| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 460,262 | G→A | 5.8% | intergenic (+111/‑272) | USA300HOU_RS02175 → / → speA_1 | hypothetical protein/Exotoxin type A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 460,262 | 0 | G | A | 5.8% | 311.9 / 5.7 | 101 | intergenic (+111/‑272) | USA300HOU_RS02175/speA_1 | hypothetical protein/Exotoxin type A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/52); new base A (3/3); total (46/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CAATCCTTTTTACAAAAAATGTTCTTATAACTTTGATAAATACATAGATTGCATAAGAATAAAATTTGTATAATTTAACATAAAAGTTGTAAAAGTAAAGTGAATTAAAAACGAACATTAAATTTAGGCACTGTGAAAGCGCAGTGTCTTTTTTGTGTCGAAATTGTGTACAGAATAAGTAGTTAAATAAAGATTAAGTTGAGATAAAGTGTTATTCGTAAATAAAAGAGAGTAGATCGATAGGAATTGAATGATATTAGTTAACTATTTATTAAATT > USA300TCH1516_ALE/460122‑460399 | cAATCCTTTTTACAAAAAATGTTCTTATAACTTTGATAAATACATAGATTGCATAAGAATAAAATTTGTATAATTTAACATAAAAGTTGTAAAAGTAAAGTGAATTAAAAACGAACATTAAATTTAGGCACTGTGAAAgcg < 1:892646/141‑1 (MQ=255) tCCGTTTTACAAAAAATGTTCTTATAACTTTGATAAATACATAGATTGCATAAGAATAAAATTTGTATAATTTAACATAAAAGTTGTAAAAGTAAAGTGAATTAAAAACGAACATTAAACTTAGGCACTGTGAAAGCGCAg < 2:927293/141‑1 (MQ=255) ccTTTTTACAAAAAATGTTCTTATAACTTTGATAAATACATAGATTGCATAAGAATAAAATTTGTATAATTTAACATAAAAGTTGTAAAAGTAAAGTGAATTAAAAACGAACATTAAATTTAGGCACTGTGAAAGCGCAgt < 1:195047/141‑1 (MQ=255) ccTTTTTACAAAAAATGTTCTTATAACTTTGATAAATACATAGATTGCATAAGAATAAAATTTGTATAATTTAACATAAAAGTTGTAAAAGTAAAGTGAATTAAAAACGAACATTAAATTTAGGCACTGTGAAAGCACAgt > 1:1019783/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaGCGCAGTGTCTTTTTTGTGTCGAAATTGTGTACAGAATAAGTAGTTAAATAAAGATTAAGTTGAGATAAAGTGTTATTCGTAAATAAAAGTGAGAAGATCGCTAGGAATTGAGTGATATTAGTTAACTATTTATTaaa > 2:59389/1‑141 (MQ=255) aaaGCGCAGTGTCTTTTTTGTGTCGAAATTGTGTACAGAATAAGTAGTTAAATAAAGAGTAAGTTGAGATAAAGTGTTATTCGTAAATAAAAGAGAGTAGATCGATAGGAATTGAGTGATATTAGTTAACTATTTATTaaa > 2:605152/1‑141 (MQ=255) aaGCGCAGTGTCTTTTTTGTGTCGAAATTGTGTACAGAATAAGTAGTTAAGTAAAGATTAAGTTGAGATAAAGTGTTATTCGTAAATAAAAGAGAGTAGATCGATAGGAATTGAATGATATTAGTTAACTATTTATTAAAt > 1:731109/1‑141 (MQ=255) aGCGCAGTGTCTTTTTTGTGTCGCAATTGTGTAGAGAATAAGTAGTTAAATAAAGATTAAGTTGAGAGAAAGTGTTATACGTAAATAAAAGAGAGTAGATCGAGAGGAATTGAATGATATTAGTTAACTATTTATTAAAtt > 2:131472/1‑141 (MQ=255) aGCGCAGTGTCTTTTTTGTGTCGAAATTGTGTACAGAATAAGTAGTTAAATAAAGATTAAGTTGAGATAAAGTGTTATTCGTAAATAAAAGAGAGCAGATCGATAGGAATTGAATGATATTCGTTAACTCTTTATTAAAtt > 1:92346/1‑141 (MQ=255) | CAATCCTTTTTACAAAAAATGTTCTTATAACTTTGATAAATACATAGATTGCATAAGAATAAAATTTGTATAATTTAACATAAAAGTTGTAAAAGTAAAGTGAATTAAAAACGAACATTAAATTTAGGCACTGTGAAAGCGCAGTGTCTTTTTTGTGTCGAAATTGTGTACAGAATAAGTAGTTAAATAAAGATTAAGTTGAGATAAAGTGTTATTCGTAAATAAAAGAGAGTAGATCGATAGGAATTGAATGATATTAGTTAACTATTTATTAAATT > USA300TCH1516_ALE/460122‑460399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |