| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 156,752 | T→C | 5.3% | intergenic (‑32/‑219) | treR_1 ← / → deoD | HTH‑type transcriptional regulator TreR/Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 156,752 | 0 | T | C | 5.3% | 196.3 / 2.2 | 77 | intergenic (‑32/‑219) | treR_1/deoD | HTH‑type transcriptional regulator TreR/Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/41); new base C (2/2); total (32/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
CTTTTCAGTAGGTAATGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGTAATGCTTGAA > USA300TCH1516_ALE/156619‑156891 | cTTTTCAGTAGGTAATGCATGGCCACTCGGATATTTTCGTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCGCCATAAAGTTACTTAATCACTCtcatca > 2:184473/1‑141 (MQ=255)cTTTTCAGTAGGTAATGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCtcatca > 1:597873/1‑141 (MQ=255) tttCAGTAGGTAATGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATa < 2:946430/141‑1 (MQ=255) tttCAGTAAGTAATGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTATATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTGGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCGCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATa > 2:695050/1‑141 (MQ=255) tAGGTAATGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACaataa < 2:708274/141‑1 (MQ=255) tAGGTAATGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACaataa < 2:10867/141‑1 (MQ=255) aaTGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAAttttt < 1:317730/141‑1 (MQ=255) tGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTAc > 2:755967/1‑141 (MQ=255) gCATGGCCTTTCGGATATTTTTCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACt < 1:1373/141‑1 (MQ=255) gCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACt < 1:889314/141‑1 (MQ=255) tGGCCACGTCGACATGTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCAAAAAAAAATTAGAATGTGTGTGCGGCACATAGACAACCTCCAAAAAAAAACTTAATAATTCTCATCATCCTATAATTTTTaaaaaa < 2:943707/141‑6 (MQ=255) ccACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCGTACAATAATTTTTACTCAAttt > 1:430321/1‑141 (MQ=255) ccACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAAtt > 1:635882/1‑141 (MQ=255) ccatCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTg > 2:112529/4‑141 (MQ=255) cACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTg < 1:764066/141‑1 (MQ=255) cACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTg < 1:738269/141‑1 (MQ=255) ccTCGGATATTTTCCTACTTGAATGTCTTTATATAACGTTTTATCAATCATTAACAATCGTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCCCCATAAAGTTACTTAATCACGCCCAACATACAATAATTTTTACTCAAATTgg < 2:333937/140‑1 (MQ=255) aCTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTTTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTgg < 1:369708/141‑1 (MQ=255) aCTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTgg < 1:101054/141‑1 (MQ=255) tatTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAAtt < 1:141844/141‑1 (MQ=255) tatTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACATCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATGATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAAtt > 2:439778/1‑141 (MQ=255) tttCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATtata > 2:157093/1‑141 (MQ=255) tttCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATtata < 1:897662/141‑1 (MQ=255) ttCCTAATTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATACAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATaa > 2:521608/1‑141 (MQ=255) ccTACTTTAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTGGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCGTAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATaaaa < 1:342646/141‑1 (MQ=255) tttttAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAAtt < 2:769876/140‑1 (MQ=255) aTTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAAtt < 1:566001/141‑1 (MQ=255) tttttttCTTTATATAACGTATTATAGATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATTTATTTACTTAATTATTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAATATTATAAAAATTaaa > 2:564475/5‑141 (MQ=255) tcgttATGTCACGTCTCATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTCCATCACTCTCATCAGACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATataga < 2:795982/138‑1 (MQ=255) cTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCGATAAAGTTAATTAATCACTATCATCATACAATAATTTTTACTCCAATTGAAAAAATTATAAAAATTAAATatagat > 2:224068/1‑141 (MQ=255) tatataACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGATTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAgg > 2:67825/1‑141 (MQ=255) atataACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGc > 1:282945/1‑141 (MQ=255) taAATCGTTAAATATTTTGGTTGTGTTTGCCTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGt < 2:396264/141‑1 (MQ=255) aaaaTCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGt < 1:473648/140‑1 (MQ=255) aaaTCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGtt > 1:69741/1‑141 (MQ=255) aaTCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGTTTTGAAAATTAGttt < 1:698227/141‑1 (MQ=255) aTCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAACAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGtttt > 1:515245/1‑141 (MQ=255) aTCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGtttt > 1:374209/1‑141 (MQ=255) cGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTtat < 1:873164/141‑1 (MQ=255) gTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCATGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACCCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTtata > 1:157106/1‑141 (MQ=255) gTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAACATATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTtata > 2:482912/1‑141 (MQ=255) gTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTtata < 1:383572/141‑1 (MQ=255) gTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTtata < 1:518045/141‑1 (MQ=255) gTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACCCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTtata > 1:156936/1‑141 (MQ=255) ttAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATAc > 2:536498/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTCACTTAATAAAACTCATCATACAATAATCTTTACTCAAATTGAAAAAAAAAAAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAgg < 2:482089/141‑1 (MQ=255) aaTTTTGTTTGTGTTTGCGTCACGTACACAACCTCCATAGAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCACATTGGAAAAATTATAAAAATTAAAGATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGt < 2:220049/141‑1 (MQ=255) aaTTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGt > 2:591747/1‑141 (MQ=255) aaTTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGt < 2:488782/141‑1 (MQ=255) aaTTTTGGTTGTGTTTACGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGt > 1:482322/1‑141 (MQ=255) aTTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCCCTCTCATCATACAATAATTTTTAGTTGCATTGGCTTAAGTATAAAAATTAAATTGTGATAGGCTTTGAAAAGTAGTGTTATACAAGGtt > 2:429104/1‑141 (MQ=255) ttttGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATTAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTta > 1:144904/1‑141 (MQ=255) ttttGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTta > 1:596085/1‑141 (MQ=255) tGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTtagta > 1:435291/1‑141 (MQ=255) tGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTtagta > 1:751441/1‑141 (MQ=255) gtgtTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgt < 2:10452/141‑1 (MQ=255) gagggtGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgt < 1:918857/136‑1 (MQ=255) gCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgtaactgt < 1:350026/141‑1 (MQ=255) gCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgtaactgt < 2:180877/141‑1 (MQ=255) gCGTCACGTAGACAACCTCCACACAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgtaactgt < 1:186323/141‑1 (MQ=255) cGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgtaactgta < 2:374209/141‑1 (MQ=255) cGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgtaactgta < 1:755967/141‑1 (MQ=255) gTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgtaactgtaa < 1:234964/141‑1 (MQ=255) gTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgtaactgtaa < 1:817330/141‑1 (MQ=255) gTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGctgtaactgtaa > 2:570810/1‑141 (MQ=255) gTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGt > 1:901240/1‑141 (MQ=255) ataCAGCCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTc < 2:562400/139‑1 (MQ=255) aCCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAGAAGTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAAAGTTCTTAat > 2:756135/1‑141 (MQ=255) cgtAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTGAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGt < 2:625022/139‑1 (MQ=255) aaaGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCaa < 1:933264/141‑1 (MQ=255) tACTTAATCACTCTCATCTTATCATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATCTAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGt < 1:637626/141‑1 (MQ=255) tACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGt < 2:443257/141‑1 (MQ=255) aaTTACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGTAATGc < 2:662568/141‑1 (MQ=255) aaTCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATAAAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGTAATgg > 2:903499/1‑140 (MQ=255) aaTCACCCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGTAATGc < 2:156936/141‑1 (MQ=255) aaTCACCCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACCGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGTAATGc < 2:157106/141‑1 (MQ=255) aTCACTCTCATCATAAAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATGAAAGATGGAAAGCGTTTGGAAATTAGGCTTATACAAGGTTAGTAGCCTTAACTGTACAAGGTTCTTAATATTGGCAAAATGTAATGCt < 2:430321/141‑1 (MQ=255) ctctCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAAGATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGTAATGCTTGaa > 2:708646/1‑141 (MQ=255) | CTTTTCAGTAGGTAATGCATGGCCACTCGGATATTTTCCTATTTGAATTTCTTTATATAACGTATTATAAATCGTTAAAAATTTTGGTTGTGTTTGCGTCACGTAGACAACCTCCATAAAGTTACTTAATCACTCTCATCATACAATAATTTTTACTCAAATTGGAAAAATTATAAAAATTAAATATAGATAGGCTTTGAAAATTAGTTTTATACAAGGTTAGTAGCTGTAACTGTAAAATGTTCTTAATATTGTCAAAATGTAATGCTTGAA > USA300TCH1516_ALE/156619‑156891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |