 5.9% | N82Y (AAT→TAT) | ebh_2 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,884,975 | 0 | T | A | 5.9% | 218.1 / 2.9 | 67 | N82Y (AAT→TAT) | ebh_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/30); new base A (2/2); total (35/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
CTCAGTTGCTGTTGTATTGCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTGCTTGATTAGTATCGCTTTGTACATTATTATCCGTA > USA300TCH1516_ALE/1884838‑1885102 | ctcAGTTGCTGTTGTATTGCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGgt < 1:858979/141‑1 (MQ=255)ctcAGTTGCTGTTGTATTGCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGgt < 2:285621/141‑1 (MQ=255) cAGTTGCTGTTGTATTGCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGgttg > 1:711854/1‑141 (MQ=255) gTTGCTGTTGTATTGCCCTCTGAGTGAAGATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGgttgtt > 2:237082/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtATTGCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACGTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAgattg < 2:742618/141‑1 (MQ=255) tGCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATAGGTTGTTGCAGATTGATT‑Ag > 1:918318/1‑141 (MQ=255) tGCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATAGGTTGTTGCAGATTGATT‑Ag > 1:539531/1‑141 (MQ=255) gCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑Agg > 2:571909/1‑141 (MQ=255) gCCATCTGTATGATTAGTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑Agg > 1:655135/1‑141 (MQ=255) ccATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGgt > 1:63255/1‑141 (MQ=255) aTCTGTATGATTATTGTTTTGTTCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATTTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGgtgt < 2:296939/141‑1 (MQ=255) aTCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGCTTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGgtgt > 2:41421/1‑141 (MQ=255) cTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTAt < 1:760592/141‑1 (MQ=255) tGTATTATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTAtt < 2:654891/141‑1 (MQ=255) tGTAGGATTATTGTTGTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACCACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTAtt < 2:567851/141‑1 (MQ=255) 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2:838996/141‑1 (MQ=255) tGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTAt < 2:1084436/141‑1 (MQ=255) gctttGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATATACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTCATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTAtt > 2:816351/3‑141 (MQ=255) ttttGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTAttt > 1:359729/1‑141 (MQ=255) ttcggcagAAGGTGTACTTGATTGCACTGATGGTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGACTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGc < 1:38356/134‑1 (MQ=255) ttGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGc < 1:88721/141‑1 (MQ=255) 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2:539531/141‑1 (MQ=255) ggCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATAGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTtgt < 2:918318/141‑1 (MQ=255) tAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAAt < 1:1176/141‑1 (MQ=255) aGCTTGATTTTCTATTCTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAAtt < 2:420455/141‑1 (MQ=255) aTTTACTACACTGCCAGTATTATGATTAACCAAGGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGAAGACTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAgg < 1:692474/141‑1 (MQ=255) ctatactaCCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGCTGTGGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTCGACGTCTATTATTAGCAACATCGTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTg > 1:921026/1‑141 (MQ=255) 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2:1033268/1‑141 (MQ=255) ttGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGCTGCTTGATTAGTATCGCTTTGTACATTATTATc < 2:547398/141‑1 (MQ=255) tGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAGCCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTGCTTGATTAGTATCGCGTTGTACATTATTATcc > 1:294626/1‑141 (MQ=255) tGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTGCTTGATTAGTATCGCTTTGTACATTATTATcc > 2:395260/1‑141 (MQ=255) tGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTGCTTGATTAGTATCGCTTTGTACATTATTATcc > 2:760869/1‑141 (MQ=255) tGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTGCTTGATTAGTATCGCTTTGTACATTATTATcc > 2:407462/1‑141 (MQ=255) tGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTGATTGATTAGTATCGCTTTGTGCATTATTATcc > 2:479297/1‑141 (MQ=255) ttCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTGCTTGATTAGTATCGCTTTGTACATTATTATCCGTa > 1:756703/1‑141 (MQ=255) | CTCAGTTGCTGTTGTATTGCCATCTGTATGATTATTGTTTTGTGCTGAAGGCGTACTTGATTGCACTGATGTTGGCGTAGCTTGATTTACTATACTACCATTATTATGATTAACCAATGCTTGATTCGTTGCTTGATTGGTTGTTGCAGATTGATT‑AGGTGTATTCTGCGCACTATTTGCTAAACCTCTATTATTAGCAACATCTTTATCTTGTGAATTTACAGGTGTTGCTTGATTAGTATCGCTTTGTACATTATTATCCGTA > USA300TCH1516_ALE/1884838‑1885102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |