New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1205323 | 100 (0.900) | 53 (0.660) +AGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAG |
14/200 | 8.0 | 41.3% | intergenic (‑204/‑365) | USA300HOU_RS15290/lspA | hypothetical protein/Lipoprotein signal peptidase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2478252 = | 108 (0.970) | intergenic (+139/‑436) | USA300HOU_RS12760/USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGT > USA300TCH1516_ALE/2478114‑2478391 | tCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAAc > 4:9835/1‑141 (MQ=255) tCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAAc > 1:205147/1‑141 (MQ=255) tCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAAc > 2:263651/1‑141 (MQ=255) caaacaaaCTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAACCTAAAGCGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAAcagca > 1:710842/1‑141 (MQ=255) acaaacTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTa < 4:348653/141‑1 (MQ=255) aacTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGa < 1:825189/141‑1 (MQ=255) acTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGAt > 2:659278/1‑141 (MQ=255) acTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGAt > 2:348990/1‑141 (MQ=255) cTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATa > 2:504476/1‑141 (MQ=255) tattattatAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATaa < 3:235801/141‑1 (MQ=255) attattatAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAAt > 1:203964/1‑141 (MQ=255) attattatAGGTTGTTTCTAATATAGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAAt > 2:768610/1‑141 (MQ=255) ttatAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTc > 3:384123/1‑141 (MQ=255) aGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAAtt > 4:290977/1‑141 (MQ=255) tgttTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGaa < 2:623869/141‑1 (MQ=255) tgttTCTAATATTGCGTCAAACTATCATTAAATATTCGTTAAACCATGATTAGACAAGTGTTATAGTGAAAATAAATAAACTCCAGTGACTGGGACATAAATCCAT‑AAAAAAAACAGCAGTATGGTAATTTTCAGTTAGaa < 2:102453/141‑1 (MQ=255) tgtgTCTAAGATTGCGTCAAAGTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTAAATTGAAAAGAAATAAACGAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGaa < 2:314134/141‑1 (MQ=38) ttCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAat < 1:14847/141‑1 (MQ=255) aaTATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCt > 4:36849/1‑141 (MQ=255) aaTATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCt > 4:325510/1‑141 (MQ=255) atatTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCtt > 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cAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGtt < 3:103666/141‑1 (MQ=255) tCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTAtt < 4:197424/141‑1 (MQ=255) tCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTAtt > 2:319485/1‑141 (MQ=255) tttAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTta > 2:172176/1‑141 (MQ=255) tAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTtata > 3:221198/1‑141 (MQ=255) aataatCGTAAAACCTTTATAAGACAATTGTTATATTGAAAAAAAATAAACTAAAGATTCTGTGACATTAAAAAAA‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACa < 2:281278/141‑1 (MQ=18) tCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACt > 1:329334/1‑141 (MQ=255) tCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACt > 3:20329/1‑141 (MQ=255) cGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAAAACAA‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACtt < 4:59076/141‑1 (MQ=255) gTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTc < 1:211542/141‑1 (MQ=255) ccTTGATTAGACAATTNTTATATTGAAAANAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAAGATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTg > 1:850790/1‑141 (MQ=255) 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gAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTgg < 1:185246/141‑1 (MQ=255) gAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTgg < 1:182796/141‑1 (MQ=255) aaataaatAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGca > 2:886594/1‑141 (MQ=255) aaataaatAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGca < 3:290977/141‑1 (MQ=255) aaataaatAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGca > 2:834822/1‑141 (MQ=255) aaataaaCTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACAtt < 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(MQ=255) ccT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTtga < 2:199160/141‑1 (MQ=255) t‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTtgatg > 1:471434/1‑141 (MQ=38) aaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACCTTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACg < 1:662328/141‑1 (MQ=255) aaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACg < 1:400762/141‑1 (MQ=39) aaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACg > 2:400762/1‑141 (MQ=37) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACgg < 1:679176/141‑1 (MQ=39) aaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGt < 4:8160/141‑1 (MQ=38) | TCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGT > USA300TCH1516_ALE/2478114‑2478391 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |