| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 587,957 | G→T | 11.5% | A621S (GCG→TCG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 587,957 | 0 | G | T | 11.5% | 239.0 / 14.6 | 85 | A621S (GCG→TCG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/43); new base T (8/2); total (39/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CACAAGCAAACTCTAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAACACGTTGCAGCACGT > USA300TCH1516_ALE/587817‑588097 | cacaAGCAAACTCTAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATTGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTcagcag < 2:730343/141‑1 (MQ=255) aaaCTCTAAATTAGAGGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCTGTGGTATCAATACAGTTAAAAAAAAAAAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCAAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGc < 2:52311/141‑1 (MQ=255) tctAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGCTTATATGGATGTATCGCCGAACCAACTTGTTTCAGCATCGCCACCATGt > 2:214278/1‑141 (MQ=255) tctAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGt > 1:554896/1‑141 (MQ=255) tctAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGt < 1:848636/141‑1 (MQ=255) aaaGTAGATGAAACTGGTCGTTTCATGGATGATGTAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCGAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTAtt < 2:559153/141‑1 (MQ=255) gATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAAAAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTc < 2:399664/141‑1 (MQ=255) aTGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCt < 2:480377/141‑1 (MQ=255) aaaTGGTCTTTTCATGGATGATGCATTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGTATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGa < 2:365289/141‑1 (MQ=255) aaaTGGTCGTTTCACGGATGACTAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGa < 1:101532/141‑1 (MQ=255) tGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGGGACAGCATGTATTCCTTTCTTAGaaaa > 1:99617/1‑141 (MQ=255) tGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCCTTCTTAGaaaa > 1:483709/1‑141 (MQ=255) gTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAatg > 1:805476/1‑141 (MQ=255) cGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTCAAGAAAAAATGGATTATATGGAGGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTGTTCCATTTTTAGagaagcaa > 1:843451/1‑137 (MQ=255) cGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAatgat > 2:46410/1‑141 (MQ=255) cGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCCTGTATTCCATTCTTAGAAAatgat > 2:254430/1‑141 (MQ=255) cGTTTCATAGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCATCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAatgat < 1:814525/141‑1 (MQ=255) aTGGATGATGCAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGATACAGGGCTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCa > 1:681815/1‑141 (MQ=255) ggATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCaaa < 2:933626/141‑1 (MQ=255) ggATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCaaa > 1:738159/1‑141 (MQ=255) ggATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCaaa < 2:541913/141‑1 (MQ=255) ggATGATGAAGTGGGATGTCGATTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGGCTCaaa < 2:212826/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGTTGTATGTCGTTTCCGTTGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCg < 1:277389/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGTTGTATGTCGTTGCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCg < 1:438702/141‑1 (MQ=255) gaAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCa > 2:17526/1‑141 (MQ=255) aGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCAtt < 2:347147/141‑1 (MQ=255) tGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTCTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGAt < 1:310563/141‑1 (MQ=255) gTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGAAAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGGTGACTCAAAACGGGCAATggag > 2:213678/1‑138 (MQ=255) tATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATg‑g > 1:556567/1‑141 (MQ=255) tGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTAAGAAAAGGATGACTCAAACCGTGCAGTGATg‑ggg > 2:617392/1‑140 (MQ=255) cGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATg > 1:338061/1‑141 (MQ=255) gTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGAGGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGAGG‑GGTGCGAAAATGc > 2:715797/1‑141 (MQ=255) tGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCa > 2:87337/1‑141 (MQ=255) ggTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTACATGGATGGAGCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCaa < 1:258593/141‑1 (MQ=255) aaTACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCaa < 1:662390/141‑1 (MQ=255) tACAGTGATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGc < 2:730003/141‑1 (MQ=255) aCAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCa < 1:772431/141‑1 (MQ=255) cAGTTATTGCGAAAGAAAAAATGGATTATATTGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGGGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAg < 2:171968/141‑1 (MQ=255) cAGTTATGGCTAAATAAAAAATTGATTATATGGATGTACCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAACGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAg < 1:619494/141‑1 (MQ=255) cAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAg < 1:272300/141‑1 (MQ=255) cAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAg < 2:818198/141‑1 (MQ=255) cAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCAGAAGGTCTTGGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAg < 1:923345/141‑1 (MQ=255) aGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGt < 1:828889/141‑1 (MQ=255) aGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGt < 1:887658/141‑1 (MQ=255) ttATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGc < 2:221027/141‑1 (MQ=255) aTGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCt < 1:241271/141‑1 (MQ=255) gggtAAAGGAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTGAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCttt < 2:795861/138‑1 (MQ=255) ggCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCttt < 1:855736/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTtgat > 1:753795/1‑141 (MQ=255) tAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTtgat > 1:492896/1‑141 (MQ=255) aaaGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAGGCAGTGCCTTtgatg < 1:700666/141‑1 (MQ=255) aaaGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTtgatg < 1:271046/141‑1 (MQ=255) aaaGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTtgatg < 1:719164/141‑1 (MQ=255) aaaaaTGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATcc > 1:861529/1‑141 (MQ=255) aaaaaTGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATcc > 1:76233/1‑141 (MQ=255) aaTGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGa > 1:158721/1‑141 (MQ=255) tGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAg > 2:165193/1‑141 (MQ=255) gATTATTTGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCa < 2:621974/141‑1 (MQ=255) gATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCa < 2:813114/141‑1 (MQ=255) aTTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCAc < 1:622651/141‑1 (MQ=255) aTTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTCCCGTTGATGAATCCAGAAGccc > 1:320925/1‑139 (MQ=255) ttATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTATAAAATGATGACTCAAACCGTGCATCGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCAcc < 1:608510/141‑1 (MQ=255) tataTGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGCGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTGGATGAATCCAGacggaaca > 1:831125/1‑134 (MQ=255) atatGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCAt > 1:564658/1‑141 (MQ=255) atatGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATAGCTGCACCGCG‑CTGGGCAACGTCAAACAGTGCGTATGATGAATCCAGAAGCACCAt > 1:213523/1‑141 (MQ=255) atatGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCAt > 1:399109/1‑141 (MQ=255) gATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGATTCCACAAGCACCATttgtt < 1:519660/141‑1 (MQ=255) tggaTCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTgg < 2:743720/138‑1 (MQ=255) tCGCCGAAGCAAGTTGTCTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCACTTGTTGGAACa > 2:79130/1‑141 (MQ=255) cGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAg > 2:354971/1‑141 (MQ=255) cGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAg < 2:539560/141‑1 (MQ=255) gCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAGAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAgg > 2:307387/1‑141 (MQ=255) gCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAgg > 2:691687/1‑141 (MQ=255) gCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCAAGAGGCACCATTTGTGGGTACAgg > 2:642638/1‑141 (MQ=255) gCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTGAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAgg > 2:501559/1‑141 (MQ=255) ccGAAGCAAGTTGTTTCAGCATCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGAAGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGt > 1:81916/1‑141 (MQ=255) aaGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATg < 2:353431/141‑1 (MQ=255) aaGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATg < 1:250633/141‑1 (MQ=255) cAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGaa < 2:738159/141‑1 (MQ=255) aaGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCCTTTGTTGGTACAGGTATGGAac > 2:334818/1‑141 (MQ=255) aaGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGacc > 1:887990/1‑139 (MQ=255) aaGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAac > 1:396701/1‑141 (MQ=255) aaGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAac < 1:21392/141‑1 (MQ=255) aaGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAac < 1:476497/141‑1 (MQ=255) aGTTGTTTCAGTAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGCacg > 1:194205/1‑140 (MQ=255) tctatttCAGCACCCACAGCATGTATTCTATTCTTAGAAAATCATGACTCACACCGTGCATTGATG‑GGCGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCATTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAaccc < 2:477308/137‑3 (MQ=255) gcatcGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAACACGTTgcagca < 1:46410/141‑1 (MQ=255) agcGACAGCATGTATTCCATGCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGGGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAGCACGTTGCAGCACg > 2:876912/1‑141 (MQ=255) gcGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACGCAAAACGTGCGTTGACG‑GGTGCGAAGAGGCAAAGTCAAGCAGTGGCCTGCATGGATCAAGAAGGACCAGTTTTTGGGACGGGTATGGAAGCCGTTgcagccagt > 2:298986/1‑137 (MQ=255) | CACAAGCAAACTCTAAATTAGATGAAAATGGTCGTTTCATGGATGATGAAGTTGTATGTCGTTTCCGTGGTAACAATACAGTTATGGCTAAAGAAAAAATGGATTATATGGATGTATCGCCGAAGCAAGTTGTTTCAGCAGCGACAGCATGTATTCCATTCTTAGAAAATGATGACTCAAACCGTGCATTGATG‑GGTGCGAACATGCAACGTCAAGCAGTGCCTTTGATGAATCCAGAAGCACCATTTGTTGGTACAGGTATGGAACACGTTGCAGCACGT > USA300TCH1516_ALE/587817‑588097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |