| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,575,960 | C→T | 6.2% | V33I (GTT→ATT) | opuCB ← | Carnitine transport permease protein OpuCB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,575,960 | 0 | C | T | 6.2% | 287.4 / 5.7 | 100 | V33I (GTT→ATT) | opuCB | Carnitine transport permease protein OpuCB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/45); new base T (3/3); total (51/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTTTACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGCAACAATGATGGCAAGTAATAATGCCACTATAGAAATATAGAAATGTTCCAGTGTTTTCGACATCAACTGTCCACCATGTTCATGTAGGAACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTCACGTACTTTGACATTAGTAGTGT > USA300TCH1516_ALE/2575822‑2576099 | ttttACCAACCCCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGcaacaa < 1:6599/141‑1 (MQ=255)ttttACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGcaacaa < 1:85320/141‑1 (MQ=255)ttttACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGcaacaa < 1:874711/141‑1 (MQ=255) ttACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGCAACAatg < 2:511745/141‑1 (MQ=255) 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TTTTACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGCAACAATGATGGCAAGTAATAATGCCACTATAGAAATATAGAAATGTTCCAGTGTTTTCGACATCAACTGTCCACCATGTTCATGTAGGAACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTCACGTACTTTGACATTAGTAGTGT > USA300TCH1516_ALE/2575822‑2576099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |