New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 1426517 = | 91 (0.820) | intergenic (‑248/+724) | pstS/cvfB | Phosphate‑binding protein PstS/Conserved virulence factor B | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
ATTGTTAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGT > USA300TCH1516_ALE/1426380‑1426656 | aTTGTTAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGAAAAACTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAAAACAAAAAAAAAca < 2:262692/141‑1 (MQ=255) ttAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAAcagcag > 2:555798/1‑141 (MQ=255) ttAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GACTGGGACATAAATCCCTAAAAAAAcagcag > 4:107148/1‑141 (MQ=255) ttAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCAAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGTGACATAAATCCCTAAAAAAAcagcag > 1:481265/1‑141 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tAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTCTCACATTACTGTAAAATTCTATCCATAGAATTTTtgatgc > 4:290482/1‑140 (MQ=255) agagaaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGCTGACg > 3:73/5‑141 (MQ=1) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAAt < 4:21002/124‑1 (MQ=40) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAAt > 3:21002/1‑124 (MQ=40) aaaCAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGt < 3:189431/141‑1 (MQ=39) | ATTGTTAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGT > USA300TCH1516_ALE/1426380‑1426656 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |