Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,512,413 | A→G | 6.0% | intergenic (‑25/‑279) | USA300HOU_RS07370 ← / → USA300HOU_RS07375 | Bacterial dynamin‑like protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,512,413 | 0 | A | G | 6.0% | 165.4 / 2.0 | 62 | intergenic (‑25/‑279) | USA300HOU_RS07370/USA300HOU_RS07375 | Bacterial dynamin‑like protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/31); new base G (2/2); total (29/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.24e-01 |
TGCAAATATACTTTCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGAATAATCAATTTT > USA300TCH1516_ALE/1512273‑1512550 | tgcAAATATACTTTCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTca < 1:66687/141‑1 (MQ=255) cAAATATACTTTCTTATTTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAGAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTcaca < 2:104240/141‑1 (MQ=255) aaaTATACTTTCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACAt > 2:24858/1‑141 (MQ=255) aaaTATACTTTCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACAt < 2:768835/141‑1 (MQ=255) cTTTTTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAAtg < 1:349627/141‑1 (MQ=255) cTTTCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAAtg < 1:398536/141‑1 (MQ=255) cTTTCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAAtg < 1:862045/141‑1 (MQ=255) tttCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAAtgc > 2:714985/1‑141 (MQ=255) ttCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATATAAAtgct > 2:744637/1‑141 (MQ=255) ttCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAAtgat > 1:76421/1‑139 (MQ=255) tAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAAtgcttgct > 2:635128/1‑141 (MQ=255) aaTTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATgcttgctt > 1:100984/1‑141 (MQ=255) ggTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAAc < 2:877116/141‑1 (MQ=255) ggTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAAc > 1:454403/1‑141 (MQ=255) ggTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAAc < 1:145209/141‑1 (MQ=255) ttGTATGTAAAGGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATAGAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTc < 2:76732/141‑1 (MQ=255) ttacgtaAAAGTGCCTCATTTCGCGCCTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTTATTGTCATTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCag < 2:399636/137‑2 (MQ=255) tatgtaAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGCATTCATa > 2:314343/1‑141 (MQ=255) atgtaAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATACTTGCTTGTTACAACGAATTCATAc > 1:61551/1‑141 (MQ=255) gCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATTTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCGCATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATg > 2:430540/1‑141 (MQ=255) gCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATg > 2:93387/1‑141 (MQ=255) gCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCGTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCGCATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATg > 2:587034/1‑141 (MQ=255) gttCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGt < 1:15984/140‑1 (MQ=255) cttcttTTCGCGACTTTTCAACGTCTTTTTTGTATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGt < 2:646959/141‑1 (MQ=255) gcgACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTaaa < 2:361352/141‑1 (MQ=255) cgACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTaaaa > 2:544797/1‑140 (MQ=255) cgACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAAc < 1:373384/141‑1 (MQ=255) ttCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTCTTCTTTATGAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GAt < 1:405414/141‑1 (MQ=255) tcttTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTaaa < 1:635128/141‑1 (MQ=255) tcttTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTaaa < 2:650022/141‑1 (MQ=255) tcgtgtgttAATTTATTTAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCGTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTaaa < 2:462715/134‑1 (MQ=255) tccttttttAATTTATATAGATTGGGTTATGCTTCTTTATTAATCATTTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGCAACGCCCGCTTGTTACAACGAATTCATACACTATCGATGTCCATTTAAACTTT‑GATCGTTaaa < 2:45286/138‑1 (MQ=255) ttttttAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATgg < 1:118042/141‑1 (MQ=255) tAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGc < 1:753204/141‑1 (MQ=255) tttATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCCCATAGAAATGCTTGCTTGTTTCAACGAATTCATACAATATCAATGTCCATTTACA‑ATACGATCGTTACATGGCTCGCCtt > 2:469336/1‑141 (MQ=255) ttATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTg < 2:454403/141‑1 (MQ=255) tataAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGtat > 2:7153/1‑141 (MQ=255) aaaGATCTATTTGTTCTTTATTAATCTTGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAACTGGCTCGCATTGTATTATg < 1:200344/141‑1 (MQ=255) aGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCGCATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGtt < 1:430540/141‑1 (MQ=255) aGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCGCATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGtt < 1:587034/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAAtt > 2:351862/1‑141 (MQ=255) gTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATTGCTCTCATTTTATTATGTTTAAATTTTAt > 1:754603/1‑141 (MQ=255) gTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTAt > 1:713046/1‑141 (MQ=255) gTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTAt > 1:628506/1‑141 (MQ=255) cTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAACCATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCCTTGTATTATATTTAAATTTTATCAt > 1:580525/1‑141 (MQ=255) cTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACAGAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTGATctt > 2:831846/1‑139 (MQ=255) tattaATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAgc < 1:24858/141‑1 (MQ=255) taATCATGTTACTTTCCCCTTTGGCTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAgctgc < 2:603535/141‑1 (MQ=255) aaTCATGTTACTTTCCGCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAgctgct > 2:812202/1‑141 (MQ=255) cATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGa < 1:888782/141‑1 (MQ=255) cATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGa > 2:738064/1‑141 (MQ=255) cATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTAAAACGATTTCGTACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAAAGGCTCGCATAGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTTCTTGa > 1:81005/1‑141 (MQ=255) tGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATa < 1:714985/141‑1 (MQ=255) ttACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATAATAGCTGCTTGATaaa > 1:303136/1‑141 (MQ=255) ccccTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACg < 2:1895/141‑1 (MQ=255) cccTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGa < 1:704085/141‑1 (MQ=255) ggTTCGTTCATATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATAGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGAATAATc < 1:656065/141‑1 (MQ=255) ggTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTTATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGTTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGAATAATc < 1:257830/141‑1 (MQ=255) ggTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCTTAGCTGCTTGATAAAACATACGAATAATc > 1:215384/1‑141 (MQ=255) ggTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGACTAATc > 1:264800/1‑141 (MQ=255) ggTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGAATAATc < 1:87094/141‑1 (MQ=255) ggTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGAATAATc < 1:861132/141‑1 (MQ=255) ttcACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGAATACTGAAtttt > 2:327149/1‑141 (MQ=255) ttcACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGAATAATCAAtttt > 1:799385/1‑141 (MQ=255) | TGCAAATATACTTTCTTAATTACTTGGTTAATTGTATGTAAAAGTGCTTCATTTCGCGACTTTTCAACTTCTTTTTTTAATTTATATAAAAGATCTAATTGTTCTTTATTAATCATGTTACTTTCCCCTTTGGTTCGTTCACATAGAAATGCTTGCTTGTTACAACGAATTCATACAATATCGATGTCCATTTAAACATA‑GATCGTTAAATGGCTCGCATTGTATTATGTTTAAATTTTATCATAGCTGCTTGATAAAACATACGAATAATCAATTTT > USA300TCH1516_ALE/1512273‑1512550 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |