| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,064,444 | Δ1 bp | 27.9% | coding (45/1218 nt) | ywtF ← | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,064,444 | 0 | A | . | 27.9% | 203.8 / 89.4 | 86 | coding (45/1218 nt) | ywtF | Putative transcriptional regulator YwtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/31); new base . (12/12); total (42/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
ATAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATA > USA300TCH1516_ALE/1064304‑1064582 | aTAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATgaga > 2:674618/1‑141 (MQ=255)aTAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATgaga > 2:750422/1‑141 (MQ=255) aGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATATCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAAc > 1:639752/1‑141 (MQ=255) gttgttCTTCGGGATTGACTTTAATATCTCTTAAGGTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCa < 2:653245/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttcGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGACTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTATCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAg < 2:893064/141‑1 (MQ=255) cGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAg > 1:825689/1‑141 (MQ=255) ggATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAgg > 2:260771/1‑141 (MQ=255) ggATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGAATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACCTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGa < 2:24517/141‑1 (MQ=255) aTTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGAt > 2:90786/1‑141 (MQ=255) ttGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATc < 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(MQ=255) gACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtga < 1:457069/141‑1 (MQ=255) gACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtga < 1:614394/141‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 1:1092251/141‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGACTGTAGAAGATTCCAATGCATCTTGGGCCGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGTAACAACAATGAGACCCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 1:40322/141‑1 (MQ=255) gATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgattg < 2:236652/141‑1 (MQ=255) ttAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgattgat < 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2:407335/1‑141 (MQ=255) aaTGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcata > 2:891697/1‑141 (MQ=255) aaTGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcata > 2:919009/1‑141 (MQ=255) gCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcataatc > 1:460423/1‑141 (MQ=255) gCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcataatca < 2:1041298/141‑1 (MQ=255) cATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTGGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcataatcat < 1:136267/141‑1 (MQ=255) 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1:128455/1‑141 (MQ=255) aaGTAACGTAGCAAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTa < 1:949155/141‑1 (MQ=255) aGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAg < 1:385083/141‑1 (MQ=255) aGTAACCGAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGATAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAg < 2:93913/141‑1 (MQ=255) aCGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGa < 1:1091113/141‑1 (MQ=255) cGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGTAGGATCAAATAGTATTTTATAAATTCATTCATGATTTGTGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAAc < 2:129693/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAAc > 1:1089151/1‑141 (MQ=255) tGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTGAGATTATAATTAGTTGAACGATATTTATACAAc > 1:326106/1‑141 (MQ=255) gAACAAGAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTc < 1:105638/141‑1 (MQ=255) acaacaATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCa < 2:977021/141‑1 (MQ=255) acaacaATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCAt < 2:825689/141‑1 (MQ=255) acaaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTAc > 1:1034694/1‑141 (MQ=255) acaaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTCGAACGATAGTTATACAACTTAATTat > 2:780757/1‑140 (MQ=255) caaTGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATTATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTAc < 1:384873/141‑1 (MQ=255) caaTGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTAATTaa > 2:94745/1‑140 (MQ=255) tGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTCTTTTAAAAATTTATTCCTGATTTATGCTGCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTATTaa > 2:543844/1‑141 (MQ=255) ggaACCAATGCTAGAATGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:581383/140‑1 (MQ=255) cgaAACAATGCTAGAAGCATCAAAAAGTATTTTGAAAATTTATTCATGATTGATTCGCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCCTAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACCACTTCATTACTAATa < 2:1105556/140‑1 (MQ=255) agaACCTATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATACTAATCTTAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:1124557/141‑1 (MQ=255) agaACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAATTATTATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:1129783/141‑1 (MQ=255) agaACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:629205/141‑1 (MQ=255) agaACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:711597/141‑1 (MQ=255) | ATAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATA > USA300TCH1516_ALE/1064304‑1064582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |