| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,815,180 | T→C | 8.8% | E21G (GAA→GGA) | dnaE ← | DNA polymerase III subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,815,180 | 0 | T | C | 8.8% | 182.2 / 8.4 | 68 | E21G (GAA→GGA) | dnaE | DNA polymerase III subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/28); new base C (3/3); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
TGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCAGCTGTCCA > USA300TCH1516_ALE/1815047‑1815320 | tGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTAtttt < 1:717231/141‑1 (MQ=255) cATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACGTGCATCATAAGATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTCAGGAGAAGTGCCTCAACATTTTCAGAAACAGCAAGTGTTACGGCATCTTCGATTTTTaa > 1:447609/1‑141 (MQ=255) aCCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCCAGTAATACGTCAGCTTCTATTTTTAAGCt < 1:457237/141‑1 (MQ=255) aCCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCACCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCt < 1:815275/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAAt < 1:29937/141‑1 (MQ=255) ggTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTACATTTata > 2:816596/1‑139 (MQ=255) gTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGGATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTaaaa > 2:378182/1‑139 (MQ=255) gTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTCCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACa > 2:600323/1‑141 (MQ=255) gTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTCCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACa > 2:263542/1‑141 (MQ=255) gTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTCCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACa > 2:693603/1‑141 (MQ=255) tttAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACaa > 1:786676/1‑141 (MQ=255) ttAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACaaa < 1:716587/141‑1 (MQ=255) tAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCTGTCACTGATCATTTCAGGCCATCTTCTGTTTTTAAGCTTGATGTTAACAAAt < 1:690308/141‑1 (MQ=255) tAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTACGCTTGAATTTAACAAAt < 1:501788/141‑1 (MQ=255) tAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAAt > 1:335000/1‑141 (MQ=255) 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1:699943/1‑141 (MQ=255) gCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATAttt > 2:555082/1‑141 (MQ=255) tcatAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTaaa < 1:602767/141‑1 (MQ=255) tcatAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTaaa < 1:554946/141‑1 (MQ=255) catAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTATCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCATATGAATATTTAAat > 2:883892/1‑141 (MQ=255) tAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCGTCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAatat > 1:625025/1‑141 (MQ=255) 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1:160656/1‑141 (MQ=255) ggAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAACTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATg < 2:519157/141‑1 (MQ=255) aCCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGa < 2:33154/141‑1 (MQ=255) atacaatacaTTGGTGTCAGTTATGGCACGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAATTCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATg < 1:535427/141‑1 (MQ=255) acaatacaTTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGc > 2:539210/1‑141 (MQ=255) acaatacaTTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGc > 1:439488/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGCTTGAATGGCCCCTTCCTATTAGTTAAGt > 2:106060/1‑141 (MQ=255) aTGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGAAATCATATATTATTCATCTTTAATTTAAAAAATGATTTTGCCAT‑TGAAAAGTGAAATATGCCGGCATTATTTAGTGACCCCTTGCTATTAGtacatgt > 2:429268/1‑135 (MQ=255) aaGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTtgtg > 2:270567/1‑141 (MQ=255) aaGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTCCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGGATGGCCCCGTTCTATTAGTTGAGTTTtgtg < 1:693603/141‑1 (MQ=255) aaGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTCCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTtgtg < 1:263542/141‑1 (MQ=255) aaGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTCCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTACTAGTTAAGTTTtgtg < 1:600323/141‑1 (MQ=255) gTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCg > 2:123454/1‑141 (MQ=255) cATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATGTTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTACGTTTTGTGCGTaa > 2:288016/1‑141 (MQ=255) cAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCCCCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGc < 1:735545/141‑1 (MQ=255) cAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGc < 1:635507/141‑1 (MQ=255) tttCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGc > 1:117022/1‑141 (MQ=255) 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2:234654/1‑139 (MQ=255) cGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTTAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCa < 1:191050/141‑1 (MQ=255) gaTCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCAGCt < 1:120141/140‑1 (MQ=255) cttctATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCAGCTGTc > 2:872497/1‑141 (MQ=255) cttctATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTATGCGTAAAGCTGTAGCAGGTTGCGCAAATTCATCCCATCTGTc > 1:122798/1‑141 (MQ=255) tctATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCAGCTGTCCa > 2:374010/1‑141 (MQ=255) | TGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCAGCTGTCCA > USA300TCH1516_ALE/1815047‑1815320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |