| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,507,931 | C→T | 6.7% | intergenic (‑356/+119) | ald1 ← / ← ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,507,931 | 0 | C | T | 6.7% | 171.3 / 2.8 | 60 | intergenic (‑356/+119) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/30); new base T (2/2); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
CTCAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATA > USA300TCH1516_ALE/1507791‑1508068 | cTCAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTTGTTAATAAAATATGTATCTATCAAAAATc > 2:833673/1‑141 (MQ=255) cAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCgg < 2:78092/141‑1 (MQ=255) cAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCgg < 2:5744/141‑1 (MQ=255) aaaaaCTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGc > 1:749010/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt > 2:208934/1‑141 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTTGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt < 1:158305/141‑1 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTTGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt < 1:547884/141‑1 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt < 2:380971/141‑1 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt > 1:468976/1‑141 (MQ=255) cAAATATGTAGCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt < 2:265680/141‑1 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttttt > 2:784045/1‑141 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttttt < 2:917374/141‑1 (MQ=255) gTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCACCTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTaaaaa > 2:428664/1‑141 (MQ=255) tatctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAt > 2:581745/1‑141 (MQ=255) tacctatcAAACTTCGGCTTATTTATTCAGTCTGGCATATCCAAATACGCAATAAGACTTTTTCTGCCTTGTATCAGTAGAAATATTATTTTTTTACTTAATAGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTcaaatt > 2:271824/4‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) | CTCAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATA > USA300TCH1516_ALE/1507791‑1508068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |