Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000731 | 81 | N→G | intergenic (–/‑151) | – / → repA | –/replication protein A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000731 | 81 | 0 | N | G | 100.0% | 257.4 / NA | 70 | intergenic (–/‑151) | –/repA | –/replication protein A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base N (0/0); new base G (37/33); total (37/33) |
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 | atatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 1:100819‑M1/59‑141 (MQ=255) tatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt > 4:225148‑M1/54‑141 (MQ=255) tatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt > 2:270298‑M1/54‑141 (MQ=255) atcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtt < 3:259155‑M1/89‑1 (MQ=255) 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2:195670‑M1/39‑121 (MQ=255) acccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAAATTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAtttt < 2:180839‑M1/104‑1 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCg > 2:293276‑M1/36‑141 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATCTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCg > 2:631674‑M1/36‑141 (MQ=255) ttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAAATTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGAt > 1:180839‑M1/34‑141 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTg < 3:28181‑M1/113‑1 (MQ=255) 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1:171242/58‑1 (MQ=255) ttGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCaa < 2:84621/141‑1 (MQ=255) tGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTa < 1:431336/74‑1 (MQ=255) tGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTa > 2:431336/1‑74 (MQ=255) ggTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAAc < 1:625708/141‑1 (MQ=255) aaaCGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAata < 2:464031/141‑1 (MQ=255) gTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGa < 3:16967/141‑1 (MQ=255) tAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAag < 2:502833/141‑1 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAaga < 4:28181/141‑1 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAaga > 2:107457/1‑141 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAAT‑AAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |