| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,504,989 | 0 | T | C | 9.0% | 300.4 / 7.6 | 140 | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_RS12890/gltT | hypothetical protein/Proton/sodium‑glutamate symport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/62); new base C (3/15); total (62/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > USA300TCH1516_ALE/2504850‑2505129 | ttGCGCATGCATAAACGCCCCTTCCAACCTGAGGTCACTGCGCTTCCGTTCGGCTGGGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACACCCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑c < 2:36124/141‑1 (MQ=14) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑ccc > 2:755482/1‑141 (MQ=255) cgctcgcatTAACGCCCCTATCATCCTGAGGCCACCCCGCGCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAACGCCCCTAACACCCGGAGGTCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCt < 1:104779/136‑1 (MQ=14) cgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCt < 1:562407/141‑1 (MQ=255) gcatgcatCAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTa < 1:141176/141‑1 (MQ=255) catgcatAAGAGCCCCTATCCACCTGGGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTaa < 2:571479/141‑1 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCGCTACGCGCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTaa > 1:770940/1‑141 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGC‑CCCTaa > 1:276673/1‑141 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCATTAGCACATGCATAAAAGCCCCTAACAACCGGAGGTCACTACGCGTCGGGTCGCCTCCGCATTACCGCACACATAAAAAC‑CCCTaa > 2:242204/1‑141 (MQ=11) aagcatTAAAGCCCCTAACAACCTGAGTGCACGTCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTaac > 2:935948/3‑141 (MQ=14) gcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTaacaa > 1:887676/1‑141 (MQ=255) aaaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGa > 2:672379/1‑141 (MQ=255) aGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAgg > 1:284060/1‑141 (MQ=255) aGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAgg > 1:249673/1‑141 (MQ=255) aacaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACACCCTAAGGTCACTAc > 2:503147/1‑141 (MQ=255) acaacCTGAGGTCACTGCGCCCCGGGTCGCCCGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACg < 2:380367/141‑1 (MQ=255) caacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACgg > 1:868598/1‑140 (MQ=255) tGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTTCGCTTcct > 2:295491/1‑140 (MQ=255) gAGGTCACTGCGCTCCGCGTCGCCTTGGCTTTAGCGCATGCATAAAGGCCCCTAACGACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGt < 2:173199/141‑1 (MQ=17) gggTCCCTGCGCCCGCGTTCGCCTGCGCTTCAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCGTAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAACAGC‑CCCAATCAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGtt < 1:224855/140‑1 (MQ=14) aGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGCGGTCACTAAGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGTTCACTGCGCTTCCGtt > 1:102218/1‑141 (MQ=255) ggTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACACCCTGGGGTTACTAcggttcggttt > 2:548854/1‑140 (MQ=17) ggTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTc > 2:708690/1‑141 (MQ=255) ggTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTAACTACGCTTCCGTTc > 1:804462/1‑141 (MQ=255) gTCACTGCGCTCCGGTTCGACTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAATCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg < 1:601059/141‑1 (MQ=255) cACTGCCCTCCGGGTCGCCCGGGCTTTCGCGCATGCATACAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGcc < 2:282630/141‑1 (MQ=17) tGCGCCCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCCCACGCATAAAAGCCCCTAACCTCCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTgc < 2:465593/141‑1 (MQ=17) ccgcTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTgcg < 1:672279/140‑1 (MQ=255) cTCCGGTTCGCCTGCGCTTTCGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGATTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCtt < 2:702620/141‑1 (MQ=255) cTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CGCTAACAACCTGAGGTAACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCtt > 1:530784/1‑141 (MQ=255) cTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACGACGCTTCCATTCGCCCgcgcat > 2:27778/1‑139 (MQ=255) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAgcg > 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atAACAGCCCCTTAGAATCTGAGGGCACTACGCTTCGGCTCCACTGCGCTTTAGCGCATGCATAAATGT‑CCCTAACAGCCTTAGTTCACGACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTATCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAAcc < 2:564971/141‑1 (MQ=14) aaaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCaaa > 1:356132/1‑141 (MQ=255) aaGCCCCTAACACCCGGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAg < 1:277165/141‑1 (MQ=255) aaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAACCCCCTAACAACCAAAg < 1:469751/141‑1 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGt > 2:131457/1‑141 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTCCTCTTTATCGCATGCATAAAAGCCCATACACACCAAAGGCTGt > 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caacaacCTGAGGTCCCTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTaa < 2:818320/140‑1 (MQ=255) aacaacCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTAGGCATTAGCGCATGCATCAAAGCCCCTAACAACCCAAGGTTGTAAg > 2:326801/1‑141 (MQ=17) acaacCTGACGTCCATACGCTTCGGTTCGCCTGAGCTCTAGCGCATGCATAAAAGA‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCGTCCGAACGCCTACCCATTAGCGCATGCATCAAACCCACAGACAACTAAACGTTGtcgtt > 2:672671/1‑137 (MQ=9) caacCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAggg < 1:727929/141‑1 (MQ=255) aacCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAgggg > 1:478657/1‑141 (MQ=255) acCTTAGGTCACCACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGc < 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tAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCGTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTg > 2:455943/1‑141 (MQ=255) aaaaGTGCCCTAACATCCTGAGGGCACGACGCTTCCGGTCGGCTTCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCGAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTg < 1:902306/141‑1 (MQ=37) aaaaGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGa < 1:461816/141‑1 (MQ=255) aaaaGT‑CCCCAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGa < 1:647008/141‑1 (MQ=255) aaaaGC‑CCCTAACAACCTGCGGTCACTACGCGTCCGTTCGCCTGAGATTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGa < 2:614274/141‑1 (MQ=37) aaaaGC‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGa < 2:447421/141‑1 (MQ=255) aaGC‑CCCTAACCACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGAcc < 2:42697/141‑1 (MQ=255) t‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCACATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCttt < 1:672379/141‑1 (MQ=255) | TTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > USA300TCH1516_ALE/2504850‑2505129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |