| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,420,667 | 0 | G | T | 9.6% | 240.9 / 7.1 | 89 | intergenic (+98/‑264) | ssaA2_3/USA300HOU_RS12475 | Staphylococcal secretory antigen ssaA2/Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/52); new base T (8/2); total (35/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTCATAGTTCTAC > USA300TCH1516_ALE/2420527‑2420807 | ttCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTCTAGGAGAAGCTCTTTTTTTg > 1:262400/1‑141 (MQ=255)ttCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTg > 2:1025698/1‑141 (MQ=255) tGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCtt > 1:130993/1‑140 (MQ=255) tGCAAGGGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTa < 2:412119/141‑1 (MQ=255) cAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTAtt < 2:130993/141‑1 (MQ=255) attGAAGCAGGTAACTACAACTACAACCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTAtttt < 2:93915/139‑1 (MQ=255) aaGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCgg < 2:187367/141‑2 (MQ=255) aaGCAGGTAACTACAACTACAACCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCGt < 2:972826/141‑1 (MQ=255) aGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCGtt > 1:1084803/1‑141 (MQ=255) aGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATAAAAAAAATTTAGGATTACCTTGATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCGtt > 2:499912/1‑141 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aactacaTCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTGTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACttat < 1:506735/141‑1 (MQ=255) actacaTCCATATTTAATATCTTGCTGATTATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTTCTATTTTTCTTTGCCACCTGCttatt > 2:1068352/1‑141 (MQ=255) actacaTCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGTTATTTTTTGTTGCAACCGACttatt > 2:100733/1‑141 (MQ=255) tacaTCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAGACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAACTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCATTGCCACCTACttattta > 2:198144/1‑141 (MQ=255) acaTCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGTTTTTTTTTGTTGCCACCTACttattttt > 2:996139/1‑139 (MQ=255) acaTCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACttatttat < 2:798412/141‑1 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tttGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTCATAGTTc > 1:729723/1‑141 (MQ=255) tGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTCATAGTTCTa > 1:122039/1‑141 (MQ=255) gCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTAATATTTCTat > 2:92702/1‑140 (MQ=255) | TTCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTCATAGTTCTAC > USA300TCH1516_ALE/2420527‑2420807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |