| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,305,823 | 0 | C | T | 12.3% | 279.6 / 25.9 | 110 | intergenic (‑126/‑51) | ydjM/USA300HOU_RS11765 | Inner membrane protein YdjM/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/47); new base T (12/2); total (61/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TGTTTTACCTGTCATATTTGTTCTCCTTTAATACTCACATTTTACCACATCCCTAACAAAAACACGAACATATTTTCGGGTTAAAATTCATTAGTATGACACAATTTAAAAAAGTATCACATAACTCTTGAAAACGATTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2305683‑2305961 | tgtTTTACCTGTCATCTTTGTTCTCCCTTAATACGCACATTTTACCACATCCCTAACAAAAACACGAACATATTTTCGGGTTGAAATTCATTAGTACGACACAATTTAAAAAAGTATCACCTAACTCTTGAAAACGATTAc < 1:573557/141‑1 (MQ=255)tgtTTTACCTGTCATATTTGTTCTCCTTTAATACTCACATTTTACCACATCCCTAACAAAAACACGAACATATTTTCGGGTTAAAATTCATTAGTATGACACAATTTAAAAAAGTATCACATAACTCTTGAAAACGATTAc < 2:193508/141‑1 (MQ=255)tgtTTTACCTGTCATAGTTGTTCTCCTTTAATACTAACACTTTCCCACATCCCTAACAAAAACACGAACATCATTTCGCGTTAAAATTGATTATTATGACACAATTTAAAAAAGTATCACATAACTCTTGAAAACGATTAc < 2:856800/141‑1 (MQ=255)tgtTTGACCTGTCAGCTTTGTTCTCATTTAATACTCACATTTTACCACATCCCTAACAAAAACACGAACATATTTTCGGGTTAAAATTCATTAGTATGACACAATGTAAAAAAGTATCACATAACTCTTGAAAACGATTAc < 2:443076/141‑1 (MQ=255) 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aaaaCGATTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGa < 1:360765/141‑1 (MQ=255) aaaaCGATTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGa < 1:718510/141‑1 (MQ=255) aCGAATATAAAAGCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAAt < 2:573206/141‑1 (MQ=255) cGATTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAAtt > 1:29233/1‑141 (MQ=255) cGATTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAAtt > 2:556580/1‑141 (MQ=255) cGATTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGGTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAAtt > 1:413045/1‑141 (MQ=255) aTTATAAAATCGTTTATGATGTATTTACGAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTaa > 1:597864/1‑141 (MQ=255) aTTATAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTACTACACGTGAAATTaa > 1:816177/1‑141 (MQ=255) aTTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTaa > 2:715512/1‑141 (MQ=255) aTTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTaa < 2:671503/141‑1 (MQ=255) tACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTaaaa < 1:489300/141‑1 (MQ=255) | TGTTTTACCTGTCATATTTGTTCTCCTTTAATACTCACATTTTACCACATCCCTAACAAAAACACGAACATATTTTCGGGTTAAAATTCATTAGTATGACACAATTTAAAAAAGTATCACATAACTCTTGAAAACGATTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2305683‑2305961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |